外国人雇用の在留資格手続き 実務ガイド【2026年10月版】｜更新・変更・特定技能（農業）・届出・未納・取消し・制度改正を項目別に解説｜認定経営革新等支援機関 行政書士法人塩永事務所

外国人材の雇用は、採用して終わりではありません。在留期間の更新、転職・退職時の届出、業務内容の管理、税金・社会保険の確認など、雇用を続ける限り管理が必要です。2026年10月1日からは在留許可手数料が改定され、オンライン申請の納付方法も変わりました。

行政書士法人塩永事務所は、熊本市に事務所を構える**認定経営革新等支援機関（認定番号107943000815）**です。熊本・九州の企業様、農業法人様を中心に、手続きだけでなく雇用管理の体制づくりまで支援します。本記事では、次の7項目を順に解説します。

1. 在留期間更新・在留資格変更と申請時の注意点（印紙代の変更）
2. 農業分野で認められる業務の範囲と注意事項
3. 特定技能1号から2号への移行要件と申請実務
4. 転職・退職・一時帰国に伴う届出と手続き
5. 税金・年金・社会保険の未納が審査に与える影響
6. 在留資格取消し・不法就労を防ぐために知っておくべきこと
7. 2026年10月時点の制度改正と今後の留意点

1. 在留期間更新・在留資格変更と、申請時の注意点（印紙代の変更）

1-1. 更新と変更の違い

最初に確認すべきことは、予定している業務が、その在留資格で認められる活動かという点です。在留カードの記載だけでは足りません。雇用契約、実際の業務、報酬、勤務先も確認します。

1-2. 申請の時期と、申請中の扱い

• 更新は、原則として在留期間の満了日のおおむね3か月前から申請できます。
• 満了日までに更新を申請すれば、結果が出るまで一定期間は在留できる特例があります。ただし、申請しただけで業務の範囲が広がるわけではありません。
• 在留資格変更は、許可を受けるまで、現在の在留資格で認められる活動の範囲内でしか就労できません。

在留カードの期限を一覧表で管理し、満了日の4〜5か月前に準備を始めることをおすすめします。

1-3. 審査で見られるポイント（ガイドライン）

出入国在留管理庁のガイドライン（最終改正：令和8年6月）では、次のような事項が総合的に考慮されます。

• 現に有する在留資格に応じた活動を行っていたか
• 素行が不良でないか
• 独立の生計を営むに足りる資産または技能があるか
• 雇用・労働条件が、労働関係法規に適合しているか
• 納税義務などを履行しているか
• 入管法に定める届出義務（所属機関に関する届出など）を履行しているか

これらをすべて満たしていても、総合判断で不許可となる場合があります。なお、申請時には、健康保険証、またはマイナポータルの資格情報などの提示を求められます。提示できないことだけで不許可になることはありません。

1-4. 【重要】手数料（印紙代）の改定

2026年10月1日から、変更・更新の手数料は、許可される在留期間に応じた金額になりました。改定前は、窓口6,000円・オンライン5,500円でした。

実務上の注意点

• 基準は申請の受付日です。2026年9月30日までに受付した申請は、許可が10月1日以降でも改定前の手数料です。
• 窓口申請は、従来どおり収入印紙で納付します。許可される在留期間によって必要な額面が変わります。審査結果のハガキに記載された金額を確認し、事前に収入印紙を購入してから来庁してください。売店・コンビニは在庫が限られ、購入は現金のみです。最低枚数となる組合せで購入するよう案内されています。
• オンライン申請は、収入印紙は使えません。コンビニ決済または銀行決済のみで、別途決済手数料がかかります。
• 経済的困難などの特別な理由がある場合は、減額・免除の制度があります。
• 在留許可手数料と行政書士報酬は別の費用です。見積書や社内予算では分けて管理しましょう。
• 手数料の負担者は、雇用契約や社内規程で明確にしておきます。本人に一方的な負担を求めることのないよう注意してください。

1-5. 企業の実務ポイント

1. 在留期限の一覧表をつくり、更新対象者を把握する
2. 提出書類は、最新の提出書類一覧で確認する（過去の書類を流用しない）
3. 雇用契約書・労働条件通知書・給与の実態を一致させる
4. 窓口とオンラインのどちらで申請するか決め、納付方法を準備する
5. 許可を受けた期間によって手数料が変わるため、予算に幅を持たせる

2. 農業分野で認められる業務の範囲と注意事項

2-1. 認められる業務（出入国在留管理庁の公表情報）

選果・選別や出荷作業は、制度上の業務に含まれます。ただし、栽培管理・飼養管理という中心となる業務を行うことが前提です。選果・出荷だけを主たる業務にすることはできません。

2-2. 関連業務の考え方

農産物の加工、運搬、販売などの関連業務は、主たる業務に付随する範囲で認められる場合があります。具体的な範囲は、分野別の運用要領で整理されています。個別のケースは、最新の運用要領を確認して判断します。

注意すべき例は次のとおりです。

• 加工や販売ばかりを行わせ、栽培管理・飼養管理がほとんどない
• 繁忙期の人手不足を理由に、業務範囲外の作業を恒常的に任せる
• 契約書の業務内容と、実際の作業が異なる

2-3. 人材基準と受入れ機関の条件

外国人本人（1号）

• 1号農業技能測定試験（耕種・畜産の区分あり）に合格すること。農業分野の技能実習2号を良好に修了した方は免除されます。
• 日本語は、国際交流基金日本語基礎テストまたは日本語能力試験（N4以上）。技能実習2号を良好に修了した方は免除されます。

受入れ機関

• 直接雇用の場合は、労働者を一定期間以上雇用した経験、またはこれに準ずる経験があること
• 派遣の場合は、派遣元が農業現場の実情を把握していること、派遣先が一定の要件（派遣先責任者など）を満たすこと
• 農業特定技能協議会の構成員になり、必要な協力を行うこと
• 支援を登録支援機関に委託する場合は、協議会に協力する登録支援機関に委託すること
• 外国人本人の求めに応じて、実務経験を証明する書面を交付すること

2-4. 雇用形態

農業分野は、直接雇用と派遣の両方が認められています。農繁期の違いや産地間の労働力の融通に対応するための仕組みです。ただし、派遣には上記の要件があります。

2-5. 日常の管理で注意すること

• 業務内容を変更する前に、変更後の業務が在留資格の範囲かを確認する
• 作業計画に、栽培管理・飼養管理を適切に組み込む
• 賃金、労働時間、休日、安全衛生などの労務管理を整える

3. 特定技能1号から2号への移行要件と申請実務

3-1. 1号と2号の違い

2号は、在留期間の更新に上限がない在留資格です。1号は通算の在留期間に上限（5年）があります。2号は、熟練した技能と実務経験を前提とします。

3-2. 農業分野の2号の要件

① 2号農業技能測定試験への合格
耕種農業全般または畜産農業全般の、該当する区分に合格する必要があります。

② 実務経験
次のいずれかを満たす必要があります（運用方針）。

• 農業の現場で、複数の従業員を指導しながら作業に従事し、工程を管理する者としての実務経験
• 農業の現場における実務経験

年数などの具体的な基準は、運用要領で定められています。申請前に必ず最新版を確認してください。

③ 受入れ機関の要件
協議会の構成員になっていることなど、受入れ機関としての基準を満たす必要があります。

3-3. 実務経験の証明資料

企業は次の資料を整理しておくと、手続きが円滑です。

• 雇用契約書・労働条件通知書、在職期間が分かる資料
• 担当業務、指導・工程管理の内容が分かる資料
• 実務経験証明書（受入れ機関は、本人の求めに応じて証明書を交付する義務があります）
• 2号農業技能測定試験の合格を証明する資料

工程管理や従業員指導を根拠とする場合は、勤続年数だけでなく、どのような役割を担ったかを具体的に記録しておくことが重要です。

3-4. 申請の流れ

1. 本人の在留期限を確認する
2. 試験の日程・合格状況を確認する
3. 実務経験の要件と証明資料を確認する
4. 受入れ機関の要件、必要書類を確認する
5. 在留資格変更許可申請書などを作成する
6. 出入国在留管理局へ申請する
7. 追加資料の求めに対応する

3-5. 在留期限が迫っている場合

試験や書類が間に合わない場合に利用できる特定活動の制度がありますが、所定の要件を満たす必要があり、自動的に認められるものではありません。「2号へ移行する予定だから、期限が過ぎても大丈夫」という考えは危険です。1号の在留期限の1年以上前から、試験の受験時期と実務経験を計画的に整理しましょう。

4. 転職・退職・一時帰国に伴う届出や手続き

4-1. 外国人本人の届出

特定技能を含む対象の在留資格を持つ方は、契約機関（勤務先）との契約が終了した場合、新たな契約を結んだ場合などに、14日以内に出入国在留管理庁へ届け出る必要があります（入管法第19条の16第2号）。

4-2. 受入れ企業（特定技能所属機関）の届出

• 随時届出：雇用契約の変更、支援計画の変更、受入れの継続が困難になった場合などは、事由が生じた日から原則14日以内に届出が必要です。
• 定期届出：受入れ状況などを定期的に報告します。近年、提出頻度が見直されています。最新の様式と時期は、出入国在留管理庁のページで確認してください。
• 登録支援機関に支援を委託している場合でも、届出義務は受入れ機関にあります。
• 届出は、電子届出ポータルからも提出できます（事前の利用者登録が必要）。

4-3. 退職・転職があったときの確認リスト（企業側）

• 退職日（雇用契約の終了日）の確認
• 特定技能の届出の要否と期限の確認
• 登録支援機関への連絡、支援委託契約の扱い
• 社会保険・雇用保険の資格喪失手続き
• 最終給与の精算
• ハローワークへの外国人雇用状況の届出（離職時。雇用保険の被保険者かどうかで期限が異なります）
• 本人への案内（転職活動、在留期限、帰国する場合の手続き）

4-4. 転職先の業務に注意

転職先が決まっても、新しい勤務先で直ちに働けるとは限りません。特定技能の場合は、新しい受入れ機関との雇用契約や、受入れ機関の要件を確認し、原則として在留資格変更許可申請が必要になります。許可が必要なケースでは、許可を受ける前に新しい勤務先で働き始めてはいけません。

4-5. 一時帰国

• 有効な旅券と在留カードを所持し、一定の条件を満たす場合は、みなし再入国許可の制度を利用できます。期限や条件を誤ると、予定どおり日本へ戻れないおそれがあります。
• 長期間の出国は、審査で消極的な要素として評価される場合があります（ガイドライン）。
• 長期の帰国・休業が発生する場合は、在留資格に基づく活動を継続しているか、企業側の届出が必要かを確認します。

5. 税金・年金・社会保険の未納が審査に与える影響

5-1. ガイドラインの記載（令和8年6月改正）

• 納税義務を履行していない場合は、消極的な要素として評価されます。
• 高額・長期の未納などで悪質なものは、納税義務の不履行として扱われます。
• 国民健康保険料など、法令により納付することとされているものも、高額・長期の未納で悪質な場合は同様に扱われます。
• 出入国在留管理庁が関係機関から提供を受けた納税義務などの履行状況に関する情報を踏まえて、許否が判断される場合があります（令和8年6月の改正で注書きが追記されました）。

つまり、未納は申告しなければ分からないものではありません。公的機関の情報をもとに確認される可能性があると考えておくべきです。

5-2. 未納があると必ず不許可か

そうではありません。未納の金額、期間、理由、納付状況など、個別の事情を総合して判断されます。ただし、納付すれば必ず許可されるわけでもありません。

5-3. 企業が確認すべきこと

• 社会保険（健康保険・厚生年金）の加入要件を満たす従業員を、外国人かどうかを問わず加入させているか
• 給与から控除した保険料・税金を、適切に納付しているか
• 労働条件通知書と実際の勤務条件が一致しているか
• 給与・残業代を適切に支払っているか

企業側の雇用管理に問題があると、本人の在留申請にも影響する場合があります。

5-4. 未納が判明した場合

1. 未納の内容、金額、対象期間、納付義務者を確認する
2. 市区町村、年金事務所、税務署などに相談し、必要な納付を進める
3. 納付状況を示す資料（納付書の控え、領収書など）を整理して保管する
4. 経緯の説明が必要な場合は、理由書などで整理する

6. 在留資格取消し・不法就労を防ぐために知っておくべき事項

6-1. 不法就労を防ぐ基本

• 在留カードで、在留資格、在留期間、就労制限の有無を確認する（採用時だけでなく、更新ごとに）
• 在留資格に該当しない業務を、継続的に行わせない
• 期限が切れた外国人を就労させない。更新申請中の場合は、申請状況と、就労できる範囲を確認する
• 配置転換・職務変更・事業内容の変更があるたびに、在留資格との適合性を確認する

不法就労をさせた事業主は、不法就労助長罪の対象になる可能性があります。「知らなかった」では済まされない場合があるため、確認を怠らないことが大切です。

6-2. 在留資格取消しの主なケース

在留資格の取消しは、例えば次のようなケースが対象になり得ます。

• 偽りや不正な手段で、上陸許可や在留資格の変更許可を受けた
• 在留資格に基づく活動を行わず、他の活動を行っている
• 在留資格に基づく活動を、正当な理由なく継続して3か月以上行っていない（就労系の在留資格）
• 住居地を届け出ない、虚偽の住居地を届け出た

退職しただけで直ちに取り消されるわけではありません。ただし、退職後に新たな活動先が見つからないまま長期間が経過すると、取消しの対象になるおそれがあります。

6-3. 企業が整備しておきたい管理体制

1. 在留カードの確認手順（コピーの保管を含む）を定める
2. 在留期限の一覧表をつくり、担当者と期限を明確にする
3. 採用時、配置転換時に、業務と在留資格の適合性を確認する
4. 退職・転職・帰国時の届出を、チェックリスト化する
5. 特定技能の届出・支援義務を、担当者が変わっても引き継げる形で管理する
6. 給与、税金、社会保険の資料を保管する

7. 2026年10月時点の制度改正と今後の留意点

7-1. 在留許可手数料の改定（2026年10月1日〜）

前述のとおり、在留期間に応じた金額になりました。オンライン申請は、コンビニ決済・銀行決済のみで、収入印紙は使えません。複数名を雇用する企業は、更新時期と費用を一覧化し、年間予算を見直してください。

7-2. 育成就労制度（2027年4月1日施行予定）

技能実習制度に代わる新制度として、2027年4月1日に施行されます。人手不足の分野で、原則3年間の就労を通じて、特定技能1号の水準まで育成することを目的とします。やむを得ない事情に加え、一定の要件のもとで本人の意向による転籍も認められる点が、技能実習との大きな違いです。施行後の一定期間は、技能実習との並存が予定されています。

特定技能との関係は、「育成就労 → 特定技能1号 → 特定技能2号」という流れが想定されています。政省令・告示により運用の詳細が決まる部分があるため、最新の公表資料を確認してください。

7-3. 分野別の受入れ見込み数の見直し

2026年1月の閣議決定で、分野別の特定技能1号の受入れ見込み数が、2029年3月末までを対象に再設定されました。外食業分野では、受入れ見込み数の超過が見込まれることから、2026年4月に在留資格認定証明書の交付が一時停止されています。農業分野の受入れ見込み数も含め、最新の運用方針を確認しておきましょう。

7-4. 企業が今から準備すること

• 現在の技能実習生・特定技能外国人の在留期限と、今後のキャリアプランの整理
• 特定技能の届出管理（随時届出・定期届出）の体制づくり
• 手数料の改定を踏まえた予算の見直し
• 育成就労制度の導入を検討する場合の、受入れ計画の準備
• 在留資格に関する情報を、担当者だけでなく社内で共有する仕組みづくり

8. 当事務所のサポート内容

【申請取次行政書士の届出の有無、オンライン申請への対応を記載】

認定経営革新等支援機関として、人材確保・雇用管理・事業計画の面からも、企業の外国人雇用をサポートします。報酬は事前にお見積りします。

まずは無料相談から

「何から始めればよいか分からない」という段階でも構いません。状況を伺い、必要な手続きと確認事項を整理します。

📞 096-385-9002（平日9:00〜18:00）
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行政書士法人塩永事務所（認定経営革新等支援機関）
〒862-0950 熊本県熊本市中央区水前寺1-9-6

※本記事は2026年10月時点の公表情報に基づく一般的な解説です。制度、手数料、必要書類、運用要領は変更される場合があります。個別の案件は、最新の公表資料で確認のうえ、ご相談ください。許可・認定などの結果を保証するものではありません。

参考資料

• 出入国在留管理庁「令和8年10月1日付け在留許可手数料の額の改定等について」：https://www.moj.go.jp/isa/01_00644.html
• 出入国在留管理庁「在留資格の変更、在留期間の更新許可のガイドライン」：https://www.moj.go.jp/isa/applications/resources/nyuukokukanri07_00058.html
• 出入国在留管理庁「農業分野」：https://www.moj.go.jp/isa/policies/ssw/agriculture.html
• 出入国在留管理庁「農業分野における特定技能の在留資格に係る制度の運用に関する方針」：https://www.moj.go.jp/isa/content/001416437.pdf
• 出入国在留管理庁「所属（契約）機関に関する届出」：https://www.moj.go.jp/isa/applications/procedures/nyuukokukanri10_00015.html
• 農林水産省「農業分野における外国人材の受入れ」：https://www.maff.go.jp/j/keiei/foreigner/index.html