【2026年10月最新】くまもと事業者再出発支援補助金|認定経営革新等支援機関が要件・申請のポイントを徹底解説

行政書士法人塩永事務所

本記事は2026年10月6日時点の熊本県公表資料(手引き:10/1作成、Q&A・申請手続きページ:10/5更新)に基づいています。制度は随時更新されますので、申請前に必ず県の最新情報をご確認ください。

令和8年熊本地震(発災日:令和8年7月28日)で被災された事業者の「事業再建・再出発」を支援する大型補助金が、**「くまもと事業者再出発支援補助金」**です。

被災した事業用の施設(店舗・事務所・工場・倉庫など)、機械設備、事業用車両の復旧費用について、国と熊本県が支援します。中小企業・小規模事業者・個人事業主のほか、資本金10億円未満の中堅企業も対象です。

補助率は、中小企業者等で3/4、中堅企業等で1/2、上限額はいずれも3億円です。さらに、一定の要件を満たす**「多重被災事業者」**は、5億円まで補助率10/10(定額)となります。「多重被災事業者」または「特定被災事業者」に該当すれば、上限額は15億円まで引き上げられます。

行政書士法人塩永事務所は、国(中小企業庁)の認定を受けた認定経営革新等支援機関として、被災状況の整理、対象経費の精査、企業再建計画の策定支援、申請書類の作成まで総合的にサポートします。

1. くまもと事業者再出発支援補助金とは?

被災した事業者の事業再建と、被災地域の速やかな復興を目的とした補助制度です。新規の設備投資を支援するものではなく、被災した事業用の施設・設備を、被災前の状態に復旧することが目的です。

対象となる主な施設・設備

• 店舗・事務所、工場・倉庫などの事業用建物
• 生産・作業用などの事業用設備(機械装置等)
• 事業用車両(要件あり)

復旧は修理(修繕)が原則です。次の場合には、入替・建替も認められます。

• 設備が修理不能と認められる場合(設備メーカー等による「修理不能申告書」が必要)
• 施設が「全壊」または「大規模半壊」と判定された場合
• 見積書の比較により、入替・建替のほうが修理・修繕より安価と認められる場合

2. 補助率・補助上限額の区分一覧

補助金額は「補助対象経費(税抜)×補助率」で、千円未満は切り捨てです。

⚠️ 「最大15億円」に関する注意点
すべての事業者が15億円まで申請できるわけではありません。15億円の上限や定額補助は、多重被災事業者・特定被災事業者として認められた場合のみです。定額補助(5億円まで)は15億円の内数です。消費税や補助対象外経費、原状回復を超える部分は自己負担になります。

3. 対象となる事業者・対象外となる事業者

基本条件:熊本県内に事業所を有する事業者です。

対象となり得る事業者

• 中小企業者(士業法人を含む)・小規模事業者・個人事業主
• 中堅企業・みなし中堅企業(資本金または出資金10億円未満)
• 農林水産業協同組合(商工業を営む者)。ただし別途の要件あり

小規模事業者の定義:製造業・建設業・運輸業その他は従業者20人以下、卸売業・小売業・サービス業は5人以下、宿泊業・娯楽業は20人以下です。

事業者規模は、発災時・交付申請時・補助事業完了時のすべての時点で要件を満たす必要があります。いずれかの時点で中小企業者以外となれば、中小企業者以外の扱いとなります。

対象外となる主な事業者

• みなし大企業(大企業が議決権等の1/2以上を保有する等の事業者)
• 農林水産事業者(一次産業)。ただし加工業・販売業用の施設・設備は対象
• 一般社団・財団法人、公益社団・財団法人、医療法人、NPO法人、社会福祉法人、学校法人、宗教法人、信用金庫、法人格のない任意団体、地方自治体
• 性風俗関連特殊営業を営む者
• 熊本県税に未納がある者
• 暴力団、暴力団員、暴力団密接関係者

4. 対象となる施設(未登記建物の扱い)

対象は店舗・事務所・工場・倉庫などの事業用建物です。原則として登記されている施設に限られます。

登記されていない施設の特例
固定資産課税台帳証明書や名寄帳の写しなど、第三者により客観的に証明できる書類で、被災前に所有し事業用に使っていたことが確認できれば、対象となる場合があります。登記や資産計上がない施設・設備は、個別に県へ相談する扱いです。

住宅部分
住宅用建物は対象外です。店舗兼住宅は、面積按分により事業用部分のみが対象です。

5. 機械・設備の修理および入替

• 資産計上の原則:設備は原則として資産計上(固定資産台帳・償却資産台帳)されているものが対象です。台帳がない場合は、売買契約書や購入業者・メンテナンス業者の証明など、第三者による客観的な書類が必要です。
• 修理が原則です。
• 入替が認められる場合:修理不能と認められる場合(修理不能申告書)、または見積書の比較で入替のほうが安価と認められる場合です。
• 高機能化:同種・同用途の設備であれば、より高性能なものへの入替も可能です。ただし補助対象経費の上限は原状回復に必要な額です。別の用途の設備に変えることはできません。
• リースによる復旧は対象外です。所有していた設備の復旧は、購入に係る費用に限られます。

6. 建替え・高機能化を行う場合の注意点

建物を拡張したり高機能な設備を導入したりすること自体は可能です。ただし、**補助対象経費の上限は、被災前の状態に戻すために必要な費用(原状回復費用)**です。

そのため、実際の工事の見積書とは別に、原状回復工事の見積書の提出が必要です。実際の工事費と原状回復費用を比べ、低い方が補助対象経費の上限になります。

設例(当事務所による試算例):1億円で最新の大型工場に建て替えたが、同等規模で復旧した場合の見積額が6,000万円であった場合、補助対象経費の上限は6,000万円です。これに補助率を乗じた額が補助金額の上限となります。

建替えに関するその他のルール

• 半壊などで修繕が可能な場合でも、修繕による原状回復費用を上限として建替えができます。
• 復旧費の補助金であるため、現地での建替えが原則です。移転を伴う場合は、従前建物の解体費用などが補助対象外になるなど扱いが変わるため、事前に県へ相談が必要です。
• 実際の建築工事に必要な設計費用は対象ですが、見積取得のための経費や、設計の前提となる耐震診断費用は対象外です。
• 規模を従前より縮小することも可能です。

7. 事業用車両の復旧・入替

車両は、私用との区別が厳しく確認されます。県の「車両の取扱い」と手引きでは、概ね次の要件が示されています。

• 被災前に申請者が所有していたこと(車検証で確認)
• 事業用のみで資産計上されていること。個人事業主の場合、事業専用割合が100%でないものは対象外
• 事業内容に適した車種であること
• 次の事項を複合的に確認します。
  • 車体に企業名・屋号等が明示されていること
  • 運行日誌・業務日報など、事業に使っていたことを示す書類
  • 自動車保管場所が事業所所在地であること
  • 任意保険の使用目的が「事業用」であること

入替による復旧の場合

• 被災車両の永久抹消が必要です。永久抹消を証明する書類は、登録事項等証明書(軽自動車は検査記録事項等証明書)です。
• 中古市場に出回るもの(下取り)は修理可能と判断されるため、入替による復旧は認められません。
• カーナビ、ETC、ドライブレコーダー等の装備品は、被災車両に装備されていたことが確認できる場合に限り対象です。

復旧後の車両は、補助事業者の名義で登録し、事業用のみに使用する必要があります。また、車体への企業名等の表示、運行日誌の記録、任意保険の事業用設定が求められます。

社長車や従業員の通勤に使える車両、レンタカーなどの賃貸目的の車両は対象外です。

8. 補助対象とならない経費(対象外経費)

主な対象外経費は次のとおりです。

• 商品・在庫・仕掛品・原材料、消耗品(文房具・事務用品等)
• ソフトウェア等の無形資産
• テーブル・イス、食器・調理器具、書類棚・陳列棚など、汎用性があり目的外使用になり得る備品・什器
• 租税公課、保険料、保守費用。消費税分も補助対象外(税抜きで申請)
• 地震に係る清掃・消毒費
• 官公庁への手続きに係る費用(申請代行に係る費用)
• 自社で復旧する場合の人件費(対象は材料費等の実費のみ)
• 仮設店舗・応急処置など仮復旧の費用
• 土地の購入・測量・造成、かさ上げ、防災目的の塀・フェンス等の新設
• 逸失利益などの間接被害、家賃、振込手数料、見積のための事前調査費用

パソコン・ルームエアコンなどは、資産計上されており、被災前から業務用のみに使っていたことを証明できる場合に、対象となることがあります。個別相談とされています。

行政書士などの専門家への報酬は補助対象経費に含まれません。自己資金や融資で準備する必要があります。

9. 被害証明と客観的資料の重要性

被害を受けたことを示す客観的な資料が必要です。主な提出書類は次のとおりです(詳細は県のチェックリストで確認してください)。

共通

• 交付申請書、補助事業計画書(様式あり)
• 履歴事項全部証明書(法人)、住民票(個人)
• 貸借対照表・損益計算書(法人)、確定申告書(個人)
• 熊本県税に未納がないことの証明書(納税証明書28号様式)
• 誓約書、役員等名簿
• 被災(罹災)証明書、被害状況が分かる写真、復旧場所を示す地図
• 保険(共済)金の受領を証する書類

施設:登記事項証明書、復旧(修繕・建替)の見積書、平面図・立面図等の図面、補助対象施設の利用状況表(必要に応じて按分計算書)

設備・車両:固定資産台帳または償却資産台帳、復旧(修理・入替)の見積書、設備の配置図、カタログ・仕様書と修理不能申告書(入替の場合)、車検証(車両の場合)

被災(罹災)証明書を取得できない場合
市町村の受付が終了している場合などは、「理由書」と、建物の建替えなら建築士による「建物被災状況報告書」、修繕や設備なら専門業者による「被災であることの証明書」を提出します。

保険金・共済金
受け取った保険金等は補助対象経費から差し引かれます。請求できる保険金があるのに請求しない物件は対象外です。受領を申告せず過大に受給した場合は、不正受給として交付決定の取消しと返還(加算金あり)の対象になります。

被害写真
被害状況が分かる写真が原則すべて必要で、設備は型番が判別できるものが望ましいです。既に復旧済みで被害写真がない場合は、現状の写真に被害状況を補足した資料を提出します。

10. 100万円以上の工事・購入における「2者以上の見積」ルール

1件あたりの工事費(修繕、購入等)が100万円(税込)以上の場合、2者以上から見積書を取得します。

1者見積もりが認められる場合(「見積書が不足している理由書」を提出)

1. 既に復旧が完了しているとき
2. 既に事業に着手(発注または契約)しているとき
3. 特殊な設備であり、他に対応できる事業者がいないとき
4. 複数者に依頼したが、多忙等により見積書の提出を断られたとき

11. 補助対象期間と「発災日以降の事前着手」の特例

補助対象は、原則として交付決定日以降に発生した経費です。

特例:発災日(令和8年7月28日)以降であれば、交付決定前に復旧した経費も補助対象となります。写真や書類で被災の事実が確認でき、復旧内容が適正と認められる場合に限ります。

既に復旧・支払いを済ませている場合は、見積書に加えて、発注書または契約書、請求書、領収書などを提出します。なお、この場合の実績報告は、交付決定の日から15日以内に提出します。

また、経費は原則として申請者自身が支出済みであることが明確なもの(口座振込が原則)に限られます。

12. 「多重被災事業者」の定額補助(5億円まで10/10)の詳細

過去の激甚災害でも被災し、その復旧・復興の債務を抱えながら再建に取り組む事業者を対象とした枠です。次の①〜⑤をすべて満たす必要があります。

1. 新型コロナウイルス感染症の影響を受けた事業者であること(コロナ関連の支援策の活用実績、感染防止対策の実施、営業時間短縮・臨時休業等の制約、または令和2年1月〜令和5年5月の任意の3か月で売上5%以上減少のいずれか。休業等で影響を受けていないことが明らかな場合は不適用)
2. 過去10か年度以内の激甚指定災害で被災し、かつ、その復旧・復興に向けた国等の支援を活用していること
   • 熊本県で該当する災害は、平成28年熊本地震、令和2年7月豪雨、令和7年8月豪雨です。
   • 支援の例は、グループ補助金、なりわい再建支援補助金、被災中小企業者再建支援補助金、公庫の災害復旧貸付、セーフティネット保証4号、返済猶予等の条件変更などです。
3. 次のア・イのいずれかに該当すること
   • ア:過去の災害の発生前3か月と令和8年熊本地震の発生前3か月(令和8年4〜6月)の売上高を比べ、20%以上減少している復興途上の事業者
   • イ:令和8年熊本地震の発生時に厳しい債務状況にあり、交付申請時に経営再建等に取り組み、認定経営革新等支援機関に事業計画等の確認を受けている事業者
4. 過去10か年度以内の災害からの復旧・復興のための債務を抱えており、県知事が認めた事業者であること(コロナ関連の借入金は対象外。借換えをしている場合は、金融機関の申出書で過去の災害に係る債務が含まれることが確認できれば対象)
5. 令和8年熊本地震で施設または設備が被災し、その復旧を行おうとすること

定額補助は5億円までです。5億円を超える部分は、中小企業者等3/4、中堅企業等1/2となります。

13. 「認定経営革新等支援機関」の役割と塩永事務所のサポート

認定経営革新等支援機関が必要になる場面

認定支援機関の確認が必要になるのは、多重被災事業者の要件③のイ(厳しい債務状況下での経営再建)で申請する場合です。要件③のア(売上20%以上減少)で申請する場合は、認定支援機関の確認は要件ではありません。多重被災事業者の申請であっても、すべての事業者に必要になるわけではない点にご注意ください。

要件③のイで提出する書類は次の3点です(様式は県のホームページに掲載)。

1. 企業再建計画
2. 認定経営革新等支援機関による企業再建計画(事業計画)の確認書
3. 金融機関による企業再建計画の確認書

認定支援機関は、復旧内容が経営環境等を踏まえた適正な規模になっていることを確認します。金融機関は計画の実効性を確認します。認定支援機関と金融機関が同一の場合は、その機関が計画策定を支援したうえで、双方の確認書を発行することも可能とされています。

当事務所の総合サポート

行政書士法人塩永事務所は、国の認定を受けた認定経営革新等支援機関です。

• 被災資産・対象経費の仕分け(対象外経費の除外と漏れの防止)
• 補助対象者区分、多重被災事業者・特定被災事業者への該当性の検討
• 要件③のアとイのどちらで申請すべきかの判断
• 保険金・共済金の控除計算と資金計画の検討
• 企業再建計画の策定支援、認定経営革新等支援機関としての確認書の作成
• 申請書類一式の整合性チェックと申請サポート
• 実績報告・財産管理に関するご相談

14. 【注意】認定機関に依頼したからといって採択・交付が確定するわけではありません

認定支援機関の確認は、特定の要件(多重被災事業者の要件③イ)を満たすための提出書類です。補助金の交付を保証するものではありません。交付決定は県の審査によります。また、交付決定は補助金の支払いを約束するものではなく、一度決定した額の増額は認められません。

当事務所は、将来の現地確認や検査にも耐えられる計画策定と経費整理を最優先にサポートします。

15. 「特定被災事業者」と「多重被災事業者」の違い

上限額が15億円となる枠には、2つの区分があります。

特定被災事業者は、補助率が100%になる制度ではありません。補助申請額が3億円を超え、特定被災事業者に該当する見込みがある場合は、県への個別相談が案内されています。

16. BCP(事業継続計画)および自然災害保険への加入要件

補助を受けるすべての事業者に、次の2点が求められます。いずれも実績報告で確認されます。

1. BCPの策定:県の「熊本県版事業継続計画(BCP)シート」(実績報告時に提出)、独自のBCP、国が認定する事業継続力強化計画のいずれでも構いません。
2. 自然災害(風水害を含む)を補償する保険・共済への加入
   • 補助対象の施設・設備の再調達価額に対する付保割合が、中小企業者等は30%以上、中堅企業は40%以上であること
   • 小規模事業者は加入推奨(義務ではありません)
   • 時価型ではなく、新価(再調達価額)型に加入すること。火災保険の特約でも、条件を満たせば可能です。
   • 修繕の場合も、施設・設備全体について付保割合を満たす必要があります。

17. 申請回数は原則「1事業者1回」

申請は事業者単位で、原則1回です。施設と設備で分けるなど分割して申請する場合は、上限2回です。やむを得ず2回を超える場合は、県への個別相談となります。複数の事業所・支店の分は、合算して申請します。

受付は令和8年10月1日(木)の第1次から始まり、毎月、期間を区切って行われる予定です。詳細な申請期間は県のホームページで案内されます。

提出先:くまもと事業者再出発支援補助金受付センター(熊本市中央区神水1-3-1 ヨネザワ熊本県庁前ビル4階、TEL 096-284-7660、平日9:00〜17:00)。郵送または持参で、書類は2部作成し1部を控えとして保管します。

18. 申請から補助金受領までの全体フロー

<code>STEP 1: 被害状況の確認・写真撮影
  ↓
STEP 2: 被災(罹災)証明書・資産台帳・保険金資料などの収集
  ↓
STEP 3: 復旧計画の検討(修理・入替・建替え)
  ↓
STEP 4: 見積書の取得(1件100万円以上は原則2者以上)
  ↓
STEP 5: 補助事業計画書の作成、補助対象経費の算定
        (多重被災事業者の要件③イの場合は、企業再建計画と認定支援機関・金融機関の確認書)
  ↓
STEP 6: 受付センターへ交付申請(郵送または持参)
  ↓
STEP 7: 県による審査・交付決定
  ↓
STEP 8: 復旧事業の実施・支払い
        (発災日以降であれば、交付決定前の着手・完了分も対象になり得ます)
  ↓
STEP 9: 実績報告書の提出
        (全事業の完了・全支払の完了から15日以内、または県が指定する日のいずれか早い日)
  ↓
STEP 10: 県による書類審査・現地確認、補助金額の確定
  ↓
STEP 11: 請求・補助金の受領(精算払い)</code>

補助事業は、原則として年度内に支払いまで完了する必要があります。年度内に完了する見込みがない場合は、早めに県へ相談してください。

19. 補助金は原則「後払い(精算払い)」|資金繰りに注意

補助金は、復旧と費用の支払いが完了し、補助金額が確定した後に支払われる精算払いが原則です。実績報告の審査終了後、受領までおおむね2か月程度とされています(年度末・年度始めはさらにかかる場合があります)。

概算払いの特例
一定の要件を満たす場合、交付決定日から実績報告提出日までの間に1回限り、概算払いを請求できます。要件は、施設は建屋単位、設備は機械・車両等単位で、復旧と支払いが完了し、使用を開始できる状態にあることです。工事の途中での出来高払いはできません。希望する場合は事前に県へ相談します。

つなぎ融資や自己資金の確保を含めた資金繰り計画が重要です。当事務所でも資金繰りのご相談に対応します。

20. 交付完了後の注意点(財産処分制限・10年間の書類保存)

• 処分制限財産:補助金で復旧した施設・設備(設備は取得価格または効用の増加額が50万円以上のもの)は、一定の期間、別の目的での使用や、譲渡、貸付、取壊し、廃棄、担保権設定、事業中止などに県の事前承認が必要です。処分制限期間は、経済産業省告示(令和5年第64号)に準じて定められます(例:木造店舗22年、食料品製造業用設備10年、貨物自動車5年)。処分の内容によっては補助金相当額の返還を求められます。
• 資産計上と管理:復旧した施設・設備は資産計上し、善良な管理者の注意をもって管理します。
• 書類の保存:補助事業の帳簿や証拠書類(契約書、請求書、領収書等)は、事業完了年度の終了後10年間保存します。
• 公表:交付決定を受けた事業者の名称・所在地は、県のホームページで公表されます。
• 変更手続き:補助対象経費全体の減少額が30%を超える場合などは、変更申請が必要です。
• 税務:補助金の税務上の取扱い(圧縮記帳等)は、税理士にご相談ください。

21. このようなお悩み・ご状況の方はすぐにご相談ください

• 店舗・工場・倉庫・設備が被災し、復旧見積もりが数千万円から数億円になる
• 建物の建替えや、機械設備の入替を検討している
• 平成28年熊本地震、令和2年7月豪雨、令和7年8月豪雨でも被災し、災害関連の借入が残っている(多重被災の可能性)
• 既に一部の修理や工事に着手・完了している
• 見積書が1者分しか取れない
• 保険金・共済金を受け取っており、控除額の計算が分からない
• どの区分(3/4補助、10/10定額、15億円上限)に当てはまるか分からない
• 認定経営革新等支援機関の確認が必要か判断できない
• BCPの作成方法が分からない

22. 「申請できるか分からない」段階でのご相談も歓迎です

「被災(罹災)証明書がまだ手元にない」「資産台帳に載っていない設備がある」「見積書が揃っていない」といった段階でも、代替書類や理由書で対応できる場合があります。まずは被害の状況とご希望をお聞かせください。

なお、お近くの商工会議所・商工会でも、申請書類の作成支援が行われています。

熊本の事業者の皆様の「再出発」を全力でサポートします

行政書士法人塩永事務所は、熊本市中央区水前寺に拠点を置き、地元の事業者の皆様の復興と事業の発展を支えてまいりました。認定経営革新等支援機関として、書類の作成にとどまらず、事業再建・資金繰り・許認可・復旧後の事業継続まで見据えたご提案をいたします。

【ご相談・お問い合わせ】行政書士法人塩永事務所(認定経営革新等支援機関)
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E-mail:info@shionagaoffice.jp

出典(熊本県公表資料):「くまもと事業者再出発支援補助金手引き」(令和8年10月1日作成)/「Q&A」(10月5日更新)/「定額補助(多重被災事業者)申請マニュアル」(10月1日更新)/交付申請手続きページ(10月5日更新)