医療法人の分院開設を行政書士が徹底サポート｜定款変更・診療所開設・保険医療機関指定・各種届出まで

医療法人の分院開設は、行政書士法人塩永事務所におまかせください

「現在の診療所とは別の場所に分院を開設したい」

「医療法人として2か所目の診療所を開設したい」

「新しい診療所でも保険診療を行いたい」

「分院を開設する場合、定款変更は必要なのか？」

「保健所への診療所開設許可はどうすればよいのか？」

「保険医療機関の指定申請はいつまでに行えばよいのか？」

「生活保護や労災などの指定も取り直す必要があるのか？」

医療法人が新たに診療所を開設する「分院開設」では、このようなご相談が多くあります。

医療法人の分院開設は、単純に新しい物件を借りて診療所を作れば完了するものではありません。

医療法上の手続だけでも、

• 医療法人の定款確認・定款変更
• 所管行政庁との事前協議
• 診療所開設許可
• 診療所開設届
• 医療従事者・管理者関係の手続
• 診療用エックス線装置等の届出

などを確認する必要があります。

さらに、保険診療を行う場合には、

• 保険医療機関の指定申請
• オンライン資格確認に関する手続
• 施設基準の届出
• 生活保護法指定医療機関
• 労災保険指定医療機関
• 結核・自立支援医療・被爆者関係等の公費・指定医療機関関係
• 特定健診・がん検診・予防接種等の自治体関係手続

など、診療所の診療内容に応じて追加の手続が必要になります。

行政書士法人塩永事務所では、医療・薬事手続を取り扱う行政書士として、分院開設の計画段階から、所管行政庁・保健所・地方厚生局等との関係を整理し、開設日から適切に診療を開始できるよう手続全体をサポートします。

医療法人の「分院」とは？

医療法人が現在運営している診療所とは別の場所に、新たに病院や診療所を開設する場合、一般に「分院開設」と呼ばれます。

例えば、

現在

医療法人○○会
↓
○○クリニック

という診療所を運営している医療法人が、

分院開設後

医療法人○○会
├── ○○クリニック（本院）
└── △△クリニック（分院）

という形で、別の所在地に新たな診療所を開設するケースです。

重要なのは、分院は「本院の住所を変更する移転」とは異なるということです。

本院を残したまま別の場所に新しい診療所を設けるため、基本的には新しい医療機関としての開設手続、保険医療機関の指定関係手続等を検討する必要があります。

分院開設で最初に確認すること

分院開設を検討したら、いきなり申請書を作成するのではなく、まず全体計画を確認します。

特に重要なのは次の項目です。

• 分院の所在地
• 診療科
• 無床診療所か有床診療所か
• 開設予定日
• 保険診療を開始したい日
• 分院の名称
• 管理者となる医師
• 勤務医・看護師等の人員体制
• 診療時間
• 診療内容
• 使用する医療機器
• X線装置等の有無
• 建物の所有・賃貸関係
• 平面図
• 医療法人の定款
• 現在の本院の診療内容
• 現在取得している施設基準
• 公費・指定医療機関等の取得状況

これらを最初に確認することで、後から計画を大幅に変更するリスクを抑えます。

分院開設では「物件選び」の段階から行政手続を考える

分院開設で非常に重要なのが、物件を契約する前の確認です。

「このテナントなら広さも十分だから大丈夫」

と判断して契約した後に、

• 診療所としての使用に問題がある
• 平面計画を変更する必要がある
• X線室の設置に問題がある
• 消防関係の対応が必要
• 建物用途について確認が必要
• 必要な診療スペースを確保できない
• 医療法上の基準との調整が必要

などの問題が判明する可能性があります。

そのため、分院候補物件については、可能であれば契約前に、

• 所在地
• 建物用途
• 建物構造
• 面積
• 平面図
• 賃貸借条件
• 所有者
• 医療機器の設置予定
• 診療科
• 病床の有無

などを確認します。

医療法人の定款を最初に確認します

医療法人が分院を開設する場合、まず現在の定款を確認します。

医療法人の定款には、法人の目的や開設する医療機関等に関する事項が記載されています。

そのため、

「分院を開設する場合、現在の定款のままでよいのか」

を最初に確認する必要があります。

熊本県では、医療法人が定款を変更する場合、「医療法人定款変更認可申請書」の提出が必要とされており、申請内容によって添付書類が異なります。

また、熊本市に主たる事務所を置く医療法人については熊本市が所管するなど、所管行政庁も法人の所在地・医療機関の開設区域によって異なります。複数の保健所管轄にまたがる場合には、熊本県が所管するケースもあります。

したがって、分院の所在地が決まった段階で、現在の定款と新しい分院の計画を照合することが重要です。

定款変更認可が必要な場合

定款変更が必要な場合には、一般に、

現在の定款を確認

↓

分院開設計画を整理

↓

定款変更案を作成

↓

所管行政庁と事前協議

↓

定款変更認可申請

↓

認可

という流れになります。

分院開設のスケジュールを組む場合には、診療所の開設予定日から逆算して定款変更手続を進める必要があります。

「分院の工事が終わってから定款変更を考える」という進め方では、予定していた開設日に間に合わなくなる可能性があります。

医療法人の変更登記について

定款変更の内容によって、医療法人の登記事項に変更が生じる場合には、法務局での変更登記が必要となることがあります。

ここは、行政庁に対する定款変更認可と、法務局に対する変更登記を区別する必要があります。

登記申請そのものは司法書士の専門業務となります。

行政書士法人塩永事務所では、必要に応じて提携司法書士と連携し、

• 定款変更認可
• 変更登記
• 登記完了後の関係手続

が円滑につながるようサポートします。

分院診療所の開設許可

医療法人が新たに診療所を開設する場合、所在地や病床の有無等に応じて、医療法上の診療所開設許可・届出等を確認します。

特に、法人が開設者となる診療所については、個人開設の診療所とは異なる手続があります。

熊本県では、法人等が診療所を開設する場合、原則として診療所開設許可申請を行うこととされており、熊本県の案内では手数料19,000円とされています。

ただし、熊本市など所管が異なる地域では、提出先・様式・手数料等が異なる可能性があります。

したがって、分院所在地の所管保健所等を確認した上で手続を進めることが重要です。

診療所開設届

開設許可を受けた後、実際の診療所開設に伴って開設届等の手続を行います。

具体的な提出時期や添付書類は、診療所の所在地、病床の有無、開設形態等によって異なるため、所管保健所に確認します。

分院の管理者となる医師について

分院開設では、誰を管理者とするのかが重要です。

管理者については、

• 医師免許
• 臨床経験等
• 勤務状況
• 他医療機関との関係
• 管理者としての要件
• 保険医療機関における管理者関係

などを確認します。

さらに、2026年4月1日から、保険医療機関の管理者について新たな要件が設けられています。

九州厚生局も、2026年4月1日以降に新たに保険医療機関の管理者となる場合には、要件を満たすことが必要としており、指定申請等の際に必要事項・添付書類の提出を求めています。

そのため、分院の管理者を誰にするのかは、分院開設直前ではなく早い段階で確認することが重要です。

分院の人員体制を確認します

分院開設では、医師だけでなく、

• 看護師
• 准看護師
• 看護補助者
• 医療事務
• 臨床検査技師
• 診療放射線技師
• その他の医療従事者

など、診療内容に応じた人員配置を検討します。

特に、

診療科

診療内容

病床の有無

X線等の医療機器

によって必要となる人員や資格が変わる可能性があります。

保険診療を行うなら「保険医療機関指定」が重要

分院で健康保険による診療を行う場合には、保険医療機関の指定に関する手続が必要です。

九州厚生局では、保険医療機関の新規指定について、

1. オンライン資格確認に係る受付番号の情報提供依頼
2. 保険医療機関の指定申請
3. 審査

という流れを案内しています。

また、新規指定の場合には、オンライン資格確認の導入が原則義務付けられており、指定申請時にオンライン資格確認の導入計画書等を提出することとされています。

したがって、分院開設では、

「保健所の手続が終わったら保険診療ができる」

と考えてはいけません。

保健所関係と厚生局関係を並行してスケジュール管理することが重要です。

保険医療機関指定は早めに準備します

九州厚生局では、オンライン資格確認に係る受付番号情報提供依頼について、診療開始月の前々月の最初の開庁日までに提出することを案内しています。

したがって、例えば、

4月1日から分院で診療開始

を予定している場合、

「3月になってから保険医療機関指定を考える」

というスケジュールでは遅い可能性があります。

開設予定日から逆算して、厚生局への申請時期を確認する必要があります。

2026年4月から「外来医師過多区域」の制度にも注意

2026年4月1日から、都道府県知事が設定する外来医師過多区域において、新たに無床診療所を開設し、保険医療機関の指定を受けようとする場合には、一定の場合、開設の6か月前までに地域外来医療の提供に関する意向等の事前届出が必要となっています。

さらに、都道府県知事による地域で不足する医療機能に関する要請・勧告等との関係で、保険医療機関の指定期間が通常の6年間ではなく、3年以内の期限付き指定となる場合があります。

したがって、2026年以降に無床の分院を開設する場合には、

「保険医療機関指定申請だけを確認すればよい」

とは限りません。

分院の所在地について、都道府県の医療提供体制に関する最新の制度・区域指定等を確認することが重要です。

施設基準の届出

保険医療機関として指定された後も、診療内容に応じて施設基準の届出が必要になる場合があります。

例えば、

• 在宅医療関係
• リハビリテーション関係
• 医学管理関係
• 検査関係
• 手術関係
• その他診療報酬上の施設基準

などです。

重要なのは、

「保険医療機関の指定」と「施設基準の届出」は別の手続

だということです。

本院で取得している施設基準がある場合でも、分院について当然に同じ施設基準が適用されるとは限りません。

分院の、

• 設備
• 人員
• 診療内容
• 診療時間
• 医療機器
• 実績要件

などを確認して、届出可能な施設基準を整理します。

九州厚生局では2026年8月31日現在、施設基準についてオンライン申請可能な手続の追加等も案内しています。

生活保護法指定医療機関

分院で生活保護法による医療扶助を取り扱う場合には、生活保護法指定医療機関に関する手続も確認します。

保険医療機関の指定と生活保護法指定医療機関の指定は、制度上別の手続です。

九州厚生局では、保険医療機関と生活保護法指定医療機関の指定申請を同時に行う場合の申請様式も案内しています。

その他の公費・指定医療機関

分院の診療内容によって、次のような制度も確認します。

• 自立支援医療
• 結核指定医療機関
• 被爆者一般疾病医療機関
• 難病医療
• 母子保健関係
• 労災保険指定医療機関
• 予防接種
• 特定健診
• がん検診
• その他自治体の医療事業

これらはすべての診療所で必要になるわけではありません。

分院で実際にどのような診療を行うのかを確認した上で、必要な指定を洗い出します。

診療用エックス線装置の手続

X線装置等を設置する分院では、放射線関係の手続も確認します。

例えば、

• X線装置の設置
• X線装置備付届
• 放射線関係の構造設備
• 装置の種類・仕様
• 管理区域等
• 移動型装置等の取扱い

などです。

「診療所開設許可が取れたから、X線装置もそのまま設置できる」というわけではありません。

医療機器の種類や設置状況に応じて、必要な届出・確認を行います。

分院開設では建築・消防関係も確認します

行政書士が医療法・保険医療等の手続を担当する場合でも、建物については、

• 建築基準法
• 消防法
• 用途変更
• 消防設備
• 防火管理
• 避難経路
• バリアフリー
• その他建物関係法令

などの確認が必要になることがあります。

これらについて行政書士の業務範囲を超える専門的な対応が必要となる場合には、建築士、消防設備士等の専門家との連携を検討します。

医療法上の診療所開設許可だけを確認して物件を決めるのではなく、建物全体について確認することが重要です。

分院開設の全体的な流れ

分院開設の一般的な流れは、次のようになります。

STEP1　分院開設計画

• 開設地域
• 診療科
• 無床・有床
• 開設日
• 管理者
• 診療内容
• 人員体制
• 物件

を確認します。

↓

STEP2　物件・平面計画の確認

• 所有・賃貸関係
• 建物用途
• 平面図
• 各室の用途
• 医療機器
• X線装置
• 消防関係

等を確認します。

↓

STEP3　医療法人の定款確認

分院開設に伴う定款変更の要否を確認します。

↓

STEP4　所管行政庁との事前協議

必要に応じて定款変更等について事前相談を行います。

↓

STEP5　定款変更認可申請

必要な場合に定款変更認可申請を行います。

↓

STEP6　診療所開設許可

所管保健所等へ診療所開設許可申請を行います。

↓

STEP7　保険医療機関関係の準備

九州厚生局等へ指定申請に必要な手続を進めます。

↓

STEP8　施設基準・公費指定等

分院の診療内容に応じて各種届出・指定申請を行います。

↓

STEP9　開設

必要な許認可・届出等を確認した上で分院を開設します。

↓

STEP10　開設後の確認

開設後に必要となる変更届、各種報告、施設基準関係、指定関係等を確認します。

※具体的な順序・時期は、分院の所在地、病床の有無、診療科、建物の状況、医療法人の定款等によって異なります。

分院開設でよくある注意点

1．物件を先に契約してしまう

分院開設では非常に多い問題です。

物件を決めてから、

「この建物では予定していた診療所の構造にできない」

ということが判明すると、計画全体を見直す必要があります。

できる限り物件契約前に専門家・関係行政機関へ相談することをおすすめします。

2．定款変更を後回しにする

「診療所の工事が終わってから定款変更をすればよい」と考えると、開設日に間に合わない可能性があります。

分院の計画が固まった段階で、現在の定款を確認します。

3．保健所だけ確認して厚生局を後回しにする

これは非常に注意が必要です。

診療所の開設許可と保険医療機関の指定は別制度です。

「保健所から許可が出た＝すぐ保険診療ができる」

とは限りません。

保険医療機関指定についても、開設予定日から逆算して準備する必要があります。

4．施設基準を後から考える

分院でどの診療報酬を算定したいのかによって、必要な設備・人員等が変わる場合があります。

そのため、施設基準を後から考えるのではなく、

「分院でどのような医療を提供するのか」

を最初に整理します。

5．管理者を直前に決める

管理者については、2026年4月から保険医療機関の管理者に関する要件も設けられています。

そのため、管理者候補が決まった段階で、必要な資格・経歴・勤務状況等を早期に確認することをおすすめします。

分院開設と本院の手続を混同しないことが重要

分院開設では、

本院

と

分院

を分けて考える必要があります。

本院については、

• 現在の保険医療機関指定
• 現在の施設基準
• 現在の公費指定
• 現在の診療内容

を維持しながら、

分院について、

• 新規開設
• 新規の保険医療機関指定
• 施設基準
• 公費指定

を進めることになります。

そのため、

「本院で取得しているものを分院でも当然に使える」

とは考えないことが重要です。

分院の保険医療機関指定と本院の指定は別に考えます

分院を新たに開設する場合、原則として分院について保険医療機関としての指定関係を確認します。

九州厚生局では、2026年9月にも熊本県内の保険医療機関の新規指定一覧が公表されており、新規開設された医療機関について指定手続が行われていることが確認できます。

したがって、

「同じ医療法人だから、本院の保険医療機関指定を分院でも使える」

という理解は適切ではありません。

分院について別途必要となる指定・届出を確認する必要があります。

分院開設後も手続は続きます

分院開設は、開設日ですべて終了するわけではありません。

開設後も、

• 変更届
• 施設基準
• 定例報告
• 公費指定関係
• 医療法人関係の届出
• 保険医療機関関係の報告
• 人員変更
• 管理者変更
• 診療内容変更

など、状況に応じた手続が発生します。

そのため、分院開設後の運営まで見据えて、必要な届出・報告を整理しておくことが重要です。

行政書士法人塩永事務所の分院開設サポート

行政書士法人塩永事務所では、分院開設について、単に申請書を作成するだけではなく、開設予定日から逆算して全体の行政手続を整理することを重視しています。

① 分院開設の初回相談

まず、

• どこに開設するのか
• いつ開設したいのか
• 何科を開設するのか
• 無床か有床か
• 誰が管理者になるのか
• どのような診療を行うのか
• 保険診療を行うのか
• どの公費・指定を利用するのか

を確認します。

② 医療法人の定款確認

現在の定款を確認し、

• 分院開設に伴う変更の要否
• 定款変更認可の必要性
• 変更内容
• 添付書類
• 所管行政庁

を整理します。

熊本県では、複数の保健所管轄にまたがる場合等、所管が変わるケースがあるため、分院所在地を含めた法人全体の開設状況を確認します。

③ 保健所等との事前協議

必要に応じて、

• 診療所開設
• 平面図
• 設備
• X線装置
• 病床
• 管理者
• その他の医療法関係

について事前相談を行います。

④ 定款変更認可申請

必要な場合には、

• 定款変更認可申請書
• 変更後定款
• その他必要な添付書類

を準備し、所管行政庁へ申請します。

⑤ 診療所開設関係

分院について、

• 診療所開設許可
• 診療所開設届
• X線装置等の関係届出
• その他医療法関係手続

を確認します。

⑥ 保険医療機関指定

分院で保険診療を行う場合、

• オンライン資格確認関係
• 保険医療機関指定申請
• 管理者関係書類
• その他添付書類

を準備します。

九州厚生局では、新規指定の場合、オンライン資格確認に係る受付番号情報提供依頼や導入計画書等を含む手続が案内されています。

⑦ 施設基準

分院の診療内容を確認し、必要な施設基準について、

• 要件確認
• 必要書類の整理
• 届出書類作成
• 届出

等をサポートします。

⑧ 公費・指定医療機関

必要に応じて、

• 生活保護
• 労災
• 自立支援医療
• 結核
• 被爆者
• 難病
• 予防接種
• 特定健診
• がん検診

等について、分院に必要な指定・届出を確認します。

司法書士・税理士・社会保険労務士等との連携

医療法人の分院開設では、行政書士だけですべての業務を行うわけではありません。

例えば、

行政書士

• 医療法人関係の行政手続
• 定款変更認可
• 診療所開設関係
• 保健所関係
• 厚生局関係
• 各種許認可・届出

司法書士

• 医療法人の変更登記等

税理士

• 分院開設に伴う税務
• 法人会計
• 税務申告

社会保険労務士

• スタッフの社会保険
• 労働保険
• 労務関係

など、それぞれ専門分野があります。

行政書士法人塩永事務所では、必要に応じて各専門家と連携し、分院開設に必要な行政手続を中心として、全体が円滑に進むようサポートします。

医療法人分院開設の必要手続チェックリスト

分院の状況によって異なりますが、初期相談では次のような項目を確認します。

項目	確認
分院所在地	□
開設予定日	□
診療科	□
無床・有床	□
分院名称	□
管理者	□
医師・スタッフ体制	□
建物所有・賃貸関係	□
平面図	□
医療機器	□
X線装置	□
医療法人定款	□
定款変更の要否	□
所管行政庁	□
診療所開設許可	□
診療所開設届	□
X線関係届出	□
保険医療機関指定	□
オンライン資格確認	□
施設基準	□
生活保護指定	□
労災指定	□
自立支援医療等	□
結核・被爆者等	□
予防接種	□
特定健診	□
がん検診	□
建築関係	□
消防関係	□
法人変更登記	□
税務・労務関係	□

医療法人の分院開設は早めのご相談を

分院開設では、

「物件が決まってから行政手続を考える」

のではなく、

「分院を開設したいと思った時点から行政手続を確認する」

ことが重要です。

特に、

• 新築
• 大規模改修
• テナント開設
• 無床診療所の新設
• 有床診療所の開設
• X線装置の設置
• 特殊な診療科
• 自費診療と保険診療の併設
• 公費負担医療を取り扱う診療所
• 本院と異なる診療科の分院

などの場合には、早期の確認をおすすめします。

医療法人の分院開設なら行政書士法人塩永事務所へ

医療法人の分院開設は、

「診療所をもう1つ作るだけ」ではありません。

医療法人の定款、所管行政庁、保健所、診療所開設許可、保険医療機関指定、オンライン資格確認、施設基準、公費指定、医療機器、X線関係、建築・消防関係など、複数の手続を同時に管理する必要があります。

また、2026年4月からは新たな無床診療所の開設に関する外来医師過多区域の制度が関係する場合があり、保険医療機関指定のスケジュールにも影響する可能性があります。

さらに、2026年9月1日から保険医療機関の遡及指定・機能移転の取扱いが変更されています。分院開設そのものでは通常の新規指定が中心となりますが、本院との関係や開設形態によって個別の確認が必要となる場合があります。

行政書士法人塩永事務所では、

• 医療法人分院開設計画
• 医療法人定款の確認
• 定款変更認可
• 所管行政庁との事前協議
• 診療所開設許可
• 診療所開設届
• X線装置等の関係手続
• 保険医療機関指定
• オンライン資格確認関係
• 施設基準
• 生活保護法指定医療機関
• 労災保険指定医療機関
• 自立支援医療等
• 結核・被爆者等の指定
• 予防接種・健診・検診関係
• その他の医療・薬事関係手続

について、分院の診療内容・所在地・開設形態に応じて必要な手続を個別に確認し、開設スケジュールに沿ってサポートします。

一部の手続だけをご依頼いただくことも可能です。

「分院を開設したい」と思った段階からご相談ください

「まだ物件を探している」

「分院の開設時期だけ決まっている」

「定款変更が必要か分からない」

「保険診療をいつから開始できるのか知りたい」

「本院と同じ施設基準を分院でも取得したい」

といった段階でもご相談いただけます。

医療法人の分院開設を検討されている先生は、早めに行政書士法人塩永事務所へご相談ください。

行政書士法人塩永事務所

〒862-0950
熊本市中央区水前寺1-9-6

TEL：096-385-9002
E-mail：info@shionagaoffice.jp

医療法人の設立・定款変更・診療所開設・分院開設・保険医療機関指定・医療・薬事関係の行政手続について、案件ごとに必要な手続を整理し、関係専門家とも連携しながらサポートします。