医療法人の設立・法人診療所の開設を行政書士がサポート｜熊本・九州対応

医療法人の設立認可から、法人診療所の開設、保険医療機関の指定まで — 行政書士法人塩永事務所がサポートします。

こんなご相談をいただいています

個人で診療所を経営されている先生から、次のようなご相談をいただきます。

医療法人を設立して、現在の診療所を法人化したい
分院を開設したい
法人化した後、保険診療を継続するために何をすればよいのか分からない
診療所の開設許可、保健所、厚生局、各種指定までまとめて相談したい

医療法人の設立は、株式会社や合同会社の設立とは仕組みが大きく異なります。株式会社は定款を作成して法務局に登記すれば成立しますが、医療法人は医療法に基づく都道府県知事（主たる事務所が保健所設置市等にある場合は当該市長等）の設立認可を受けなければ設立できません（医療法第44条第1項）。

さらに重要なのは、医療法人を設立しただけでは、個人診療所の保険医療機関としての地位が法人に引き継がれるわけではないという点です。保険医療機関の指定は開設者に対して行われるため、開設者が個人から法人に変わる以上、法人診療所として改めて指定を受ける必要があります。

そのため法人化にあたっては、次のような複数の行政機関への手続が連続して発生します。

区分	主な手続	主な窓口
医療法人	設立認可申請	都道府県（熊本市に主たる事務所を置く場合は熊本市）
登記	設立登記	法務局（司法書士の業務）
診療所	開設許可申請・開設届	保健所
個人診療所	廃止届等	保健所
保険診療	保険医療機関の指定申請	地方厚生（支）局
診療報酬	施設基準の届出	地方厚生（支）局
公費負担医療	生活保護法指定医療機関等	都道府県・市
労災	労災保険指定医療機関	都道府県労働局
予防接種・健診	契約・委託関係の変更	市町村・医師会等
医薬品・麻薬	麻薬関係の届出等	都道府県

したがって、設立認可の時期だけを見てスケジュールを組むのではなく、「予定した日から法人名義で診療を開始できる状態」から逆算して全体を設計することが欠かせません。

行政書士法人塩永事務所では、医療・薬事分野の許認可を取り扱う行政書士として、医療法人の設立認可から法人診療所の開設、保険医療機関の指定に関する手続まで、関係専門家と連携しながらサポートしています。

医療法人とは

医療法人は、病院、医師または歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設、介護医療院の開設を目的として設立される法人です（医療法第39条）。

設立にあたっての主な特徴は次のとおりです。

設立には認可が必要：都道府県知事等の認可を受けなければ設立できません（医療法第44条第1項）。
社団と財団：出資・拠出により設立する社団医療法人は「定款」、財産の寄附により設立する財団医療法人は「寄附行為」を作成します。実務上は社団医療法人が大半です。
持分の定めのない医療法人：平成19年4月1日施行の第五次医療法改正以降、新たに設立できるのは持分の定めのない医療法人に限られます。
剰余金の配当禁止：医療法人は剰余金を配当することができません（医療法第54条）。
役員構成：原則として理事3人以上、監事1人以上が必要です（医療法第46条の5）。理事長は原則として医師または歯科医師である理事から選出します（医療法第46条の6）。

定款または寄附行為には、目的、名称、開設する病院・診療所等の名称および開設場所、事務所の所在地、資産および会計、役員、理事会、社員総会に関する事項などを定める必要があります。

なお、設立認可申請の受付時期が年に数回に限定されている自治体もあります。熊本県・熊本市の直近の受付スケジュールは、申請を検討する段階で必ず確認してください。

個人診療所を法人化する場合の考え方

現在、医師個人が開設者となっている診療所を医療法人に移行する場合、次のように開設者そのものが入れ替わります。

【法人化前】 医師個人 → 個人診療所 → 個人名義の保険医療機関

【法人化後】 医療法人 → 法人診療所 → 法人名義の保険医療機関

これは「名称を変更する」手続ではなく、個人診療所を廃止し、法人診療所を新たに開設する手続です。そのため、医療法上の開設許可・開設届・廃止届と、健康保険法上の指定申請・廃止届を、日付が途切れないように組み合わせる必要があります。

保険医療機関の指定日の「遡及」について

保険医療機関の指定日は、原則として毎月1日とされています。そのままでは、個人診療所の廃止日と法人診療所の指定日の間に空白が生じ、その期間の保険診療ができなくなるおそれがあります。

この点について、開設者の変更が実質的に同一の診療体制・同一の場所で行われる場合など、一定の要件のもとで指定日を遡及して取り扱う運用が案内されています。いわゆる「法人成り」のケースはこれに該当し得ます。

ただし、遡及の取扱いは要件や提出期限が定められており、案件ごとの事情によって判断が異なります。適用を前提にスケジュールを組む場合は、事前に管轄の地方厚生（支）局に確認することが不可欠です。次の4つの日付を一体で設計してください。

医療法人の成立日（設立登記の日）
法人診療所の開設日
個人診療所の廃止日
保険医療機関の指定日

医療法人設立から診療開始までの全体像

STEP1　事前相談・設立計画の整理

最初に、次の事項を確認します。

診療所の現況：診療科目、病床の有無、医師・スタッフの体制、所在地
法人の設計：法人の名称、診療所の名称、主たる事務所、役員構成、社員構成
財産関係：医療機器・設備、賃貸借契約、借入金、法人へ移行する資産の範囲
保険診療の現況：現在届け出ている施設基準、公費負担医療等の指定状況
希望時期：いつから法人名義で診療を開始したいか

ここを十分に詰めずに申請書の作成に入ると、後から計画変更が必要になることがあります。当事務所では、まず全体のスケジュールと手続の相互関係を整理することを重視しています。

なお、設立認可にあたっては、設立当初に必要な運転資金の確保など、所管行政庁から一定の説明を求められることがあります。資金計画は早い段階で整理しておくことをおすすめします。

STEP2　設立認可申請書類の準備

案件に応じて、次のような書類を準備します。

定款（案）または寄附行為（案）
設立趣意書
設立総会議事録
役員の就任承諾書・履歴書、医師・歯科医師等の資格を証する書類
財産目録および財産に関する証明書類
拠出（寄附）申込書
診療所の概要、事業計画書、予算書
賃貸借契約書、負債に関する書類　など

必要書類の様式、部数、提出時期、事前協議の進め方は所管行政庁によって異なります。熊本県・熊本市はいずれも医療法人の各種手続について様式と手引きを公開していますので、最新版を確認のうえ準備します。

STEP3　設立認可申請

所管行政庁との事前協議を経て、認可申請を行います。審査の過程で医療審議会の意見聴取等が行われるため、申請から認可書の交付までには相応の期間を要します。

ここで重要なのは、認可が下りる時期だけを見るのではなく、その後の登記・診療所開設・保険医療機関指定までを含めて逆算することです。

STEP4　設立登記

認可後、法務局で設立登記を行うことにより医療法人が成立します。設立の登記は、設立の認可書の到達した日から2週間以内に行う必要があります（組合等登記令第2条）。

登記申請の代理は司法書士の業務です。当事務所では、必要に応じて提携する司法書士等と連携し、

設立認可 → 設立登記 → 診療所開設 → 保険医療機関指定

という流れが途切れないよう進行管理を行います。登記完了後は、登記事項証明書を添えて所管行政庁へ登記完了の届出を行う必要があります。

STEP5　法人診療所の開設許可・開設届

医療法人が診療所を開設する場合、臨床研修等修了医師等が個人で開設する場合と異なり、事前に開設許可を受ける必要があります（医療法第7条第1項）。許可権者は都道府県知事、保健所設置市の市長または特別区の区長です。

許可を受けたうえで診療所を開設し、開設後10日以内に開設届を提出します。病床を設ける場合は病床設置に関する手続も必要です。

熊本県・熊本市はいずれも診療所開設許可申請書等の様式を公開しています。申請手数料は条例で定められているため、金額は最新の案内でご確認ください。

無床か有床かによって手続・審査の内容が変わりますので、早い段階での確認が重要です。

STEP6　個人診療所の廃止に関する手続

法人診療所の開設手続だけでなく、従前の個人診療所についても手続が必要です。

診療所廃止届（廃止後10日以内。医療法第9条第1項）
個人名義の保険医療機関の廃止届
公費負担医療等の指定に関する廃止・変更手続
施設基準の辞退に関する手続
労災保険指定医療機関の変更・廃止手続
予防接種・健診等の委託契約の終了または名義変更

STEP7　保険医療機関の指定申請

法人診療所として健康保険による診療を行うには、開設者である医療法人が申請し、地方厚生局長の指定を受ける必要があります（健康保険法第65条）。

主な提出書類は次のとおりです。

保険医療機関指定申請書
診療所開設許可書の写し
管理者の医師免許証の写し
土地・建物の登記事項証明書または賃貸借契約書
平面図
その他、地方厚生局が定める添付書類

指定日は原則として毎月1日で、申請の締切日が月ごとに定められています。締切を逃すと指定が1か月先送りになりますので、開設日との関係を必ず確認してください。

STEP8　オンライン資格確認に関する手続

新規に保険医療機関の指定を受ける場合、オンライン資格確認の導入が原則として義務付けられています（保険医療機関及び保険医療養担当規則）。指定申請にあわせて、導入に関する届出や関連情報の提供が求められます。

既存の個人診療所で既に導入している場合であっても、開設者が変わることにより、医療機関コードの変更に伴う各種登録の切り替えが必要になります。レセプトの請求、電子処方箋、医療情報化支援基金関係の手続も含め、事前に確認してください。

STEP9　施設基準の届出

特定の施設基準を満たして診療報酬を算定する場合、保険医療機関の指定とは別に施設基準の届出が必要です。

**施設基準は開設者が変わっても自動的に引き継がれません。**個人診療所で届け出ていた施設基準は、法人診療所として改めて届け出る必要があります。届出が受理された日に応じて算定開始時期が決まるため、届出の時期が遅れると、その分だけ算定できない期間が生じます。

該当し得る分野の例：

在宅医療関係（在宅療養支援診療所など）
医学管理等（生活習慣病管理料など）
リハビリテーション関係
検査・画像診断関係
情報通信機器を用いた診療に関する届出

STEP10　公費負担医療・各種指定医療機関の確認

こちらも**法人診療所へ自動的に引き継がれるものではありません。**制度ごとに、新規指定・変更届・廃止届のいずれが必要かを確認します。

指定	根拠法	指定権者
生活保護法指定医療機関	生活保護法第49条	都道府県知事・指定都市市長等
労災保険指定医療機関	労働者災害補償保険法	都道府県労働局長
結核指定医療機関	感染症法	都道府県知事等
指定自立支援医療機関	障害者総合支援法	都道府県知事等
被爆者一般疾病医療機関	被爆者援護法	都道府県知事等
母子保健・小児慢性関係	児童福祉法等	都道府県知事等

※生活保護法指定医療機関には6年ごとの更新があるなど、制度ごとに固有のルールがあります。

STEP11　予防接種・健診・検診等の確認

定期予防接種、特定健康診査、がん検診、学校医・園医、自治体の各種検診などを実施している場合、市町村や医師会との委託契約が個人名義で締結されていることが通常です。法人化に伴い、契約の変更・再締結が必要になります。

これらは診療所ごとに状況が大きく異なるため、現在実施している公的事業を一覧化し、一つずつ取扱いを確認することが重要です。契約の切り替えが間に合わないと、法人化直後に予防接種や健診を実施できなくなるおそれがあります。

STEP12　医薬品・麻薬等に関する手続

麻薬を取り扱っている診療所では、開設者の変更に伴い注意が必要です。

麻薬施用者免許は医師個人に付与される免許であり、法人に帰属するものではありません。ただし、免許証の記載事項（業務所の名称等）に変更が生じる場合は、免許証記載事項の変更届が必要です。
麻薬診療施設の開設者が変わる場合、在庫麻薬の取扱いについて所定の手続が必要となります。個人開設者から法人へ麻薬をそのまま移すことはできませんので、廃止・譲渡・届出の手続を事前に確認してください。
2人以上の麻薬施用者が診療に従事する場合は、麻薬管理者の免許が必要です。

このほか、向精神薬、毒物・劇物、高度管理医療機器の販売賃貸、放射線装置（エックス線装置の備付届等）についても、それぞれ根拠法令と手続が異なります。現在の診療所が取得している免許・指定・届出を棚卸しすることが、漏れを防ぐ最も確実な方法です。

【重要】外来医療提供体制に関する制度改正への留意

外来医療の偏在に対応するため、外来医師が多い区域における新規の無床診療所開設について、開設前の届出や地域で不足する医療機能への対応に関する協議を求める仕組みが制度化されています。あわせて、要請等に応じない場合に保険医療機関の指定期間が通常より短く設定され得る取扱いも議論されています。

この分野は改正が続いており、施行時期や具体的な運用は開設予定地の都道府県・地方厚生局によって異なります。

新規開設・分院開設を検討される場合は、物件を決める前に、開設予定地が外来医師多数区域に該当するか、該当する場合にどの程度前に届出・協議が必要かを必ず確認してください。事前手続に数か月を要するケースがあり、開設日そのものに影響します。

医療法人化で漏れやすい手続のチェックリスト

分野	主な確認事項
医療法人	設立認可、定款、役員、社員、財産関係
登記	設立登記（2週間以内）、登記完了届
診療所	開設許可、開設届、構造設備、管理者
個人診療所	廃止届、関係手続の終了
保険診療	保険医療機関指定、遡及取扱いの可否
施設基準	新規届出（承継されない）
公費	生活保護法等の指定
労災	労災保険指定医療機関
感染症等	結核指定等
自立支援	自立支援医療機関
健診・検診	特定健診、がん検診等の委託契約
予防接種	市町村・医師会との契約
医薬品等	麻薬、向精神薬、毒劇物、放射線装置
オンライン資格確認	医療機関コード変更に伴う登録
税務・労務	税理士・社会保険労務士との連携
社会保険	新規適用、被保険者の切替

※必要となる手続は、診療所の所在地、病床の有無、診療科、診療内容、現在取得している指定・届出等によって異なります。

ゴールは「認可の取得」ではありません

医療法人設立で最も重要なのは、設立認可の取得をゴールにしないことです。先生にとっての本当のゴールは、

医療法人を設立する　→ 法人診療所を適法に開設する　→ 保険医療機関の指定を受ける　→ 施設基準・公費指定等を整える　→ 予定した日から、途切れることなく診療を開始する

というところにあります。だからこそ、最初の段階で全工程を一枚の表に落とし込むことが必要です。

スケジュールは「診療開始日」から逆算する

医療法人の設立認可には事前相談・審査等の期間を要し、認可申請の受付時期が限定されている場合もあります。そのうえで、設立登記、診療所開設許可、開設届、個人診療所の廃止、保険医療機関指定、施設基準の届出、公費指定の切り替えを連続して進める必要があります。

「〇月〇日から法人診療所として診療を開始したい」という希望がある場合は、まずその日を確定し、そこから逆算して各手続の期限を配置することをおすすめします。

熊本県・熊本市の手続にも対応します

熊本県は、医療法人に関する各種手続の様式、提出時期、必要書類を公開しています。また、主たる事務所を熊本市内に置く医療法人については、熊本市が所管します。

設立後も、医療法人には継続的な義務があります。

毎会計年度終了後3か月以内の事業報告書、財産目録、貸借対照表、損益計算書等の届出（医療法第52条）
医療法人の経営情報等に関する報告制度（令和5年8月1日施行）に基づく報告
役員変更、定款変更、診療所の新設・移転等に伴う認可申請・届出

医療法人は「設立したら終わり」ではなく、設立後の運営・変更・決算・経営情報の報告まで含めた継続的な法人運営が必要です。

分院開設をご検討の場合

すでに医療法人を運営されている法人が新たに診療所を開設する場合と、個人診療所を法人化する場合とでは、必要な手続が異なります。分院開設では次の点を確認します。

定款に記載する「開設する診療所の名称・所在地」との整合性と定款変更の要否（定款変更には所管行政庁の認可が必要です）
新たな診療所の開設許可・開設届
保険医療機関の指定、施設基準、公費指定
管理者の選任（医療法人が複数の診療所を開設する場合、各診療所に管理者を置く必要があります）
医療従事者の体制
既存診療所との関係、資金計画

なお、熊本県内で複数の保健所管轄にまたがる場合や、熊本市と熊本市以外の地域にまたがって医療機関を開設する場合には、定款変更の提出先が変わることがあります。

分院開設をご予定の場合は、物件を正式に決める前の段階からご相談いただくことをおすすめします。

行政書士法人塩永事務所のサポート内容

申請書を作成するだけでなく、法人化後に診療を開始できる状態までを見据えて手続全体を整理します。

1．事前相談・計画の整理 法人化の流れと希望時期の確認、診療所の現況確認、必要手続の洗い出し、スケジュール作成、所管行政庁との事前相談の準備

2．設立認可申請 定款等の作成支援、認可申請書類の作成、添付書類の整理、財産関係資料の確認、役員・社員関係書類の整理、行政庁との事前協議・補正対応

3．設立登記（司法書士との連携） 登記申請の代理は司法書士の業務です。必要に応じて司法書士と連携し、認可から登記、開設手続へ円滑につながるよう調整します。

4．法人診療所の開設手続 開設許可申請、開設届、構造設備関係書類、医療従事者関係書類、個人診療所の廃止手続、所管保健所への各種届出

5．保険医療機関の指定関係 指定申請、個人診療所側の廃止・変更手続、遡及取扱いに関する事前確認、施設基準の確認、オンライン資格確認関係

6．公費・各種指定医療機関関係 生活保護法、労災保険、結核、被爆者、自立支援医療、予防接種、特定健診、がん検診その他の公的事業について、法人化に伴う手続を確認・整理

登記は司法書士、税務は税理士、社会保険・労務は社会保険労務士と、必要に応じて各専門家と連携しながら進めます。

「医療法人を作ろうか」と考え始めた段階でご相談ください

医療法人設立は、申請書を作成して提出するだけの業務ではありません。次の事項を早い段階で整理しておくことが、円滑な法人化につながります。

いつ法人化するのか
現在の診療所をどうするのか
保険診療をいつから法人名義で行うのか
現在の施設基準・公費指定をどう引き継ぐのか
分院を開設するのか、新しい診療所をどこに置くのか

次のようなご相談を承っています。

個人診療所を医療法人化したい
医療法人を新しく設立したい／法人診療所を開設したい
分院を開設したい
保険医療機関の指定までまとめて相談したい
現在の施設基準・公費指定を法人化後も継続したい
医療法人設立のスケジュールを確認したい
どの手続が必要なのか整理してほしい
診療所の開設予定地について事前に確認したい

**「まだ医療法人にするか決めていない」という段階でも構いません。**まずは現在の診療所の状況と、ご希望の法人化時期をお聞かせください。

お問い合わせ

行政書士法人塩永事務所

〒862-0950　熊本市中央区水前寺1-9-6 TEL：096-385-9002 E-mail：info@shionagaoffice.jp Web：https://shionagaoffice.jp

医療法人の設立認可、法人診療所の開設、保険医療機関の指定、各種許認可・届出について、案件の内容を確認したうえで必要な手続を整理し、円滑な法人化・開設をサポートします。