鳥獣被害防止総合対策交付金とは？有害鳥獣処理施設・ジビエ処理施設の整備に活用できる補助制度を行政書士が詳しく解説

近年、全国の農山村地域では、イノシシ、シカ、サル、クマなどによる農作物被害や生活環境への被害が深刻化しています。

鳥獣被害は、農作物の損失だけではありません。

捕獲した有害鳥獣をどのように処理するのか、捕獲個体をジビエとしてどのように有効活用するのか、処理施設をどのように整備するのかといった「捕獲後の対策」も、自治体にとって重要な課題となっています。

こうした課題に対応するため、農林水産省では「鳥獣被害防止総合対策交付金」を設け、鳥獣被害対策、捕獲鳥獣の利活用、処理加工施設や焼却・減容化施設の整備、人材育成、ICT導入などを幅広く支援しています。

特に令和8年度（2026年度）は、食肉利用等施設だけでなく、焼却施設・減容化施設の整備も支援対象として明確に位置付けられているほか、捕獲活動支援の単価引き上げなど、いくつかの拡充事項も盛り込まれています。有害鳥獣処理施設の整備を検討する自治体にとって重要な制度です。

本記事では、鳥獣被害防止総合対策交付金について、

どのような制度なのか
誰が利用できるのか
どのような施設が対象になるのか
補助率・上限はどの程度なのか
有害鳥獣処理施設の整備にどう活用できるのか
申請にあたって何が重要なのか
行政書士に依頼できる支援とは何か

について、農林水産省の令和8年度公表資料（「鳥獣被害防止総合対策交付金について（ジビエ関係）令和8年度版」等）に基づき、行政書士法人塩永事務所が詳しく解説します。

1．鳥獣被害防止総合対策交付金とは

鳥獣被害防止総合対策交付金は、市町村が作成する「被害防止計画」に基づき、農林水産業等に被害を及ぼす野生鳥獣の被害防止対策と併せて実施する、捕獲した個体を地域資源として有効活用する取組を支援する国の交付金制度です。

令和8年度の制度では、

地域一体となった鳥獣被害対策
捕獲した鳥獣のジビエ利用
焼却・減容化等による処分
処理加工施設等の整備
ジビエ商品の開発・販路開拓
衛生管理認証の取得
人材育成
ICTシステムの導入
コンソーシアムによる取組

などを支援しています。交付金の基本的な流れとしては、国から都道府県を経由し、地域協議会やコンソーシアム等に対して経費の1/2以内等が交付される仕組みです。

単に「獣害対策のための補助金」というだけではなく、捕獲から処理、利活用、販売までを地域の仕組みとして構築することを支援する制度と考えると分かりやすいでしょう。

2．特に重要なのが「被害防止計画」

この交付金を検討する際、最初に確認すべき重要事項があります。

それが、市町村が作成する「被害防止計画」です。

農林水産省の資料でも、交付金はこの被害防止計画に基づいて実施することが前提とされています。

つまり、

「施設を造りたいから補助金を申請する」

という順番ではなく、

「地域の鳥獣被害防止対策の中に施設整備を位置付け、その計画に基づいて事業化する」

という考え方が重要になります。

そのため、自治体が有害鳥獣処理施設の整備を検討する場合には、まず、

地域でどのような鳥獣被害が発生しているのか
どの鳥獣をどの程度捕獲しているのか
捕獲後の処理にどのような問題があるのか
現在の処理方法にどのような課題があるのか
新たな処理施設が地域の被害防止にどのように貢献するのか
ジビエ利用が可能な個体について、どのように利活用するのか

を整理することが重要です。

まずは被害防止計画を策定する市町村に相談することが出発点となります。

3．有害鳥獣処理施設は補助対象になるのか？

結論からいうと、令和8年度の農林水産省資料では、焼却施設や減容化施設の整備が支援対象として明確に示されています。

農林水産省の「鳥獣被害防止総合対策交付金について（ジビエ関係）令和8年度版」では、

食肉利用等施設、焼却処理施設及び減容化施設の整備について、経費の2分の1を支援する制度が示されています。

また、農林水産省の資料では、制度上、食肉利用等施設と焼却施設（減容化施設を含む）を「処理加工施設」として整理しています。

したがって、「有害鳥獣を捕獲した後の処理に困っている」という自治体に対して、

捕獲 → 搬入 → 処理 → ジビエ利用または焼却・減容化

という地域の処理体制を構築する事業として提案することが可能です。

ただし、個々の施設・設備・経費がすべて自動的に対象になるわけではありません。具体的な対象経費については、その年度の交付要綱、実施要領、公募要領等を確認する必要があります。

4．令和8年度の主な補助率・上限

令和8年度の農林水産省資料によると、施設整備については「1/2以内等」の支援が基本となっています。

特に重要なのが施設面積に応じた交付金額の上限です。

食肉利用等施設

交付金額の上限として、

24.8万円／㎡

が示されています。

焼却施設

焼却施設については、

38.1万円／㎡

が交付金額の上限として示されています。

例えば、単純に面積だけで計算すると、焼却施設100㎡の場合、

38.1万円 × 100㎡＝ 3,810万円

が一つの上限計算の基礎となります。

ただし、これは「建設費の全額について3,810万円が補助される」という意味ではありません。

実際の交付額は、

補助率
対象経費
施設面積
事業内容
予算
採択時の評価
その他の交付条件

などを踏まえて決定されます。

「上限額＝必ずもらえる補助金額」ではない点には注意が必要です。

5．処理施設以外にも支援対象がある

鳥獣被害防止総合対策交付金は、施設を建設するためだけの制度ではありません。

令和8年度のジビエ関係資料では、以下のような幅広い支援が用意されています。

① 捕獲鳥獣のジビエ利用・処分

捕獲した個体について、ジビエ利用、焼却処分、減容化処分、埋設処分などを支援します。

令和8年度は、捕獲鳥獣を食肉等に利用（ジビエ利用）したり焼却処分したりする場合の捕獲活動支援の単価が引き上げられている点が重要です。具体的には、

埋設処分：7,000円／頭
ジビエ利用：9,000円／頭
焼却処分：8,000円／頭

というように、埋設処分よりもジビエ利用・焼却処分の単価が高く設定されており、捕獲個体の有効活用・適正処分を後押しする仕組みになっています。

また、焼却・減容化処分を民間業者へ委託する場合には、運搬費及び焼却費、減容化経費が定額で支援されるほか、埋設処分を民間業者へ委託する場合も、埋設作業費や運搬費が定額で支援されます。

さらに、交付金とは別に、個体処分に係る市町村向けの特別交付税措置（鳥獣被害防止特措法に基づくもの）もあり、被害防止計画を作成している場合は交付率8割、作成していない場合は5割とされています。被害防止計画の有無がここでも重要な意味を持ちます。

② 食肉利用等施設の整備

捕獲したシカやイノシシ等を食肉として利用するための施設整備が対象となります。

地域にジビエ処理施設を整備し、捕獲した鳥獣を「廃棄物」ではなく「地域資源」として活用するという地域づくりにつなげることができます。

③ 焼却施設・減容化施設

ジビエとして利用できない個体や、利用することが適切でない個体については、適切な処分が必要になります。

そのため、焼却施設・減容化施設の整備も重要な支援対象です。

これは、捕獲頭数の増加に伴って「捕獲した後の処理能力」が自治体の課題となっている地域にとって、特に重要な制度です。

6．冷凍庫・保冷車・加工設備なども対象になり得る

施設本体だけでは、鳥獣処理の仕組みは完成しません。

令和8年度資料では、食肉利用等施設と一体的に整備できるものとして、

小型保冷（冷凍）運搬車等（搬入促進施設）
コンテナ等を活用した簡易な施設
冷凍庫、金属探知機、加工製造設備等
移動式解体処理車
生体搬入用おり
処理加工施設に付帯する一時養鹿施設（出荷調整等のため一時的に飼養する必要最小限のものに限る）

などが支援内容として示されています。

これらは基本的に食肉利用等施設の上限単価（24.8万円／㎡）の枠内で一体的に整備するものとされていますが、移動式解体処理車、コンテナ等を活用した簡易な施設、生体搬入用おりについては上限単価の定めがない扱いとなっています。

また、移動式解体処理車については、リース導入も可能とされ、補助率1/2以内、交付金の上限として1,500万円／台という取扱いが示されています。

つまり、単純な「建物の建設」だけでなく、捕獲現場から処理施設までの物流・衛生管理・加工・保管まで含めた事業計画を検討することが重要です。

7．ジビエ利用だけでなく「処分」の仕組みも重要

自治体の鳥獣対策では、「捕獲したら全部ジビエにすればよい」というわけではありません。

捕獲された個体には、

食肉利用できる個体
衛生上の理由から食肉利用できない個体
損傷等により利用できない個体
その他の事情により処分が必要な個体

などがあります。

そのため、地域の鳥獣対策では、捕獲 → 選別 → ジビエ利用／処分という一連の仕組みを設計する必要があります。

令和8年度資料でも、全頭受入れ等を行う上で、捕獲鳥獣がジビエ利用できるか選別するための経費や、選別の結果ジビエ利用できない捕獲鳥獣の処分等経費（捕獲従事者の立ち合いのもと選別が行われ、一般廃棄物として受け入れた個体の処分等経費に限る）が支援内容として示されています。

この点からも、ジビエ施設と焼却・減容化施設を地域の鳥獣対策の中で一体的に考えることには大きな意味があります。

8．施設整備では「採択されやすい事業設計」が重要

補助金は、対象経費に該当していれば必ず採択されるという制度ではありません。

農林水産省の令和8年度資料では、施設整備について、

ジビエ未利用地域における施設
利活用技術者育成研修事業に伴う研修を受講または主催する施設
国産ジビエ認証を取得する施設

を優先的に採択することが示されています。

したがって、自治体に施設を提案する場合、「焼却炉を導入します」「処理施設を建設します」だけでは不十分です。

例えば、

地域の捕獲頭数が増加している ↓ 現在の埋設・委託処分では処理能力に限界がある ↓ 地域内に処理施設を整備する ↓ ジビエ利用可能な個体は資源として活用する ↓ 利用できない個体は焼却・減容化する ↓ 捕獲から処理までの地域内体制を構築する ↓ 将来的にはICTによる個体管理や衛生管理も行う

というように、地域の課題解決策として事業を組み立てることが重要です。

9．補助金申請では「施設の必要性」を説明する

有害鳥獣処理施設の整備で特に重要になるのが、「なぜこの施設が必要なのか」という説明です。

例えば、以下のようなデータを整理します。

鳥獣被害の現状

年間の農作物被害額
被害面積
被害を受けている農作物
被害地域
鳥獣の種類

捕獲の現状

年間捕獲頭数
シカ・イノシシ等の種類別頭数
捕獲方法
捕獲者数

処分の現状

埋設処分
焼却処分
民間委託
ジビエ利用
その他

現在の課題

処分場所の確保が困難
処分費が高い
運搬距離が長い
捕獲者の負担が大きい
処理施設が不足している
ジビエ利用率が低い

こうした現状を数字で示すことが重要です。

10．「補助金ありき」の施設計画にしない

補助金申請でありがちな問題が、「補助金が出るから施設を造る」という考え方です。

しかし、行政事業として重要なのは、「地域課題を解決するために施設が必要であり、その財源として交付金を活用する」という考え方です。

特に処理施設の場合、建設後の維持管理が重要です。

例えば、

誰が運営するのか
年間何頭を処理するのか
人員をどう確保するのか
ランニングコストはいくらか
燃料費・電気代はいくらか
修繕費をどうするのか
ジビエ利用する場合の販路はあるのか
焼却・減容化する場合の処理費はどうするのか

などをあらかじめ検討しておく必要があります。

11．費用対効果の検討も重要

補助事業では、単に施設を造るだけではなく、その事業によってどのような効果が生まれるのかを説明することが重要です。

例えば、

農作物被害の削減
捕獲頭数の増加
捕獲従事者の負担軽減
処分費の削減
運搬距離の短縮
ジビエ利用量の増加
地域内雇用の創出
地域所得の向上

などです。

農林水産省は鳥獣被害防止総合対策交付金について、費用対効果分析に関する資料も公開しています。施設整備を検討する段階から、投資額に対してどのような行政効果・経済効果が期待できるのかを整理しておくことが重要です。

12．令和8年度はジビエ関連の支援も充実

令和8年度の制度では、施設整備だけでなく、既存の処理加工施設を強化するための支援も用意されています。

例えば、

処理加工技術・衛生管理等の研修会
新たなジビエ商品等の開発・販路開拓のための商談会等の開催、参加
ジビエ普及のための展示会等への参加
国産ジビエ認証等の衛生管理認証の取得
捕獲鳥獣の受入れ増加に向けた選別経費・処分等経費

などが支援対象となっています。

この取組については、1市町村当たり300万円を上限とする定額支援が示されています。

また、令和8年度当初予算では、国産ジビエ認証等の衛生管理認証取得に係る従来の支援上限（35万円／施設）が撤廃されたことも重要な変更点です。これまで施設単位で設けられていた上限がなくなったことで、より柔軟に認証取得の支援を活用できるようになりました。

13．人材育成・ICT導入にも支援

施設を整備しても、それを運営できる人材がいなければ十分な効果は発揮できません。

令和8年度は、処理加工施設の新規従業員等を対象とするOJT研修について、

1施設当たり192万円（1か月当たりの上限16万円）

を上限とする定額支援が示されています。研修には、自らの施設で行う「直接研修型」と、先進的な施設に新規従業員を派遣する「派遣研修型」の2種類があります。

また、捕獲情報、処理加工、在庫管理、出荷などの情報を管理するICTシステムについては、

1市町村当たり350万円

を上限とする定額支援が示されています。

つまり、施設整備 → 人材育成 → ICTによる管理 → ジビエ利用・処分という一連の仕組みを構築することが可能です。

14．コンソーシアムによる事業も可能

鳥獣被害は、市町村単独では解決が難しいケースがあります。

そこで、令和8年度の制度では、県域や市町村域をまたぐ複数の処理加工施設間や民間事業者と連携した様々な関係者で構成されるコンソーシアムによる取組も、地域協議会による取組と同様に支援されています。

例えば、

市町村
都道府県
猟友会
JA
処理加工施設
民間事業者

などが連携し、捕獲 → 処理 → 加工 → 販売 → 地域振興までを一つの仕組みとして構築する方法です。

コンソーシアムに対する支援は、地域協議会の取組と同様の枠組みに加えて、

定額支援：1市町村当たり300万円が上限（加えて、1コンソーシアム当たり1,000万円が上限）
施設整備：1/2以内等（24.8万円／㎡が上限、ジビエ未利用地域の整備を優先的に採択）
処理加工施設の人材育成：定額支援（1施設当たり192万円、1か月16万円が上限）
ICTシステムの導入：定額支援（1施設当たり350万円が上限）

という形で、コンソーシアム単位での上乗せ支援が用意されている点が特徴です。なお、処理加工施設所在地の市町村の参画が必須とされ、国が公募を行う広域コンソーシアムの場合は複数の都道府県にまたがる市町村の参画が必須とされています。

※過去には広域コンソーシアムによる公募・採択の実績もありますが、令和8年度の具体的な交付候補者については、公募の結果を農林水産省の公表資料で個別にご確認ください。

15．行政書士法人塩永事務所が考える「自治体への提案」のポイント

有害鳥獣処理施設の整備を自治体に提案する場合、施設そのものの性能説明だけではなく、行政施策としての必要性を示すことが重要です。

例えば、次のような提案構成が考えられます。

STEP1　地域課題の把握 「年間何頭捕獲され、現在どのように処理されているのか」を調査します。

STEP2　処理能力の算定 年間捕獲頭数から、1日当たり処理頭数、年間稼働日数、必要な施設能力、必要な人員などを算定します。

STEP3　ジビエ利用と処分を分ける すべてを焼却するのではなく、利用できる個体はジビエ等として利活用し、利用できない個体は焼却・減容化等とする仕組みを検討します。

STEP4　施設整備費を算定 建物、設備、冷凍設備、搬入設備、処理設備等について、対象経費を確認します。

STEP5　補助対象経費を整理 交付要綱・実施要領・公募要領等を確認し、「何が対象になり、何が対象外なのか」を整理します。

STEP6　費用対効果を整理 施設整備によって、被害額をどれだけ削減できるのか、処分費をどれだけ削減できるのか、ジビエ利用量をどれだけ増やせるのか、地域経済にどのような効果があるのかを整理します。

STEP7　自治体の事業計画に落とし込む 最終的に、自治体が取り組む鳥獣被害防止対策の一部として、施設整備を位置付けます。

16．補助金申請は「施設の見積書」だけでは終わらない

有害鳥獣処理施設の整備では、数千万円、場合によってはそれ以上の大きな事業になることもあります。

そのため、「施設の見積書を提出すれば補助金がもらえる」というものではありません。

申請では、

地域の鳥獣被害状況
捕獲実績
被害防止計画との整合性
施設整備の必要性
事業実施体制
施設の運営方法
事業費
資金計画
費用対効果
将来的な運営・維持管理

などを総合的に整理する必要があります。

また、国の公募型事業では、提出された事業実施計画について審査が行われ、妥当と認められたものの中から交付金交付候補者が選定される仕組みとなっています。

17．交付金申請を検討する自治体・企業の皆様へ

鳥獣被害対策は、「捕獲する」だけでは完結しません。

捕獲した後、どのように運ぶのか、どこで処理するのか、ジビエとして利用するのか、利用できない個体をどう処分するのか、誰が施設を運営するのか、継続的に維持できるのかまで考える必要があります。

その意味で、有害鳥獣処理施設・ジビエ処理加工施設の整備は、今後の地域鳥獣対策において重要なインフラになると考えられます。

一方で、補助制度は年度ごとに公募内容、対象経費、補助率、上限、採択条件等が変更される可能性があります。

令和8年度についても、農林水産省は4月7日付で交付等要綱・実施要領等を改正しており、最新の公募要領等を確認したうえで事業計画を作成することが必要です。

18．行政書士法人塩永事務所の補助金申請支援

行政書士法人塩永事務所では、自治体・民間事業者等からのご相談について、補助金・交付金制度の確認から申請書類の作成支援まで、案件の内容に応じてサポートを検討しています。

特に有害鳥獣処理施設については、「施設を造ること」ではなく、「地域の鳥獣被害対策をどのように持続可能な仕組みにするか」という視点から事業計画を検討することが重要です。

例えば、自治体からのご相談として、

有害鳥獣処理施設の新設
焼却施設・減容化施設の整備
ジビエ処理加工施設の整備
既存施設の改修
冷凍・保冷設備の導入
移動式解体処理車の導入
ICTによる捕獲・処理情報管理
国産ジビエ認証取得
コンソーシアム事業
交付金申請に向けた事業計画の整理

などについて、制度の適用可能性を確認しながら支援内容を検討します。

19．まとめ

「鳥獣被害防止総合対策交付金」は、単なる鳥獣捕獲の補助制度ではありません。

令和8年度の制度では、

捕獲 → 搬入 → ジビエ利用・処分 → 処理加工施設 → 焼却・減容化 → 商品開発・販路開拓 → 人材育成・ICT化

という、地域における鳥獣対策の一連の仕組みを支援しています。

特に、有害鳥獣の処分に課題を抱える自治体にとって、焼却施設・減容化施設の整備は重要な選択肢となります。また、捕獲活動支援単価がジビエ利用・焼却処分について引き上げられている点も、個体の有効活用を後押しする重要な変更点です。

また、ジビエとして利用可能な個体については、食肉利用等施設を整備することで、鳥獣被害対策と地域資源の有効活用を両立させることも可能です。

ただし、「対象施設だから補助金が出る」という単純な制度ではありません。

地域の被害状況、被害防止計画、捕獲実績、施設の必要性、事業実施体制、費用対効果、施設完成後の運営方法などを総合的に検討し、国の制度趣旨に沿った事業計画を作成することが重要です。

有害鳥獣処理施設・ジビエ処理施設の整備を検討されている自治体・企業の皆様は、施設計画を固める前の段階から、交付金の対象となる事業設計になっているかを確認することをおすすめします。

※本記事は令和8年度（2026年度）の農林水産省公表資料（「鳥獣被害防止総合対策交付金について（ジビエ関係）令和8年度版」等）を基に作成しています。補助率、対象経費、上限額、採択要件、公募時期等は変更される可能性があります。実際の申請にあたっては、必ず最新の農林水産省の交付要綱・実施要領・公募要領等をご確認ください。

参考：農林水産省の公式資料

農林水産省「鳥獣被害防止総合対策交付金について（ジビエ関係）令和8年度版」
農林水産省「鳥獣被害防止総合対策交付金（令和8年度当初予算）」
農林水産省「鳥獣被害防止総合対策交付金の予算・交付等要綱・実施要領等」

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