特定原産地証明書の申請代行サービス｜手続きの流れと実務ポイント

行政書士法人 塩永事務所（熊本・認定経営革新等支援機関）

特定原産地証明書とは

特定原産地証明書（Form）とは、日本が締結したEPA（経済連携協定）・FTA（自由貿易協定）を活用するために必要な原産地証明書です。輸出する貨物が「日本産（原産品）である」と公的に証明することで、相手国の税関において関税の引き下げまたは撤廃という特恵待遇を受けることができます。

通常の一般原産地証明書（商工会議所が発給）とは異なり、特定原産地証明書は日本商工会議所が日本の認定輸出者として認定した事業者が自己申告する、または商工会議所に申請して発給を受ける仕組みです。

主な対象EPA・FTA（例）

活用のメリット： たとえばタイ向けに輸出する部品に対して通常10%の関税がかかっていても、特定原産地証明書を添付することで0%になるケースがあります。コスト競争力の強化に直結します。

申請代行を依頼するメリット

特定原産地証明書の申請は、原材料の調達先・製造工程・付加価値割合の計算など、実務上の判断が複雑です。当事務所に申請代行をご依頼いただくと、次のメリットがあります。

• 原産品判定の事前確認：貨物が「原産品」に該当するかを協定ごとのルール（関税分類変更基準・付加価値基準・加工工程基準）に照らして正確に判定します
• 書類作成の正確性向上：記載ミス・添付書類の不備による差し戻しや遅延を防ぎます
• 継続的な申請管理：定期輸出品については原産品申告書や証拠書類の管理もサポートします
• 認定輸出者取得の支援：一定数量・金額以上の輸出がある企業には、自己申告制度（認定輸出者）の取得も並行してご提案します

申請の手続きの流れ

STEP 1｜ヒアリング・対象貨物の確認

まず輸出予定の貨物について、以下の情報をご提供ください。

• HSコード（6桁または9桁）
• 輸出先国・協定の種類
• 製品の製造工程の概要
• 原材料・部品の調達先（国産・輸入品の別）
• 直近の製造コスト内訳（付加価値基準を使用する場合）

ポイント： この段階で、どの「原産地規則（PSR）」が適用されるかを確認します。同じ品目でも締結した協定によって適用ルールが異なるため、輸出先に合わせた精査が必要です。

STEP 2｜原産品判定

取得した情報をもとに、対象貨物が原産品に該当するかどうかを判定します。

主な判定基準

付加価値基準（RVC：域内原産割合）の計算例（ASEAN協定・40%以上必要な場合）：

<code>RVC = (FOB価格 - 非原産材料価格) ÷ FOB価格 × 100

例）FOB価格：500,000円　非原産材料：250,000円
　　RVC = (500,000 - 250,000) ÷ 500,000 × 100 = 50%　→　基準クリア</code>

STEP 3｜原産品申告書・証拠書類の準備

原産品であることが確認できたら、申請に必要な書類を整備します。

必要書類一覧（標準的なケース）

注意点： 証拠書類は発給後も5年間の保存義務があります。税関による事後調査（検証）に備え、適切な文書管理を行ってください。

STEP 4｜商工会議所への申請・発給

当事務所が書類を整えたうえで、管轄の商工会議所（熊本商工会議所等）に申請します。

• 申請窓口： 輸出者の所在地を管轄する商工会議所
• 標準処理期間： 申請から2〜3営業日程度（書類不備がない場合）
• 有効期限： 発給日から12ヶ月が多い（協定によって異なる）
• 発給手数料： 1通あたり商工会議所所定の手数料（会員・非会員で異なる）

実務上のポイント： 輸出船積みのスケジュールが迫っている場合、申請から発給までのリードタイムに注意が必要です。初回申請は書類の確認に時間がかかることがあるため、余裕をもって準備を開始してください。

STEP 5｜発給後の管理・次回申請へ

発給後は以下の対応が必要です。

• 輸入者への証明書の送付（通関前に輸入者に届くよう手配）
• 証拠書類の5年間保存
• 継続輸出品については次回申請用のひな型整備

当事務所では、初回申請をきっかけに継続申請の仕組みづくりもご支援します。定期的に同一品目を輸出される企業様には、書類テンプレートの整備や社内担当者への引き継ぎサポートも対応可能です。

よくある失敗・注意ポイント

❶ HSコードの誤り

HSコードが誤っていると、適用すべき原産地規則（PSR）自体が変わります。品目分類は税関の判断に依拠するため、自己判断が難しい場合は関税分類の確認から着手してください。

❷ 付加価値の計算誤り

製造コストの「FOBベース」と「工場渡し価格」を混同するケースが散見されます。計算根拠となる数字の定義を協定文・商工会議所の手引きで必ず確認してください。

❸ 非原産材料の産地確認不足

「国産品と思っていた部品が実は輸入品だった」というケースがあります。仕入先から産地証明・サプライヤー宣誓書（Supplier Declaration） を取得する習慣をつけましょう。

❹ 証明書の有効期限切れ

長期取引において証明書の有効期限が切れていることに気づかず通関で問題になるケースがあります。定期輸出品は有効期限管理をシステム化することをお勧めします。

❺ 輸入者への到達タイミング

輸入通関時に証明書が手元にないと特恵関税を適用できません。オリジナル（原本）送付が必要な協定と、コピーで可能な協定があるため、事前に輸入者と確認してください。

当事務所の対応範囲

ご相談・お問い合わせ

行政書士法人 塩永事務所

熊本県 ／ 認定経営革新等支援機関

特定原産地証明書の申請代行・原産品判定のご相談は、まずはお気軽にお問い合わせください。輸出先・品目の概要をお聞きした上で、適用可能な協定と必要な手続きをわかりやすくご説明します。