医療法人設立・法人診療所開設｜行政書士が「診療開始まで」丸ごとサポート（熊本・九州対応）

「医療法人を設立したいが、何から手をつければいいか分からない」「法人化した後、保険診療を止めずに続けられるか不安」「分院を出したいが、手続の全体像が見えない」

こうしたご相談は、行政書士法人塩永事務所に日々寄せられます。医療法人の設立は、「認可を取れば終わり」ではありません。 法人化後に診療所を適法に開設し、保険医療機関の指定を受け、施設基準や公費負担医療の指定を整えて、初めて「予定した日から診療を始められる」状態になります。

私たちは、この一連の流れを最初から逆算して設計し、先生が診療に専念できるようサポートします。まずは現在の診療所の状況と、法人化を希望される時期をお聞かせください。

なぜ医療法人の設立は難しいのか

株式会社や合同会社であれば、定款を作成して法務局に登記すれば設立できます。しかし医療法人は違います。

医療法第44条により、医療法人は都道府県知事の設立認可を受けなければ設立できません。さらに、認可が下りて登記が完了しても、それだけで個人診療所の保険診療が自動的に法人へ引き継がれるわけではなく、複数の行政機関にまたがる手続が必要になります。

医療法人化で発生する主な手続

医療法人の設立認可（都道府県知事）
医療法人の設立登記（法務局）
診療所の開設許可・開設届（保健所等）
個人診療所の廃止関係手続
保険医療機関の指定申請（九州厚生局）
施設基準の届出
生活保護法指定医療機関等の各種指定
労災保険指定医療機関の手続
予防接種・健診・検診等の契約・指定関係
医薬品・麻薬等に関する手続
オンライン資格確認の導入・関連手続

これらを個別にバラバラに進めると、どこかで手続が抜け落ち、**「診療所は開いたのに保険診療ができない」**といった事態になりかねません。だからこそ、最初の段階で全体設計をすることが重要です。

個人診療所を医療法人化する場合、何が変わるのか

現在、医師個人として診療所を経営されている場合、法人化は「名前を変えるだけ」の手続ではありません。

法人化前	法人化後
医師個人 → 個人診療所 → 保険医療機関	医療法人 → 法人診療所 → 保険医療機関

この移行過程では、医療法人の設立認可に加えて、診療所の開設者変更に伴う手続や、保険医療機関に関する手続を適切に組み合わせる必要があります。

九州厚生局は、個人から法人への変更について、一定の要件のもとで保険医療機関の指定を遡及して取り扱う制度を案内していますが、実際の取扱いは案件ごとの事情によって異なります。法人化の時期、診療所の開設日、個人診療所の廃止日、保険医療機関の指定日は、必ず一体的に確認しておく必要があります。

医療法人設立から診療開始までの12ステップ

「認可を取る」というゴールの先に、実際にはこれだけの工程があります。

STEP1｜事前相談・設立計画

診療科目、医師・スタッフ体制、法人化の希望時期、名称、所在地、役員・社員構成、財産・資産状況、設備・医療機器、賃貸借関係、借入金、保険診療の状況、施設基準、公費負担医療等の指定状況を確認し、全体スケジュールを組み立てます。

STEP2｜設立認可の準備

定款（または寄附行為）には、目的・名称・開設する診療所の名称や場所・事務所所在地・資産や会計・役員・理事会・社員総会等に関する事項を定める必要があります。定款案、設立趣意書、設立者・社員関係の整理、役員関係書類、医師資格関係書類、財産目録、事業計画、予算関係資料などを準備します。必要書類や受付時期は所管行政庁によって異なり、熊本県も医療法人の各種手続・提出時期・必要書類を一覧化しています。

STEP3｜設立認可申請

所管行政庁との事前協議を経て申請します。ここで大切なのは、認可が下りる時期だけでなく、その後の診療所開設・保険医療機関指定まで見据えてスケジュールを組むことです。

STEP4｜設立登記

認可後は法務局で設立登記を行います（司法書士の専門業務）。当事務所では提携司法書士と連携し、認可 → 登記 → 開設 → 指定の流れが途切れないよう進行管理します。登記完了後は、所管行政庁への完了届等も必要です。

STEP5｜法人診療所の開設許可・開設届

熊本県では、法人が診療所を開設する場合、原則として事前に「診療所開設許可申請書」を提出することとされており、手数料は19,000円です（熊本県案内）。熊本市でも開設許可申請書・開設届の様式が公開されています。無床か有床かによっても手続が変わるため、早期の確認が重要です。

STEP6｜個人診療所の廃止関係手続

法人診療所の開設だけでなく、従前の個人診療所の廃止届、個人名義の保険医療機関の廃止・変更手続、公費負担医療の指定関係、施設基準関係、労災指定関係、予防接種・健診・検診等の契約関係を確認します。

STEP7｜保険医療機関の指定申請

法人診療所で健康保険による診療を行うには、原則として保険医療機関の指定が必要です。九州厚生局への申請では、指定申請書、開設許可書等、医師免許証等、管理者関係書類、土地・建物関係書類、平面図などを準備します。

【2026年からの注意点】 2026年4月1日から、都道府県知事が設定する外来医師過多区域において新たに無床診療所を開設し保険医療機関の指定を受けようとする場合、一定のケースで開設6か月前までの事前届出が必要となりました。また、都道府県知事の要請・勧告等との関係で、指定期間が通常より短くなる場合もあります。2026年以降の新規開設・分院開設は、この最新制度の確認が欠かせません。

STEP8｜オンライン資格確認等の関係手続

2026年7月現在、新規指定の場合はオンライン資格確認の導入が原則義務付けられています。受付番号情報提供依頼や導入計画書等の準備も、開設スケジュールに組み込む必要があります。

STEP9｜施設基準の届出

在宅医療、リハビリテーション、医学管理等、検査、手術など、診療内容によって必要な施設基準の届出は異なります。個人診療所で届出済みの施設基準も、法人化に伴い改めて確認が必要です。

STEP10｜公費負担医療・指定医療機関等の確認

生活保護法指定医療機関、労災保険指定医療機関、結核指定医療機関、被爆者一般疾病医療機関、自立支援医療、母子保健、予防接種、各種健診・検診などは、法人診療所へ自動的に引き継がれるとは限りません。 制度ごとに変更届・廃止・新規指定・開設者変更の取扱いを確認します。九州厚生局は、保険医療機関と生活保護法指定医療機関の指定申請を同時に行う場合の様式も案内しています。

STEP11｜予防接種・健診・検診等の確認

予防接種、特定健診、各種健康診断、がん検診、自治体検診などを実施している場合、法人化に伴う契約関係の見直しが必要になることがあります。診療所ごとに状況が異なるため、実施中の公的事業を洗い出した上で個別確認します。

STEP12｜医薬品・麻薬等に関する手続

麻薬等を取り扱っている場合、法人化・開設者変更に伴い麻薬施用者免許等の確認が必要です。医薬品、医療機器、毒物・劇物、向精神薬なども、それぞれ根拠法令が異なるため、現在取得している免許・指定・届出の棚卸しが欠かせません。

「漏れやすい手続」一覧

分野	主な確認事項
医療法人	設立認可、定款、役員、社員、財産関係
登記	医療法人設立登記
診療所	開設許可、開設届
個人診療所	廃止関係手続
保険診療	保険医療機関指定
施設基準	各施設基準の届出
公費	生活保護等の指定
労災	労災保険指定医療機関
感染症等	結核等の指定関係
自立支援	自立支援医療関係
健診・検診	特定健診・がん検診等
予防接種	自治体等との契約・指定
医薬品等	麻薬・毒劇物等の関係手続
オンライン資格確認	導入・関連手続
税務・労務	税理士・社会保険労務士との連携
登記	司法書士との連携

※必要な手続は、診療所の所在地、病床の有無、診療科、診療内容、現在取得している指定・届出等によって異なります。

スケジュールは「診療開始日」から逆算するのが鉄則

医療法人の設立認可には、所管行政庁による事前相談・審査が関わるため、希望する法人化の日から逆算して準備する必要があります。認可・登記・診療所開設許可・開設届・個人診療所の廃止・保険医療機関指定・施設基準・公費指定などを、連続して滞りなく進めなければなりません。

九州厚生局では、保険医療機関の指定日は原則として毎月1日とされ、申請締切も事前確認が必要です。「〇月〇日から法人診療所として診療を始めたい」という希望があれば、まずその日を確定し、そこから逆算して計画を立てることをおすすめします。

熊本県・熊本市の医療法人にも対応

熊本県では医療法人に関する各種手続の様式・提出時期・必要書類が公開されており、熊本市を主たる事務所所在地とする医療法人は熊本市が所管します。熊本市所管の医療法人は、事業年度終了後3か月以内に事業報告書等を提出する義務があり、2023年8月1日以降は経営情報等の報告制度も設けられています。

つまり医療法人は、設立後の運営・変更・決算・経営情報報告まで含めた継続的な法人運営が求められます。当事務所では、設立後の運営面についてもご相談いただけます。

分院開設をお考えの先生へ

すでに医療法人を運営されている場合の新規診療所開設と、個人診療所を法人化して移行する場合とでは、必要な手続が異なります。分院開設では、新たな診療所の開設手続に加え、定款との整合性、定款変更の要否、所管行政庁への手続、開設許可・届出、保険医療機関指定、施設基準、公費指定、管理者・医療従事者関係、既存診療所との関係などの確認が必要です。

熊本県では、複数の保健所管轄や熊本市とそれ以外の地域にまたがって医療機関を開設する場合、定款変更の提出先が変わることも案内されています。分院開設は、物件を正式に決める前の段階からのご相談が、後々のスケジュール調整をスムーズにします。

行政書士法人塩永事務所にご依頼いただくメリット

私たちは、申請書の作成だけを行う事務所ではありません。医療法人設立後、実際に診療所の運営が始まるところまでを見据えて、手続全体を整理・進行管理します。

事前相談：法人化の流れ、希望時期、現状確認、必要手続の洗い出し、スケジュール作成、行政庁との事前協議準備
設立認可申請：定款作成支援、申請書類・添付書類の整理、財産関係資料の確認、役員・社員関係書類の整理、行政庁との協議・補正対応
設立登記の専門家連携：提携司法書士と連携し、認可から登記までを滞りなく進行
法人診療所の開設手続：開設許可申請、開設届、構造設備関係書類、医療従事者関係書類、個人診療所の廃止関係手続
保険医療機関指定関係：指定申請、個人診療所側の廃止・変更手続、施設基準の確認、オンライン資格確認の関係手続
公費・指定医療機関関係：現在の指定状況を確認し、生活保護法指定医療機関、労災保険指定医療機関、結核指定医療機関、被爆者関係、自立支援医療、予防接種、特定健診、がん検診等の法人化に伴う手続を整理

登記は司法書士、税務は税理士、社会保険・労務は社会保険労務士など、必要に応じて各専門家と連携しながら、ワンストップに近い形でサポートします。

まずは「検討段階」からご相談ください

個人診療所を医療法人化したい
医療法人を新しく設立したい
法人診療所を開設したい
分院を開設したい
保険医療機関の指定までまとめて相談したい
現在の施設基準・公費指定を法人化後も継続したい
医療法人設立のスケジュールを確認したい
どの手続が必要なのか整理してほしい
診療所の開設予定地について事前に確認したい
医療法人設立後の運営・行政手続についても相談したい

上記のいずれか一つでも当てはまる先生は、「まだ医療法人にするか決めていない」という段階でもかまいません。 現在の診療所の状況と、希望される法人化の時期をお聞かせいただければ、必要な手続とおおよそのスケジュールを整理してご提案します。

お問い合わせはこちら

行政書士法人塩永事務所 〒862-0950 熊本市中央区水前寺1-9-6 TEL：096-385-9002 E-mail：info@shionagaoffice.jp Web：https://shionagaoffice.jp

医療法人設立・法人診療所開設・保険医療機関指定・各種許認可届出について、案件の内容を確認したうえで必要な手続を整理し、円滑な開設・法人化をサポートいたします。まずはお電話・メールにて、お気軽にお問い合わせください。