薬局承継サポート

薬局の事業承継を、薬局開設許可・保険薬局指定・各種薬事手続まで総合サポート

薬局の承継は、医療・薬事手続に詳しい行政書士法人塩永事務所にご相談ください。

現在経営されている薬局を、親族や従業員、第三者、法人などの新しい開設者へ承継する場合、単に経営者を交代させれば手続が完了するわけではありません。

薬局は、薬機法に基づく薬局開設許可を受けて営業する施設であり、健康保険による調剤を行う場合には、別途保険薬局の指定を受ける必要があります。

そのため、薬局の開設者が変わる場合には、

• 旧開設者側の薬局廃止
• 新開設者による薬局開設許可
• 保険薬局の指定
• 保険薬局の廃止・新規指定等に関する手続
• 各種施設基準・届出
• 管理薬剤師等の変更
• 麻薬・毒物劇物・医療機器等に関する許可・登録
• 公費負担医療等に関する指定
• 賃貸借契約
• 医薬品・備品等の資産譲渡
• 在庫の引継ぎ
• 従業員の雇用関係
• 医薬品卸売業者等との取引関係
• 電子システム・オンライン資格確認等の引継ぎ

など、非常に多くの事項を整理する必要があります。

特に、**「いつを承継日とするのか」「旧薬局をいつ廃止するのか」「新薬局をいつ開設するのか」「保険調剤をいつから新開設者名義で開始するのか」**を最初に整理することが重要です。

行政書士法人塩永事務所では、承継計画の段階から必要な行政手続を整理し、所管行政庁との事前相談を行いながら、薬局承継に必要な手続を総合的にサポートします。

薬局承継は「薬局の名義変更」だけではありません

薬局の開設者が変更になる場合、旧開設者から新開設者へ単純に薬局開設許可を名義変更するという考え方では対応できません。

保険薬局についても、開設者が変更となる場合は、それまでの薬局が廃止され、新しい開設者が薬局を開設することになると厚生局が案内しています。

したがって、薬局承継では、

旧薬局の廃止
↓
新開設者による薬局開設
↓
保険薬局の指定
↓
必要な各種指定・届出

という行政手続を、承継日との関係を考えながら組み立てる必要があります。

さらに、薬局の所在地、開設者、法人形態、管理薬剤師、取扱業務等によって、必要となる手続は変わります。

薬局承継の代表的なケース

薬局承継には、いくつかの典型的なパターンがあります。

① 個人薬局を親族・第三者へ承継する場合

現在の個人薬局を、子・親族・従業員・第三者などへ承継するケースです。

この場合、旧開設者の薬局を廃止し、新開設者による薬局開設許可等の手続を検討する必要があります。

さらに、

• 保険薬局指定
• 管理薬剤師
• 公費負担医療等の指定
• 麻薬等の取扱い
• 医薬品在庫
• 店舗設備
• 賃貸借契約
• 従業員
• 取引先

などについて、承継日を基準に整理します。

② 個人薬局を法人へ承継する場合

個人で経営していた薬局を、株式会社やその他の法人が承継するケースです。

この場合は、

• 法人設立
• 定款・目的の確認
• 薬局開設者の変更
• 薬局開設許可
• 保険薬局指定
• 各種薬事許可・登録
• 公費指定
• 契約関係
• 資産・在庫の引継ぎ

などをまとめて検討します。

法人を新たに設立する場合には、法人設立のスケジュールと薬局開設のスケジュールを連動させることが重要です。

③ 法人が経営する薬局を別法人へ承継する場合

株式会社等が経営する薬局を、別の法人が事業譲渡等によって承継するケースです。

この場合も、薬局開設許可や保険薬局指定について、新旧法人の関係を踏まえて手続を整理する必要があります。

また、

• 薬局の営業権
• 医薬品・備品等
• 賃貸借契約
• 従業員
• 取引契約
• システム契約
• 保険・公費関係
• 金融機関等との契約

など、行政手続以外の承継事項も確認します。

薬局承継で最も重要な「承継日」の設定

薬局承継では、承継日をいつに設定するかが非常に重要です。

例えば、

3月31日　旧開設者による営業終了
4月1日　新開設者による営業開始

とする場合でも、薬局開設許可、保険薬局指定、各種公費指定、麻薬関係手続等がすべて4月1日に揃うとは限りません。

そのため、単純に「4月1日から新しい経営者にする」というだけではなく、行政手続のスケジュールを逆算して準備する必要があります。

特に保険薬局については、指定日との関係が重要です。

九州厚生局では、保険薬局の指定は原則として毎月1日付けで行われると案内しています。また、指定申請前には保健所等への開設関係手続が必要とされています。

2026年9月1日から保険薬局の「遡及指定」の取扱いが変更されています

薬局承継を検討するうえで、現在特に注意が必要なのが、2026年9月1日から変更された保険医療機関・保険薬局の遡及指定の取扱いです。

2026年9月1日以降、保険薬局についても、一定の場合には、旧薬局の廃止と新しい保険薬局の指定について、指定期日の遡及が可能となる制度があります。

対象となる事例には、

• 保険薬局の開設者変更
• 所在地変更
• 個人から法人、法人から個人への開設者変更

などが含まれています。

ただし、すべての薬局承継で遡及指定が認められるわけではありません。

2026年9月1日以降は、遡及指定について、

1. 開設者死亡等の場合
2. 至近の距離への移転又は開設者のみの変更で一定の要件を満たす場合
3. その他の場合

という類型に分けて取扱いが定められています。

また、一定のケースでは、遡及指定を希望する日の**原則3か月前までに予定届出書を提出する必要があります。**さらに、遡及指定を希望する場合には、事前に九州厚生局への相談が必要です。

したがって、

「薬局を承継してから保険薬局指定を考える」のではなく、承継を決めた段階で、保険薬局指定まで含めてスケジュールを確認すること

が重要です。

保険薬局指定・施設基準についても確認します

薬局承継では、保険薬局の指定だけでなく、現在の薬局で届け出ている施設基準等をどのように取り扱うかについても確認が必要です。

旧薬局で受理されていた施設基準等について、新薬局で引き続き算定する場合には、別途届出が必要となる場合があります。

承継前に、

• 現在どの施設基準を届け出ているか
• 新開設者でも継続するのか
• 新たに届出が必要なのか
• 実績要件がある施設基準なのか

などを確認しておくことが重要です。

新旧開設者間の契約・事業承継関係

薬局承継では、行政手続だけでなく、新旧開設者間の権利・義務関係を明確にすることも重要です。

例えば、

事業承継・事業譲渡関係

• 事業譲渡契約
• 薬局事業の承継に関する契約
• 営業資産の譲渡契約
• 覚書
• 承継条件に関する合意書

などを検討します。

資産関係

• 医薬品在庫
• 調剤機器
• レセコン
• 電子薬歴システム
• パソコン・通信設備
• 店舗什器
• その他備品

などについて、何を引き継ぐのかを整理します。

医薬品在庫の承継も重要です

薬局では、一般の店舗と異なり、医薬品を取り扱っているため、在庫の引継ぎについても慎重な確認が必要です。

例えば、

• 医薬品の品目
• 数量
• 使用期限
• 保管状態
• 麻薬等の管理
• 医薬品の譲渡関係
• 在庫評価
• 承継日時点の在庫確認

などを整理します。

特に麻薬、毒薬、劇薬等を取り扱っている場合には、通常の備品・商品と同じ感覚で一括して引き継ぐのではなく、関係法令に基づく取扱いを個別に確認する必要があります。

薬機法では、薬局開設者等による毒薬・劇薬の譲渡についても一定の手続が定められています。

店舗の賃貸借契約も確認します

薬局が賃貸物件で営業している場合には、店舗の賃貸借契約を新開設者がどのように引き継ぐかを確認します。

例えば、

• 賃貸人の承諾
• 賃貸借契約の名義変更
• 新規賃貸借契約
• 転貸の可否
• 原状回復義務
• 敷金・保証金
• 店舗設備の所有関係

などを確認します。

薬局開設許可の手続だけを進めても、店舗を使用する権利関係が整理されていなければ、承継を円滑に進めることができません。

そのため、行政手続と契約関係を並行して確認することが重要です。

従業員・薬剤師の引継ぎ

薬局承継では、薬剤師その他の従業員についても、

• 誰が新開設者のもとで勤務するのか
• 雇用契約をどのように整理するのか
• 管理薬剤師を誰にするのか
• 勤務時間・勤務体制
• 給与・労働条件
• 社会保険・労働保険
• 有給休暇等の取扱い

などを確認する必要があります。

雇用契約や社会保険・労働保険については、社会保険労務士等の専門家と連携しながら整理することが適切です。

当事務所では、薬局開設許可等の行政手続を中心に、必要に応じて他士業と連携して承継全体をサポートします。

管理薬剤師等の変更

薬局承継では、開設者だけでなく、管理薬剤師等の変更についても確認が必要です。

九州厚生局では、保険薬局について、開設者名・代表者名、管理薬剤師、保険薬剤師等の変更に関する届出手続を案内しています。

新しい薬局の管理体制を事前に確定し、薬局開設許可や保険薬局関係の手続との整合性を確認します。

承継後も継続する許可・指定を確認します

現在の薬局が、薬局開設許可以外にも許可・登録・指定等を取得している場合には、承継によってそのまま引き継げるのか、新たな手続が必要なのかを個別に確認します。

例えば、

• 高度管理医療機器等販売業・貸与業
• 毒物劇物販売業
• 麻薬小売業者免許
• 薬局製剤関係の許可・承認等
• 保険薬局指定
• 生活保護法に基づく指定
• 原子爆弾被爆者に対する援護に関する法律に基づく指定
• 感染症法に関する指定等
• 難病法に基づく指定
• 障害者総合支援法に基づく指定
• 労災保険関係の手続

などがあります。

現在取得している許可・指定を一覧化し、新開設者への承継方法を一つずつ確認することが重要です。

電子薬歴・レセコン・オンライン資格確認等の引継ぎ

現在の薬局では、電子薬歴、レセコン、オンライン資格確認、電子処方箋等、複数のシステムを利用しているケースがあります。

承継時には、

• システム契約者
• 利用者アカウント
• 契約名義
• 機器
• ライセンス
• 保守契約
• データの取扱い
• 個人情報・医療情報の管理
• オンライン資格確認関係

などについて、システム提供会社等とも確認する必要があります。

特に患者情報・調剤情報等については、単純な「データの売買・譲渡」と考えるのではなく、関係法令やガイドライン等を踏まえて適切に管理する必要があります。

公費負担医療等の指定も確認します

保険薬局として営業している場合、健康保険以外にも公費負担医療等の制度が関係していることがあります。

例えば、

• 生活保護法
• 原子爆弾被爆者に対する援護に関する法律
• 感染症法
• 難病法
• 障害者総合支援法
• 労災保険関係

などについて、現在の薬局がどのような指定・登録を受けているのかを確認します。

承継後も同じ取扱いができるとは限らないため、新開設者について改めて指定申請等が必要かどうかを事前に確認します。

薬局承継の基本的なスケジュール

薬局承継では、次のように承継日から逆算して準備することをおすすめします。

STEP1　承継条件の確認

• 承継する薬局
• 新旧開設者
• 承継予定日
• 承継方法
• 個人・法人の別
• 店舗所在地
• 事業譲渡の範囲

を確認します。

STEP2　現在の許可・指定等を確認

• 薬局開設許可
• 保険薬局指定
• 施設基準
• 管理薬剤師
• 高度管理医療機器
• 毒物劇物
• 麻薬
• 公費負担医療等

を一覧化します。

STEP3　店舗・契約関係を確認

• 賃貸借契約
• 店舗設備
• 医薬品在庫
• レセコン
• 電子薬歴
• オンライン資格確認
• 医薬品卸等との契約

を確認します。

STEP4　行政庁へ事前相談

必要に応じて、

• 保健所
• 薬務担当部署
• 九州厚生局
• その他関係行政庁

へ事前相談を行います。

特に保険薬局の遡及指定を希望する場合には、事前相談が必要とされています。

STEP5　各種申請・届出

承継日に間に合うよう、

• 薬局開設許可
• 保険薬局指定
• 各種許可・登録
• 公費指定
• 施設基準関係
• 管理薬剤師等の変更

などの手続を進めます。

STEP6　承継日・営業開始

行政手続、契約関係、従業員、システム、在庫等を確認し、新開設者による営業開始につなげます。

薬局承継で当事務所がサポートする主な手続

行政書士法人塩永事務所では、薬局ごとの状況を確認したうえで、必要な手続を整理します。

薬局開設関係

• 薬局開設許可申請
• 薬局開設者変更に伴う関係手続
• 構造設備関係書類
• 管理薬剤師等に関する書類
• その他薬局開設関係の申請・届出

保険薬局関係

• 保険薬局指定申請
• 旧保険薬局の廃止関係手続
• 施設基準等に関する届出
• 開設者変更に伴う届出
• 管理薬剤師等の変更関係
• 必要に応じた遡及指定に関する手続

各種薬事関係

• 高度管理医療機器等販売業・貸与業
• 毒物劇物販売業
• 麻薬小売業者免許
• 薬局製剤関係
• その他、取扱業務に応じた薬事手続

公費・指定関係

• 生活保護法関係
• 原子爆弾被爆者に対する援護に関する法律関係
• 感染症法関係
• 難病法関係
• 障害者総合支援法関係
• 労災保険関係
• その他必要な指定・届出

新旧開設者間の契約書・覚書等の作成

薬局承継では、行政手続だけでなく、新旧開設者間で承継条件を明確にしておくことも重要です。

必要に応じて、

• 事業譲渡契約書
• 薬局事業承継に関する契約書
• 資産譲渡契約書
• 医薬品・備品等の譲渡に関する書面
• 覚書
• その他承継に必要な行政書類・関連書類

などの作成をサポートします。

ただし、契約について紛争性のある交渉や法律事件への対応など、行政書士の業務範囲を超える事項については、弁護士等の専門家との連携が必要となります。

不動産・法人登記については専門家と連携

薬局承継に伴って、

• 株式会社等の法人設立
• 役員変更
• 商号・目的等の変更
• 本店移転
• 不動産所有権移転
• 抵当権等の登記

などが必要になる場合があります。

不動産登記や会社・法人の登記申請は司法書士の業務となるため、当事務所が直接登記申請を行うのではなく、必要に応じて司法書士等と連携して手続きを進めます。

また、税務・会計については税理士、雇用・社会保険については社会保険労務士、紛争性のある法律問題については弁護士など、各専門家と適切に役割分担します。

薬局承継のチェックリスト

薬局を承継する場合には、少なくとも次の事項を確認することをおすすめします。

基本情報

□ 旧開設者
□ 新開設者
□ 個人・法人の別
□ 承継予定日
□ 薬局所在地
□ 薬局名称
□ 営業時間

許可・指定

□ 薬局開設許可
□ 保険薬局指定
□ 施設基準
□ 管理薬剤師
□ 高度管理医療機器
□ 毒物劇物
□ 麻薬
□ 薬局製剤
□ 公費負担医療等

契約・資産

□ 店舗賃貸借契約
□ 医薬品在庫
□ 調剤設備
□ 店舗什器
□ レセコン
□ 電子薬歴
□ オンライン資格確認
□ 医薬品卸との契約
□ その他取引契約

人員

□ 管理薬剤師
□ 勤務薬剤師
□ その他従業員
□ 雇用契約
□ 社会保険・労働保険

行政手続

□ 旧薬局の廃止関係
□ 新薬局の開設許可
□ 保険薬局指定
□ 施設基準関係
□ 各種薬事許可・登録
□ 公費指定等
□ その他変更・廃止・新規申請

薬局承継は早めのご相談をおすすめします

薬局承継では、承継日を決めてから手続を考えるのではなく、必要な行政手続を確認したうえで承継日を設定することが重要です。

特に保険薬局については、指定日や申請期限との関係があるほか、2026年9月1日から遡及指定の取扱いも変更されています。

そのため、

「親の薬局を子どもに引き継ぎたい」

「薬局を第三者へ売却したい」

「個人薬局を法人化して承継したい」

「薬局事業を別会社へ譲渡したい」

「薬局を買収することになったが、許可や保険薬局指定をどうすればよいか分からない」

「現在の薬局の許可・指定を一覧化して、承継に必要な手続を整理してほしい」

といった段階からご相談ください。

行政書士法人塩永事務所では、薬局開設許可・保険薬局指定・薬事関係の許可・指定・届出を中心に、承継計画に沿って必要な行政手続を整理し、申請書類の作成・提出をサポートします。

一部の手続だけのご依頼にも対応します

薬局承継に必要な手続をすべて依頼することも、必要な手続だけを個別に依頼することも可能です。

例えば、

• 薬局開設許可だけ依頼したい
• 保険薬局指定まで依頼したい
• 薬事関係の許可・登録をまとめて依頼したい
• 承継に必要な行政手続を最初に洗い出してほしい
• 新旧開設者間の契約書作成を依頼したい
• 行政庁との事前相談を依頼したい

など、ご希望に応じて対応します。

当サポートの報酬額

薬局開設許可申請

220,000円（税込）～

※行政庁へ支払う申請手数料等の実費は別途必要です。

※上記は薬局開設許可申請の基本報酬です。
※保険薬局指定、施設基準関係、麻薬小売業者免許、高度管理医療機器等販売業・貸与業、毒物劇物販売業、薬局製剤、公費負担医療等の手続については、内容に応じて別途お見積りとなります。
※承継契約書・資産譲渡関係書類等の作成についても、内容に応じて別途お見積りとなります。

薬局承継では、現在の許可・指定、承継方法、新旧開設者、店舗所在地、管理薬剤師、取扱業務、保険薬局指定の状況等によって必要な手続が大きく異なります。

そのため、まずは承継計画をお聞きし、必要な手続を整理したうえで、具体的なお見積りをご提示します。

行政書士法人塩永事務所

行政書士法人塩永事務所
代表　塩永健太郎

〒862-0950
熊本市中央区水前寺1-9-6

TEL：096-385-9002
E-mail：info@shionagaoffice.jp

薬局の事業承継、薬局開設許可、保険薬局指定、各種薬事手続について、お気軽にご相談ください。