医療法人・一般社団法人のクリニック開設・承継をトータルサポート｜行政書士法人塩永事務所

開業前の計画から法人設立、診療所開設、事業承継、定款変更、分院展開まで総合支援

クリニックの新規開業、医療法人化、事業承継、分院開設は、単に法人を設立したり、物件を確保したりするだけでは完了しません。

特に、医療法人や一般社団法人が開設者となる診療所では、

法人形態の検討
法人設立・定款作成
医療法人の設立認可
医療法人の定款変更
一般社団法人の組織・定款確認
診療所開設許可
開設後の各種届出
保健所との事前協議
保険医療機関の指定申請
施設基準等に関する手続
開設者・管理者等の変更
医療法人の役員・社員関係の変更
クリニックの事業承継
分院開設
法人運営に伴う各種届出

など、複数の行政手続を相互に確認しながら進める必要があります。

行政書士法人塩永事務所では、熊本市中央区水前寺を拠点に、医療法人・一般社団法人によるクリニックの開設、承継、定款変更、法人運営、分院展開等の行政手続を総合的にサポートします。

また、当法人は認定経営革新等支援機関です。

単に申請書を作成するだけではなく、開業・承継・法人化・分院展開などの計画段階から、必要な行政手続を整理し、開業スケジュールに合わせて手続を進めることを重視しています。

1．クリニック開設は「物件を決めてから」では遅い

クリニックの開設では、物件を契約してから行政手続を確認するのではなく、物件選定や事業計画の段階から、医療法上の手続を確認することが重要です。

例えば、

個人開設と法人開設のどちらにするか
医療法人を設立するのか
一般社団法人を活用するのか
既存法人を利用するのか
将来的に分院を開設するのか
既存クリニックを承継するのか
無床診療所か有床診療所か
診療科目をどうするか
どの地域で開設するのか
施設の構造・設備をどうするか
誰を管理者とするのか
保険診療を行うのか

によって、必要となる手続や準備が変わります。

特に法人が診療所を開設する場合、熊本県では原則として診療所開設許可申請を事前に行う必要があります。熊本市でも、法人等による診療所の開設や改築・増築、許可事項・届出事項の変更について、事前の保健所への相談が案内されています。

そのため、

「物件を決める」
→「内装工事を始める」
→「最後に行政手続を確認する」

という順番ではなく、

「開業計画」
→「法人・施設・行政手続の確認」
→「物件・設備計画」
→「申請・許可」
→「開設」

という順序で検討することが重要です。

2．医療法人によるクリニック開設

医療法人が診療所を開設する場合、医療法人そのものに関する手続と、診療所の開設に関する手続を分けて考える必要があります。

医療法人の設立には、主たる事務所所在地の都道府県知事等の認可が必要です。医療法上、医療法人は認可を受けなければ設立することができず、定款または寄附行為には、目的、名称、開設する医療機関の名称・開設場所、事務所所在地、資産・会計、役員等に関する事項を定めることとされています。

そのため、医療法人の設立段階から、

どの診療所を開設するのか
開設場所はどこか
診療所の名称は何か
診療科目は何か
法人の役員体制はどうするか
将来の分院展開をどう考えるか

などを整理しておくことが重要です。

3．医療法人の定款変更は「認可」と「届出」を区別する

医療法人の定款変更については、すべての変更が同じ手続になるわけではありません。

熊本県では、医療法人が定款を変更する場合の「定款変更認可申請」の手続が案内されている一方、事務所所在地や公告方法の変更については「定款変更届」とされるなど、変更内容によって手続が異なります。

特に、診療所を新たに開設するための定款変更は注意が必要です。

医療法施行規則では、医療法人が新たに病院・診療所等を開設することに伴う定款・寄附行為の変更について、変更内容・理由、法人内部の手続を経たことを証する書類に加え、一定の添付書類や、変更後2年間の事業計画・予算書などが必要とされています。

つまり、

「定款に診療所を追加すればよい」

という単純な手続ではありません。

法人の定款、診療所の開設計画、事業計画、予算、施設計画などを整合させる必要があります。

行政書士法人塩永事務所では、定款だけを部分的に修正するのではなく、診療所開設計画全体との整合性を確認しながら手続を進めます。

4．医療法人の分院開設にも対応

医療法人が2院目、3院目の診療所を開設する場合も、単に法人内部で決議をすれば終わるものではありません。

厚生労働省の通知でも、医療法人が分院を設置する場合、分院の設置を法人の業務として定款に定めることと、実際に分院を開設することは区別されています。また、分院を開設する際には、その都度必要な定款上の手続等を行うことが示されています。

したがって、

「定款に『分院を設置できる』と書いてあるから、いつでも自由に分院を開設できる」

という意味ではありません。

実際の分院開設では、

定款の内容
法人内部の意思決定
新たな診療所の開設手続
所在地を管轄する行政機関との協議
構造・設備
管理者
病床の有無
保険医療機関指定
その他の関係届出

などを個別に確認する必要があります。

本院の開設だけでなく、将来の分院展開まで見据えた法人設計をご希望の場合もご相談ください。

5．一般社団法人によるクリニック開設もサポート

一般社団法人を開設者として診療所を運営するケースについても、行政手続をサポートします。

ただし、ここは非常に重要なポイントです。

「一般社団法人だから、医療法人より簡単にクリニックを開設できる」

とは限りません。

医療法上、医療機関の開設者は営利を目的としてはならず、医療法人以外の法人が医療機関を開設する場合にも、行政庁による非営利性等の確認が重要になります。

一般社団法人を利用する場合には、

定款
社員構成
役員構成
法人の事業内容
資金関係
医療機関との関係
法人と医療機関の経理関係
実際の運営体制

などについて、医療法上の非営利性に問題がないかを事前に検討する必要があります。

6．2026年から一般社団法人による医療機関開設にも新たな届出制度

2026年は、一般社団法人による医療機関開設を検討するうえで重要な制度変更の年です。

厚生労働省の資料によれば、公益社団法人を除く、医療機関を開設する一般社団法人について、令和8年度（2026年度）の事業分から、毎会計年度、事業報告書、貸借対照表、損益計算書を都道府県知事等に届け出る仕組みが設けられています。実際の届出は令和9年度（2027年度）以降に必要となります。

さらに、損益計算書については、医業に関する事業収益・事業費用を区分して経理することが求められる方向とされています。

したがって、一般社団法人を利用してクリニックを開設する場合には、法人設立時だけでなく、その後の法人運営・会計・行政報告まで見据えて設計することが重要です。

7．熊本で法人が診療所を開設する場合

熊本県では、医療法人、独立行政法人、自治体、その他の法人などの「法人等」が診療所を開設する場合、診療所開設許可申請を事前に行うこととされています。熊本県の現在の案内では、法人等による診療所開設許可申請の手数料は19,000円とされています。

熊本市でも、診療所の新規開設、改築・増築、許可事項・届出事項の変更などについて各種申請・届出が定められており、提出前に熊本市保健所への相談が案内されています。

また、熊本市に主たる事務所を置く医療法人については、原則として熊本市が所管しますが、複数の市町村に医療機関等を開設する場合などは熊本県が所管する場合があります。

「熊本だから一律に同じ窓口」ではないため、法人所在地と医療機関の所在地、開設する施設数などを確認したうえで、所管行政庁を判断することが重要です。

8．保健所だけではありません｜保険医療機関の指定も確認

クリニックを開設して保険診療を行う場合、医療法上の診療所開設手続だけでなく、健康保険法に基づく保険医療機関の指定申請についても確認する必要があります。

九州厚生局によれば、病院・診療所が公的医療保険の適用を受ける診療を行うためには、開設者が申請し、保険医療機関の指定を受ける必要があります。原則として毎月1日が指定日とされ、申請には開設に関する許可書等の書類が関係します。

したがって、開業スケジュールを組む際には、

診療所開設関係の手続
↓
保険医療機関指定
↓
診療開始

という流れを意識する必要があります。

なお、2026年4月1日からは、一定の新規無床診療所について、外来医師過多区域における事前届出等の新たな制度が関係する場合があります。該当する地域・開設形態では、開設時期を含めて早期の確認が必要です。

9．クリニックの事業承継・M&Aは「契約前」の相談が重要

既存クリニックの事業承継では、

「クリニックを買う契約を結んでから行政手続を考える」

という進め方には注意が必要です。

クリニックの承継では、一般企業のM&Aと異なり、医療法、法人制度、保険医療機関の指定、開設者、管理者、施設などを一体として検討する必要があります。

例えば、

個人開設 → 個人開設
個人開設 → 医療法人
個人開設 → 一般社団法人
医療法人 → 別の医療法人
法人の社員・役員構成の変更
開設者の変更
所在地変更
診療所の廃止・新規開設
保険医療機関の指定変更

など、承継方法によって必要な手続が大きく異なります。

九州厚生局では、保険医療機関等の廃止を伴って新たに指定を受ける場合の「遡及指定」について、開設者変更、所在地変更、個人から法人・法人から個人への変更など、一定のケースを対象として案内しています。

そのため、承継契約を締結する前に、行政手続上どのようなスキームが可能なのかを確認することが重要です。

10．「クリニックを買えば、そのまま引き継げる」とは限りません

クリニックの事業承継では、

「建物と医療機器を引き継げば、そのまま診療を続けられる」

とは限りません。

少なくとも、

現在の開設者
承継後の開設者
法人形態
医療法人の定款
社員・役員構成
診療所所在地
診療所名称
診療科目
病床の有無
管理者
開設許可・届出状況
保険医療機関指定の状況
建物・土地の権利関係
医療機器
リース契約
従業員
医療記録等の取扱い

などを事前に確認することが重要です。

特に、法人の承継と診療所の開設者変更、保険医療機関の指定手続は別々に整理する必要があります。

行政書士法人塩永事務所では、承継案件について、契約前の段階から行政手続の観点で確認することをおすすめしています。

11．開業・承継の前に「行政手続工程表」を作成

クリニック開設で起こりやすい問題の一つが、

「開業日は決まっているのに、必要な行政手続が終わらない」

というケースです。

例えば、

法人設立
医療法人設立認可
定款変更
診療所開設許可
構造・設備関係の確認
開設後の届出
保険医療機関指定
施設基準等の届出
法人関係の変更届
その他の関係機関への届出

などには、それぞれ異なる提出先・期限・審査があります。

そのため、行政書士法人塩永事務所では、案件ごとに、

「何を、いつまでに、どこへ、誰が行うのか」

を整理し、開業日・診療開始日から逆算して手続を設計します。

12．行政書士法人塩永事務所がサポートできる主な手続

医療法人関係

医療法人設立認可に関する手続
医療法人定款の作成・確認
定款変更認可申請
定款変更届
役員変更関係手続
理事長変更関係手続
社員関係の整理
法人運営に伴う各種行政手続
事業報告・各種届出に関する書類作成支援
分院開設に伴う法人関係手続

熊本県・熊本市では、医療法人の設立、定款変更、役員変更、決算等について、それぞれ申請・届出の仕組みが設けられています。

一般社団法人関係

一般社団法人の設立に関する手続
定款作成・確認
社員・理事等の組織設計に関する行政手続支援
医療機関開設を前提とした法人設計の確認
医療法上の非営利性に関する事前確認
医療機関開設後の行政報告・届出に関する支援

※一般社団法人による医療機関開設では、個別案件について所管行政庁との事前確認が重要です。

診療所関係

診療所開設許可
開設後の各種届出
開設許可事項の変更
構造・設備変更に関する手続
病床に関する手続
開設者変更
診療科目等の変更
管理者関係の手続
休止・廃止関係手続
分院開設関係手続

保険医療機関関係

保険医療機関指定申請に関する書類作成・手続支援
開設者変更に伴う指定関係手続
所在地変更等に伴う手続
施設基準等に関する書類整理・届出支援
関係機関への提出スケジュール管理

13．「設立」だけではなく、開業後の法人運営までサポート

クリニックは、開業したら行政手続がすべて終わるわけではありません。

医療法人では、

役員変更
理事長変更
定款変更
事業報告
決算関係
経営情報等の報告
分院開設
診療所の変更
廃止・休止

など、継続的に手続が発生します。

熊本市も、医療法人について設立、合併・解散、定款変更、決算届、経営情報等の報告などの各種手続を案内しています。

行政書士法人塩永事務所では、

「開業するときだけの行政書士」ではなく、開業後の法人運営・変更・分院展開まで見据えた継続的な行政手続支援

を行います。

14．認定経営革新等支援機関として、開業・承継の「前段階」からサポート

行政書士法人塩永事務所は、認定経営革新等支援機関です。

クリニックの開業や承継では、許認可だけでなく、

開業計画
事業計画
法人化
事業承継
設備投資
資金調達
分院展開
補助金・支援制度
法人運営
将来的な事業拡大

などを総合的に検討することが重要です。

行政書士法人塩永事務所では、「申請書を作ること」だけを目的とせず、クリニックの事業計画と行政手続をつなげることを重視しています。

なお、認定経営革新等支援機関であること自体が、融資の実行や補助金の採択を保証するものではありません。

必要に応じて、税理士、司法書士、社会保険労務士、弁護士、金融機関、医療関連専門家等との連携も含め、案件全体を整理します。

15．このような段階からご相談ください

まだ具体的に決まっていなくても、ご相談いただけます。

新規開業

熊本でクリニックを開業したい
医療法人で開業したい
一般社団法人での開設を検討している
個人開設と法人開設で迷っている
これから物件を探す段階
物件を契約する前に行政手続を確認したい
保健所への相談からサポートしてほしい

医療法人

医療法人を設立したい
医療法人の定款を変更したい
2院目、3院目を開設したい
分院を開設したい
理事長・役員・社員関係を変更したい
法人運営の行政手続を継続して任せたい

事業承継

親のクリニックを承継したい
第三者へクリニックを譲渡したい
クリニックを買収したい
個人診療所を法人化して承継したい
医療法人から別の医療法人への承継を検討している
承継契約を締結する前に行政手続を確認したい
開設者変更と保険医療機関指定をまとめて確認したい

一般社団法人

一般社団法人で医療機関を開設したい
一般社団法人による診療所開設が可能か確認したい
非営利性について行政庁に事前相談したい
医療機関開設後の法人運営・報告について相談したい

16．熊本のクリニック開設・承継は、計画段階からご相談ください

クリニックの開設・承継は、

法人設立
＋
医療法上の手続
＋
診療所の開設許可・届出
＋
保険医療機関の指定
＋
法人運営
＋
承継・分院展開

を総合的に考える必要があります。

特に、

「医療法人を作ってから考える」
「物件を契約してから保健所に相談する」
「承継契約を締結してから行政手続を確認する」

という進め方では、後から計画の修正が必要になる可能性があります。

だからこそ、開業・承継・法人化を決める前の段階で、行政手続を確認することが重要です。

行政書士法人塩永事務所は、熊本市中央区水前寺を拠点に、認定経営革新等支援機関として、医療法人・一般社団法人によるクリニックの開設、法人設立、定款変更、事業承継、分院展開、各種行政届出まで総合的にサポートします。

熊本県内のクリニック開設・承継はもちろん、案件内容に応じて全国の医療法人・医療機関についても、オンライン・郵送等を活用したサポートを行っています。

まずは「計画段階」でご相談ください

「これからクリニックを開業したい」

「医療法人と一般社団法人のどちらを検討すべきか相談したい」

「既存クリニックを承継したい」

「医療法人で分院を開設したい」

「定款変更が必要か確認したい」

「物件を契約する前に、診療所として使えるか確認したい」

「承継契約を結ぶ前に行政手続を確認したい」

このような段階からご相談ください。

行政書士法人塩永事務所では、案件の内容を確認したうえで、必要な許認可・届出、所管行政庁、必要書類、手続の順序、スケジュール等を整理し、案件ごとに最適な行政手続の進め方をご案内します。

熊本の医療法人・一般社団法人によるクリニック開設・承継・分院展開

認定経営革新等支援機関
行政書士法人塩永事務所

開業前の計画段階から、法人設立・診療所開設・承継・定款変更・分院展開まで。

複雑な医療法人・医療機関の行政手続も、まずはご相談ください。