医療法人承継サポート｜第三者への事業承継を行政書士が徹底サポート（熊本・九州対応）

「医療法人を第三者に承継したい」「後継者となる勤務医へ、診療所の経営を引き継ぎたい」「親族ではない医師にクリニックを承継したい」「長年経営してきた医療法人を、診療を止めずに次の世代へ引き継ぎたい」

医療法人の事業承継は、「理事長を交代すれば終わり」という手続ではありません。 定款・社員構成・役員構成・出資持分の有無・診療所や病院の開設者・土地建物・医療機器・従業員・取引契約・金融機関との関係・保険医療機関の指定など、複数の事項を確認したうえで承継方法を組み立てる必要があります。

行政書士法人塩永事務所では、承継前の事前調査から、行政庁との協議、定款変更、役員・社員関係の手続、診療所・病院に関する許認可・届出、保険医療機関関係の手続、専門家との連携まで、医療法人承継を総合的にサポートします。

「まだ承継方法が決まっていない」という段階でも構いません。まずは現在の医療法人の状況をお聞かせください。

医療法人の承継は「理事長を交代するだけ」ではない

「新しい先生を理事長にすれば終わり」と考えて進めると、実際の承継時に問題が発生することがあります。医療法人では、次のような事項を同時に確認する必要があるためです。

社員／理事／監事
医療機関の管理者
法人の主たる事務所
病院・診療所の開設者
定款／出資持分
法人名義の財産・土地・建物・医療機器
職員／リース契約／金融機関との契約／賃貸借契約
保険医療機関の指定／公費負担医療等の指定

医療法人の承継では、まず**「何を、誰から、誰へ、どのような方法で引き継ぐのか」**を明確にすることが出発点になります。

医療法人の「承継」とは何か

医療法人の場合、株式会社のように「株式を売買して会社を譲渡する」という仕組みをそのまま当てはめることはできません。特に重要なのが、承継対象の医療法人が

①持分の定めのある社団医療法人なのか
②持分の定めのない社団医療法人なのか

という点です。厚生労働省も、持分の定めのある社団医療法人と持分の定めのない社団医療法人について、それぞれ異なる制度上の取扱いを示しています。そのため、承継のご相談をいただいた際は、まず現在の定款・法人登記・社員名簿等を確認し、法人の形態を確定させることから始めます。

第三者への承継で最初に確認すべき6つのこと

いきなり申請書を作成するのではなく、まず現状を丁寧に調査します。

1．医療法人の種類

社団医療法人か財団医療法人か、持分の定めの有無、認定医療法人等への該当性、定款の内容、過去の定款変更履歴を確認します。

2．現在の社員構成

医療法人の社員は、株式会社の株主とは異なる制度上の立場にあり、「出資金を譲渡すれば自動的に承継できる」という単純な仕組みではありません。 現在の社員は誰か、新しい社員を誰にするか、現在の社員は退社するか、社員総会の決議はどう必要か、定款上の社員資格や人数、社員変更に伴う法人内部手続を確認します。

3．出資持分の有無

持分の定めのある医療法人の場合、出資者・出資割合・持分の評価・持分の取扱い・既存出資者の退社・新たな社員構成を整理します。出資持分の評価や税務上の取扱いは承継における重要な論点であり、税理士・公認会計士等の専門家との連携が必要です。

4．現在の定款

法人の目的、診療所・病院の所在地、主たる事務所、社員・理事・理事長・監事に関する規定、資産・会計、退社・解散・残余財産に関する規定を確認します。医療法上、社団医療法人の定款変更には社員総会の決議が必要であり、一定の事項については都道府県知事の認可が必要です。「承継だから必ず定款変更」と一律に判断せず、現在の定款と承継内容を照合して必要な手続を確定します。

5．理事・理事長・監事の変更

理事長交代だけでなく、理事の変更、監事の変更、社員変更、役員変更に伴う登記を一体として整理します。「理事長が変わる＝診療所の管理者も自動的に変わる」とは限りません。 役員変更と管理者変更は別の論点になる場合があります。

6．診療所・病院の開設者

既存医療機関をそのまま承継するのか、開設者に変更が生じるのか、新たに開設する必要があるのか、現在の医療機関の廃止が必要かを個別に判断します。診療所を法人が開設する場合、熊本県では事前に「診療所開設許可申請書」を提出する取扱いとなっており、手数料は19,000円です（熊本県案内）。

承継で最も重要なのは「行政庁との事前協議」

書類を作ってから相談するのではなく、できるだけ早い段階で関係行政庁に確認することが重要です。承継方法によって、定款変更認可・定款変更届・社員変更・役員変更・理事長変更・診療所開設許可／開設届／廃止届・病床関係手続・保険医療機関関係手続・公費負担医療関係手続など、必要な手続が変わってくるためです。

当事務所では、承継スケジュールを作成する段階から関係行政庁への確認・事前協議を行い、必要手続を整理します。

定款変更認可の流れ

承継に伴い定款の変更が必要な場合、次の流れで進めます。

現行定款の確認 → 変更内容の整理 → 社員総会等の法人内部手続 → 定款変更認可申請書等の作成 → 添付書類の準備 → 行政庁への申請 → 認可 → 必要に応じた変更登記 → 登記完了後の届出

熊本県では、定款変更認可申請について申請内容によって添付書類が異なるため、主たる事務所の管轄保健所への相談が案内されています。熊本市所管の医療法人については、熊本市の担当部署への確認が必要です。

法人変更登記について

理事長の変更、主たる事務所の変更、資産総額の変更などにより登記事項に変更が生じる場合、変更登記が必要です。登記申請そのものは司法書士の業務領域となるため、当事務所では必要に応じて提携司法書士と連携して対応します。行政書士・司法書士・税理士・公認会計士・弁護士等、それぞれの専門分野を尊重しながら進めることが、医療法人承継では欠かせません。

診療所・病院の承継に伴う手続

法人手続だけでなく、実際に医療機関を運営するための手続も確認します。

診療所開設許可／開設届
病院関係手続
診療所・病院廃止関係手続
病床関係手続
医療機関の構造設備関係手続
X線装置等に関する手続
医療機関の管理者変更関係手続

承継後の診療所が現在の施設をそのまま使用できるのか、設備・診療科・病床数等に変更があるのかによって、必要な手続は変わります。

保険医療機関・公費負担医療の手続も見落とせない

法人手続が完了しても、保険医療機関関係の手続が自動的にすべて完了するわけではありません。 承継方法に応じて、保険医療機関の指定、変更届、開設者変更に伴う手続、管理者関係手続、オンライン資格確認関係、診療報酬請求関係、各種施設基準の届出を確認します。承継方法によって「新規指定」か「変更・廃止」かの取扱いが変わるため、地方厚生局への事前確認を行ったうえでスケジュールを組むことが重要です。

公費負担医療についても同様に、生活保護法指定医療機関、自立支援医療、労災保険、結核・感染症関係、原子爆弾被爆者援護関係、難病医療、予防接種、健診・検診など、現在利用している制度を一覧化し、承継後も引き続き利用できるのか、変更・再指定・新規申請が必要なのかを一つずつ確認します。

土地・建物・医療機器も承継対象として確認

診療所・病院の土地建物が、医療法人所有／現理事長個人所有／第三者所有／賃貸物件のいずれかによって、必要な対応が異なります。

医療法人所有：承継方法に応じて土地・建物の取扱いを確認
個人所有：新旧経営者間の売買や賃貸借等が必要になる場合あり
賃貸物件：賃貸人との契約内容を確認し、承継後の使用可否を確認

医療機器、電子カルテ、レセコン、電話番号、ホームページ、各種リース、車両、医薬品・医療材料など、その他の事業用資産についても承継範囲を整理します。

承継契約は専門家の役割分担が重要

事業承継に関する基本合意、資産の譲渡、不動産の売買・賃貸借、医療機器の譲渡、リース契約の承継、従業員関係、未収金・買掛金等の取扱い、債務・借入金の取扱いなど、内容によっては弁護士・司法書士・税理士等による確認が必要です。

当事務所では、行政書士が対応できる範囲を明確にし、必要に応じて弁護士・司法書士・税理士・公認会計士等と連携しながら承継全体を進めます。すべてを行政書士だけで処理するのではなく、各専門家の業務範囲を尊重しながら進めることを重視しています。

医療法人承継の基本的な12ステップ

STEP	内容
1	承継相談（希望時期、法人の種類、診療所所在地、診療科、病床数、社員・役員構成、出資持分の有無、土地建物の所有関係を確認）
2	現状調査（定款、登記事項、社員・役員関係、許認可、保険指定、契約関係等）
3	承継方法の整理（何を変更し、何を引き継ぐのかを明確化）
4	行政庁と事前協議
5	法人内部手続（社員総会、理事会等）
6	定款変更等（必要な場合、認可申請・届出）
7	役員・社員等の変更
8	登記（司法書士と連携）
9	医療機関関係手続（開設・廃止・変更等）
10	保険医療機関等の手続（地方厚生局等）
11	公費負担医療等の確認
12	承継後の届出・管理

承継で特に注意したい5つのポイント

「理事長交代」だけで済ませない：法人の社員構成・医療機関・資産関係まで変更が必要か最初に確認する
持分の有無を必ず確認する：持分あり・なしで承継の考え方が大きく異なり、持分ありの場合は税務上の検討も必要
定款を必ず確認する：現在の定款と実際の法人運営に齟齬がないか。過去の変更が未処理のまま残っていることもある
診療所の許認可だけで判断しない：保険医療機関、公費負担医療、労災、オンライン資格確認、施設基準、医療機器、X線等も確認
親族承継と第三者承継を分けて考える：第三者承継では承継条件・社員構成・出資持分・資産・不動産・医療機器・職員・借入・契約関係を新旧経営者間で整理する必要がある

※親族への単純な理事長交代については、別途「医療法人理事長交代サポート」として対応しています。

行政書士法人塩永事務所の医療法人承継サポート内容

単に申請書を作成するだけでなく、承継前の**「手続の全体設計」**を重視しています。

サポート項目	内容
①承継前の現状調査	定款、登記事項、社員・役員構成、出資持分、診療所・病院、土地建物、許認可、保険医療機関指定、公費負担医療、各種届出を確認
②承継スケジュールの作成	「いつ何をするのか」を一覧化。診療を継続しながら承継する場合は実務上の切替時期も考慮
③行政庁との事前協議	承継方法に応じた必要手続を確認
④定款変更関係	必要な定款変更の申請書・添付書類を整理
⑤社員・役員関係	変更に必要な法人内部手続と行政庁への届出を整理
⑥医療機関関係	診療所・病院の開設・廃止・変更等の手続を確認
⑦保険医療機関関係	地方厚生局等への必要な手続を確認
⑧公費・各種指定	承継前の指定状況を確認し、承継後の手続を整理
⑨司法書士等との連携	変更登記が必要な場合、提携司法書士と連携
⑩税務・法務専門家との連携	税務、契約、出資持分の評価等は税理士・公認会計士・弁護士等と連携

ご相談時にご準備いただきたい資料

現在の定款／定款変更認可書等
医療法人の履歴事項全部証明書
社員名簿／役員名簿
出資持分に関する資料
診療所・病院の開設許可関係書類
保険医療機関指定関係書類
公費負担医療等の指定関係書類
土地・建物の登記事項
賃貸借契約書
医療機器関係資料／リース契約書
従業員関係資料
その他承継に関係する契約書

すべて揃っていなくても構いません。 まずは現在の状況を確認し、必要な資料を優先順位を付けて整理します。

ご相談は早めに

「◯月から新しい先生に経営を任せたい」という開始日が決まっている場合、そこから逆算して行政手続を組み立てる必要があります。定款変更、社員変更、理事長変更、登記、診療所関係手続、保険医療機関関係、公費負担医療、不動産、医療機器、金融機関、職員、契約関係が同時に動くため、承継直前に相談するよりも、できるだけ早い段階での全体像の確認をおすすめします。

費用について

医療法人承継は、法人の種類、持分の有無、社員・役員の変更内容、定款変更の有無、診療所・病院の開設者変更、保険医療機関関係手続、不動産・医療機器の取扱いなどによって業務量が大きく異なります。そのため一律料金ではなく、承継内容を確認したうえで個別にお見積りいたします。

以下のような一部の手続のみのご依頼にも対応しています。

医療法人関係だけ依頼したい
診療所関係の手続だけ依頼したい
定款変更だけ依頼したい
行政庁との事前協議からすべて依頼したい
司法書士等との連携まで含めて進めたい

ご相談からご依頼までの流れ

お問い合わせ：まずはお電話・メール等でお問い合わせください
承継内容のヒアリング：現在の医療法人の状況、後継者・承継時期・承継方法等を確認
資料確認：定款、登記、医療機関関係書類等を確認
必要手続の整理：必要となる行政手続を一覧化
お見積り：業務範囲と報酬額をご案内
ご依頼・着手：具体的な承継スケジュールに沿って業務を開始

よくあるご質問

Q. 医療法人を第三者に売却することはできますか？ 医療法人は株式会社とは制度が異なるため、「株式を売却して会社を譲渡する」という方法をそのまま使うことはできません。持分の有無、社員構成、役員構成、法人財産、診療所・病院の開設者等を確認し、適切な承継方法を検討する必要があります。

Q. 医師にクリニックを譲りたいのですが、理事長を変更すればよいですか？ 必ずしも理事長変更だけで完了するとは限りません。社員構成、役員、定款、診療所の開設関係、保険医療機関、公費負担医療等について確認する必要があります。

Q. 持分あり医療法人ですが、持分を譲渡すれば承継できますか？ 持分の取扱いだけで承継のすべてが完了するわけではありません。社員・役員・理事長・定款・医療機関・行政手続等を総合的に確認する必要があり、持分の評価や税務上の問題については税理士等への確認が重要です。

Q. 医療法人の定款変更は必ず必要ですか？ 承継内容によって異なります。医療法上、一定の定款変更には認可が必要ですが、すべての変更が同じ手続になるわけではありません。現在の定款と承継内容を確認したうえで判断します。

Q. 診療所をそのまま使えますか？ 承継方法や開設者、施設・設備等の変更内容によって異なります。既存の診療所をそのまま使用する場合でも、医療法上の開設関係手続、保険医療機関関係手続、公費負担医療等の指定について確認が必要です。

Q. 司法書士や税理士にも依頼する必要がありますか？ 案件によっては必要になります。変更登記は司法書士、税務・出資持分の評価等は税理士・公認会計士、契約関係の法的判断が必要な場合は弁護士など、それぞれの専門家と連携して進めることが重要です。当事務所でも必要に応じて専門家との連携を行います。

医療法人の第三者承継をお考えの方へ

医療法人の承継は「理事長を交代すれば終わる」手続ではありません。法人そのものの状況、社員・役員、定款、出資持分、医療機関、保険医療機関、公費指定、土地建物、医療機器、契約関係を総合的に確認し、承継方法を決定する必要があります。

以下のいずれかに当てはまる場合は、ぜひご相談ください。

まだ承継方法が決まっていない
第三者に診療所を引き継ぎたい
勤務医にクリニックを承継したい
持分あり医療法人だが、どう承継すればよいのかわからない
理事長交代だけで済むのか、法人全体の変更が必要なのかわからない

行政書士法人塩永事務所では、承継の初期相談から、行政庁との事前協議、必要書類の整理、申請・届出、医療機関関係手続、保険医療機関関係手続、司法書士等の専門家との連携まで、承継スケジュールに沿ってサポートします。

お問い合わせはこちら

行政書士法人塩永事務所 〒862-0950 熊本市中央区水前寺1-9-6 TEL：096-385-9002 E-mail：info@shionagaoffice.jp

「承継できるかどうかをまず確認したい」という段階からご相談いただけます。 まずはお電話・メールにて、お気軽にお問い合わせください。