【実務解説】特定原産地証明書の発給手続きと原産品判定の流れ（行政書士法人塩永事務所）

EPA（経済連携協定）を利用して輸出関税の減免を受けるためには、日本商工会議所から「特定原産地証明書」の発給を受ける必要があります。

本記事では、特定原産地証明書の取得に必要な手続きの流れを、実務担当者向けに事務的に分かりやすく解説いたします。

特定原産地証明書取得までの5ステップ

特定原産地証明書の取得は、大きく分けて以下の5つのステップで進行します。（※自社で手続きを行う場合、および当事務所が代行する場合の共通の流れです）

手続きを始めるための前提条件として、日本商工会議所の「EPA貿易経済連携発給システム」へ企業登録を行います。登録完了後、システムへログインするためのID・パスワードが発給されます。

対象の貨物が「日本の原産品であること」を証明するための根拠資料を準備します。特定原産地証明書の手続きにおいて、最も重要かつ工数がかかるステップです。

主な必要資料：
- 完成品および非原産材料（海外から仕入れた部品など）のHSコード（税則番号）
- 製品がどのように作られたかを示す製造工程図・製造工程説明書
- 原産地規則（関税分類変更基準や付加価値基準など）を満たしていることを証明する対比表・計算書

ステップ2で準備した資料をオンラインシステム上にアップロードし、日本商工会議所に対して「この商品は日本の原産品である」という判定を依頼します。

原産品判定が完了（判定番号を取得）したら、実際の輸出インボイス等の情報をもとに、システム上で特定原産地証明書の発給申請を行います。

審査期間： 申請後、原則2営業日
費用（商工会議所手数料）： 基本料 2,000円＋（産品数 × 加算単価 500円※）（※同一判定番号の利用が21回目以降の場合は1産品50円に減額されます）

商工会議所の審査が完了すると、特定原産地証明書がデータまたは紙で交付されます。交付された証明書の内容を、インボイスやB/L（船荷証券）などの船積み書類と照合し、現地税関での関税減免手続きに使用します。

HSコードの整合性 日本側（輸出時）のHSコードと、相手国（輸入時）の税関が認識しているHSコードに齟齬がないか、事前に確認が必要です。ここがずれていると、現地で減免が受けられないリスクが生じます。
根拠資料の7年間保存義務 特定原産地証明書を発給された輸出者は、原産品判定に使用した資料一式を発給日から7年間保存する義務があります。事後検認（相手国税関からの真偽確認調査）が入った際、すぐに提示できるように管理しなければなりません。
スケジュールには十分な余裕を 商工会議所の審査自体はそれぞれ「原則2営業日」ですが、書類の不備による差し戻しや、品目数が多い場合のチェック工数を考慮すると、初回案件では全体で数週間〜1ヶ月程度の余裕を見ておくのが実務上安全です。

特定原産地証明書の取得は、貿易実務の知識に加えて、協定ごとの複雑な「原産地規則」を読み解く法的な専門知識が必要となります。

当事務所（熊本市中央区・認定経営革新等支援機関）では、輸出事業者様に代わり、以下の実務をワンストップでサポートしております。

「社内に専門知識を持つスタッフがいない」「出荷期日が迫っており、一発で審査を通したい」といった場合は、お早めに当事務所までご相談ください。貴社のスムーズな海外展開・輸出実務を専門家の立場から迅速にバックアップいたします。