事業承継・M&A補助金のご案内【2026年6月最新版】

― 概要・対象類型・申請実務を熊本の行政書士が解説 ―

認定経営革新等支援機関｜行政書士法人塩永事務所（熊本市中央区）

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⚠️ 重要：十五次公募の申請受付期間

申請受付期間：2026年6月19日（木）〜 2026年7月24日（木）17:00まで

公募要領は2026年5月22日に公表されました。申請を検討されている方は、早急に準備に着手されることをお勧めいたします。

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事務所紹介

行政書士法人塩永事務所は、中小企業庁が認定する認定経営革新等支援機関として、熊本市を中心に事業承継・M&A・補助金申請に係る支援業務を一貫して提供してまいりました。

事業承継・M&A補助金の申請においては、補助金制度の理解にとどまらず、承継スキーム全体との整合・契約書類の整備・許認可手続きとの連携が不可欠であります。当事務所は、認定経営革新等支援機関としての専門的知見をもとに、申請準備から承継後の実務整理まで一貫してサポートいたします。

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1. 事業承継・M&A補助金とは

事業承継・M&A補助金は、中小企業・小規模事業者等が事業承継やM&Aを契機として経営資源を円滑に引き継ぐための取組を支援する国の補助金制度であります。令和7年度補正予算に基づき公募が実施されております。

本補助金の特徴

本補助金は、単なる「買収費用の補助」にとどまるものではありません。以下に掲げる複数の局面を広く対象としている点に、制度上の大きな特徴があります。

• 承継前後における設備投資
• M&Aに係る専門家費用（仲介・FA・士業報酬等）
• M&A成立後の統合プロセス（PMI）に要する費用
• 廃業・再チャレンジに伴う整理費用

したがって、本補助金は、売り手・買い手の双方にとって活用余地のある制度であり、承継当事者のみならず、M&Aの各局面において広く検討に値するものであります。

補助率および補助上限額

※類型ごとに補助率・補助上限額が異なります。詳細は公募要領にてご確認ください。

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2. 主な支援類型

本補助金は、事業承継・M&Aの各局面に応じて、以下の4類型で構成されております。申請に際しては、まず自社がいずれの類型に該当するかを正確に把握することが不可欠であります。

（1）事業承継促進枠

対象者： 親族承継または従業員承継を予定している事業者

支援内容： 承継前後に必要となる設備投資等に要する費用

承継に伴う老朽設備の更新・作業環境の改善・新規受注対応のための設備投資等が対象となり得ます。後継者への円滑な承継を実現するため、承継前に経営基盤を整備したいとお考えの事業者にとって、特に活用余地が大きい類型であります。

活用例

• 後継者が新たな事業展開を図るための機械設備の導入
• 老朽化した製造設備・店舗設備の更新
• デジタル化・省力化のための設備投資

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（2）専門家活用枠

対象者： M&Aの実施に際し、専門家を活用する事業者（買い手・売り手双方）

支援内容： FA・仲介業者・士業等の専門家に支払う費用の一部

本枠は、以下の細分類型が設けられております。

M&Aに係る専門家費用は、案件規模にかかわらず相当額に上ることが多く、本枠の活用により費用負担を軽減することが可能であります。

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（3）PMI推進枠

対象者： M&A成立後の統合プロセスに取り組む事業者

支援内容： PMI（Post Merger Integration）に関する専門家費用および統合に伴う設備投資

M&Aは成立をもって完結するものではありません。成立後の経営統合・業務プロセスの一本化・人材・システムの統合といったPMIが円滑に進まなければ、M&Aによる効果を十分に享受することはできません。

本枠は、M&A後の統合プロセスに要する費用を支援するものであり、M&Aを「取引」ではなく「経営統合」として捉える上で実務的重要性の高い類型であります。

活用例

• 統合後の業務効率化のためのシステム導入費用
• PMIを支援するコンサルタント・専門家への報酬
• 統合に伴う設備の統廃合・更新に要する投資

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（4）廃業・再チャレンジ枠

対象者： 事業承継またはM&Aに伴い既存事業を廃業する事業者

支援内容： 廃業に要する整理費用

複数の事業を整理し、承継する事業に経営資源を集中させるための費用負担を軽減する制度であります。廃業に伴う在庫整理・原状回復・各種解約費用等が対象となり得ます。

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3. 補助対象となる費用の考え方

本補助金の対象経費は類型ごとに異なりますが、概ね以下のような費用が想定されております。

費用計上における重要な留意事項

対象経費に該当するように見える費用であっても、以下の要件を満たさない場合には補助対象外と判断されることがあります。

• 申請時点において実施計画の具体性が示されていること
• 契約関係が適切に整理されていること
• 実施時期が補助対象期間内に収まっていること
• 採択前に着手した経費は原則として対象外となること（事前着手の可否は必ず事前確認が必要）

費用の名目のみをもって補助対象の該当性を判断することは危険であり、公募要領に基づく正確な確認と専門家への事前相談が不可欠であります。

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4. 申請実務上の主な留意点

事業承継・M&A補助金の申請においては、以下の点が特に重要であります。

（1）対象類型の正確な選定

自社の状況（承継前の設備投資が必要か・M&Aの専門家費用が発生するか・PMI費用を要するか・廃業整理費用が必要か）を正確に整理した上で、最適な類型を選定することが必要であります。類型の選定を誤った場合、申請自体が不適切となり、採択を得ることができません。

（2）事業計画の整合性の確保

補助事業として実施する内容が、事業承継またはM&Aの目的と論理的に整合していることが求められます。「費用を計上するための申請」ではなく、事業の継続性・収益性・承継効果を客観的に説明し得る事業計画書の作成が審査通過の要件となります。

（3）契約関係の整理

M&A案件においては、秘密保持契約・基本合意書・株式譲渡契約・事業譲渡契約等、複数の契約書が関係します。補助金申請書の記載内容とこれらの契約書の内容に不整合が生じた場合、審査上の重大なリスクとなります。

（4）実施時期・スケジュールの厳格な管理

補助対象期間・契約締結時期・支払時期・納品時期が、いずれも公募要領の定めに沿っていることが必要であります。特に、採択前に着手した経費は原則として補助対象外となるため、実施スケジュールの管理は申請準備の段階から厳格に行う必要があります。

（5）申請書類の完成度

補助上限額が最大2,000万円に及ぶ本補助金においては、審査における申請書類の完成度および実施計画の具体性が厳格に評価されます。審査委員が評価する観点を踏まえた、論理的かつ説得力ある申請書類の作成が採択の鍵となります。

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5. 熊本における本補助金の活用意義

熊本県内においては、事業承継の局面にある中小企業・小規模事業者が少なくありません。後継者不在への対応・地域雇用の維持・設備更新の負担軽減といった課題を抱える事業者にとって、本補助金の活用余地は大きいものであります。

親族承継・従業員承継を予定している場合

事業承継促進枠を活用することにより、承継前の設備投資に係る初期費用の負担を軽減し、後継者が安定した経営基盤のもとで事業を引き継ぐことが可能となります。

M&Aを検討している場合

M&Aは「取引」として完結するものではなく、専門家費用・PMI費用・廃業整理費用を含めた総合的な制度設計が必要であります。補助金の活用を前提として、承継スキーム全体を設計することが、円滑なM&Aの実現に資するものであります。

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6. 当事務所のサポート内容

当事務所は、認定経営革新等支援機関として、以下の支援を提供しております。

提供サービス一覧

✅ 対象類型の整理・申請要件の確認 自社の状況を踏まえた最適な類型の選定および申請要件の充足確認

✅ 事業計画書・補助事業計画の作成支援 審査委員の評価観点を踏まえた、論理的かつ具体性のある計画書の作成

✅ 契約書・同意書・説明資料の整備 申請書類との整合性を確保した各種法的文書の作成・確認

✅ 事業承継に伴う許認可・届出・名義変更の支援 承継に伴い必要となる行政手続きの一括対応

✅ PMI・承継後運営を見据えた実務整理 認定経営革新等支援機関として、承継後の経営安定化に向けた継続的なサポート

✅ 補助金申請と承継スキームの総合設計 補助金申請を承継スキーム全体と整合させた一体的な支援

補助金申請は、書類の作成のみをもって完結するものではありません。承継スキーム全体との整合・実施スケジュールの管理・関係書類の整備が不可欠であり、早期に現状を整理し、必要な書類とスケジュールを確定することが採択への近道であります。

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おわりに

事業承継・M&A補助金は、承継前後の設備投資・M&Aの専門家費用・PMI・廃業・再チャレンジを包括的に支援する制度であります。

十五次公募の申請受付期間は2026年7月24日17:00までと定められており、申請を検討される方は早急に準備を開始する必要があります。申請書類の作成・事業計画の策定・契約関係の整理には相当の準備期間を要することから、余裕をもった対応が不可欠であります。

熊本において事業承継またはM&Aを進める際には、本補助金を適切に活用することにより、資金負担の軽減と円滑な承継の実現を図ることが可能であります。

初回のご相談は無料にて承っております。「申請期限が迫っており急いでいる」という段階からでも、まずはお問い合わせくださいますようお願い申し上げます。

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お問い合わせ

行政書士法人塩永事務所

認定経営革新等支援機関｜全国オンライン対応

ご相談の際は、「事業承継・M&A補助金について相談したい」とお申し出いただけますと、担当者へ速やかにお繋ぎいたします。

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※本稿の内容は2026年6月12日時点の情報に基づくものであります。公募要領の内容・申請期間等は変更される場合がありますので、最新情報は中小企業庁の公式サイトにてご確認くださいますようお願い申し上げます。

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