【2026年10月最新】企業向け外国人雇用・在留資格手続きガイド｜在留期間更新・資格変更・特定技能農業・税金・社会保険の注意点

外国人雇用の在留資格管理で、このようなお悩みはありませんか？

「在留期間の更新申請は、いつから準備すればよいのか」
「2026年10月から在留申請の手数料が改定されたが、具体的にいくら必要なのか」
「農業分野の特定技能外国人に、選果・出荷・加工などの業務を任せてもよいのか」
「特定技能1号の外国人を2号へ移行させたいが、どのような要件があるのか」
「退職・転職・一時帰国があった場合、企業と外国人本人は何を届け出ればよいのか」

外国人材を雇用する企業にとって、在留資格の管理は採用時だけで終わるものではありません。在留期間の更新、転職・退職時の届出、業務内容の適正管理、税金・社会保険の納付状況確認など、雇用を継続するうえで厳格な実務が求められます。

特に、2026年10月1日以降は在留資格の変更・更新等に係る手数料（旧印紙代）が大幅に改定されました。

行政書士法人塩永事務所（認定経営革新等支援機関）では、企業の経営者・人事担当者・農業法人の皆様に向け、2026年10月時点で押さえておくべき制度改正と実務上の注意点を分かりやすく解説します。

1．企業が知っておくべき「在留期間更新・資格変更」の基礎知識

外国人を雇用する際、まず確認すべきは「本人の保有する在留資格」と「実際に従事する業務内容」が合致しているかです。在留カードの券面を確認するだけでなく、許可された活動範囲、雇用契約、実際の職務内容、報酬水準を正しく把握する必要があります。

1-1．在留期間更新許可申請とは

現在の在留資格のまま、引き続き日本で同じ活動を継続するための手続きです。

主な審査ポイント

現在の在留資格に該当する活動を継続しているか

雇用契約・労働条件に問題がないか（日本人と同等以上の報酬か）

税金・社会保険・年金などの公的義務を履行しているか

受入れ企業側が指定の基準を満たしているか

更新申請は書類を出せば自動的に通るものではなく、外国人本人の素行・在留状況と企業側の雇用管理体制の両面が審査されます。

1-2．申請時期と必要書類

申請開始時期： 原則として在留期間満了日のおおむね3か月前から申請可能です。
準備・確認資料：
- 在留カード・パスポート
- 雇用契約書・労働条件通知書
- 給与台帳・課税証明書・納税証明書
- 社会保険・年金の加入・納付確認資料
- 企業の登記事項証明書、決算関係資料（申請区分に応じて選定）

1-3．在留資格変更許可申請とは

留学生が卒業後に就職する場合や、技能実習生・特定技能1号が「特定技能2号」へステップアップする場合など、現在の資格とは異なる活動を行う際の手続きです。

1-4．【注意】申請中の就労ルール

在留資格変更許可申請中であっても、新しい資格での業務に就くことはできません。必ず許可が下りてから新業務へ従事させてください。

※在留期間更新においては、満了日までに申請が完了していれば、最長2か月間の「特例期間」が適用され、従前の在留資格のまま就労を継続できます。

2．【重要】2026年10月1日からの「在留申請手数料」改定

2026年10月1日以降に受け付けられた申請より、在留許可手数料（従来の一律収入印紙代）が許可される「在留期間」に応じた段階制料金へ改定されました。

2-1．改定後の手数料一覧（2026年10月1日受付分より適用）

許可される在留期間	窓口申請（収入印紙）	オンライン申請
3か月以下	10,000円	10,000円
3か月超～6か月以下	18,000円	15,000円
6か月超～1年未満	25,000円	21,000円
1年	33,000円	27,000円
1年超～3年未満	48,000円	42,000円
3年以上～5年未満	64,000円	56,000円
5年以上	75,000円	65,000円

※オンライン申請時は別途決済手数料がかかる場合があります。 ※2026年9月30日までに受け付けられた申請については、許可が10月1日以降であっても旧手数料が適用されます。

2-2．納付方法の変化と社内規程の確認

窓口申請： 許可受取時に収入印紙で納付。
オンライン申請： コンビニ決済または銀行決済（Pay-easy等）によるデジタル納付。
社内ルールの明確化： 手数料が改定されたため、社内で「企業負担」とするか「本人負担」とするかのルールや予算管理を見直しておくことが推奨されます。

3．農業分野で特定技能外国人に認められる業務範囲

農業分野（特定技能1号・2号）では、認められる作業と禁止されている作業の線引きを正しく理解することが極めて重要です。

区分	必須業務（メイン作業）	関連業務（付随作業）
耕種農業	栽培管理、農産物の集出荷・選別など	農畜産物の製造・加工・運搬・販売・除雪作業など
畜産農業	飼養管理、畜産物の集出荷・選別など	同上

業務管理上の重要ポイント

専従違反の禁止： 農産物の選果・加工・出荷・販売作業のみを主たる業務とすることはできません。必ず「栽培管理」または「飼養管理」の必須業務を組み込む必要があります。
関連業務の範囲： 関連業務はあくまで自社生産物に付随するものに限られ、他社からの請負加工・専任配送などは不法就労となる恐れがあります。
派遣形態の活用： 農業分野では繁閑差に対応するため「派遣雇用」が認められていますが、派遣元・派遣先双方で所定の受入要件を満たす必要があります。

4．特定技能1号から2号への移行要件と申請実務

長期就労・家族帯同が可能となる「特定技能2号」への移行には、高い技能と実務経験の立証が必要です。

4-1．主な移行要件（農業分野）

技能試験： 「2号農業技能測定試験（耕種または畜産）」への合格
所定の実務経験：
- 農業現場で複数の従業員を指導・指揮しながら工程を管理する者として2年以上の実務経験、または
- 農業現場における3年以上の実務経験

4-2．実務経験の立証資料

単に勤続年数を示すだけではなく、「現場リーダーとしてどのように指揮・指導を行っていたか」を具体的資料で証明することが求められます。

雇用契約書・労働条件通知書
担当業務・工程管理の実績を示す資料（作業日誌、指示書等）
会社側が作成する「実務経験証明書」

5．転職・退職・一時帰国に伴う届出と手続き

離職や雇用形態の変更が発生した場合は、14日以内の届出義務が発生します。

5-1．外国人本人の届出

離職・転職・契約終了があった場合、本人は出入国在留管理庁へ「所属機関に関する届出」を行う必要があります。

5-2．受入れ企業側の届出（特定技能）

特定技能所属機関は、雇用契約終了時や受入れ継続が困難になった場合、原則14日以内に届出を行わなければなりません。

5-3．一時帰国時の「みなし再入国許可」

一時帰国させる際は、在留期限の確認とEDカード（再入国出国用）での「みなし再入国手続き」を本人に指導し、スムーズに再入国できるよう管理します。

6．税金・年金・社会保険の未納が在留審査に与える影響

近年の在留審査では、公的義務の履行状況（納税・社会保険加入）が厳格にチェックされます。

住民税・所得税の未納： 高額・長期間の未納がある場合、更新・変更が不許可となったり、在留期間が「1年」に短縮される主要因となります。
社会保険・年金の未納： 個人納付（国民健康保険・国民年金）の遅延だけでなく、企業側の社会保険未加入も審査上不利に働きます。
事前対応： 未納が発覚した場合は、申請前に遡り納付や自治体・年金事務所への相談・納付計画の整理を行うことが必須です。

7．在留資格取消し・不法就労を防ぐコンプライアンス体制

不法就労が発生した場合、知らなかったでは済まされず、企業側も不法就労助長罪（3年以下の懲役または300万円以下の罰金）に問われます。

不祥事を防ぐ社内チェック体制

在留カードの厳格確認： 採用時に原本のICチップ確認・在留期限のデータ化管理を行う。
業務範囲の定期見直し： 職種変更や配置転換の際、在留資格の許容範囲内か再確認する。
無活動状態の防止： 退職後3か月以上次の就労活動を行わない状態放置を避ける。

8．今後の制度改正（育成就労制度への移行等）への留意点

2027年4月施行予定「育成就労制度」： 技能実習制度に代わる新制度への移行に向け、自社の受入れ計画やキャリアパスの見直しが必要です。
手続きのデジタル化： 在留申請オンラインシステムの活用により、改定後の手数料割引（Web申請時）を活用したコスト削減が推奨されます。

9．行政書士法人塩永事務所の外国人雇用サポート

行政書士法人塩永事務所（熊本市中央区水前寺）では、国認定の「認定経営革新等支援機関」として、企業の外国人雇用に関する法務手続きをトータルでバックアップいたします。

在留期間更新・資格変更許可申請の代行
特定技能1号・2号（農業分野等）の受入れ・移行手続き支援
受入企業の法務コンプライアンス診断・在留管理体制の構築
不法就労リスク・税金社会保険未納問題の事前事前調整

10．お問い合わせ・ご相談窓口

在留期間の満了日が迫っている方、手続きや制度改定でお悩みの企業様は、お気軽に当事務所までご相談ください。

行政書士法人塩永事務所

（国認定：認定経営革新等支援機関）

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