鳥獣被害防止総合対策交付金とは？有害鳥獣処理施設・ジビエ処理施設の整備に活用できる交付金制度を行政書士が解説

近年、全国の農山村地域では、シカ、イノシシ、サル、クマなどによる農作物被害や生活環境への被害が深刻化しています。

鳥獣被害対策は、単に野生鳥獣を「捕獲する」だけでは完結しません。

捕獲した個体をどこへ運ぶのか、食肉として利用できる個体をどのようにジビエとして活用するのか、利用できない個体や解体残さをどのように処理するのか、そして、それらを継続的に運営できる地域の仕組みをどう構築するのかという「捕獲後の対策」も重要になります。

こうした取組を支援する国の制度の一つが、農林水産省の「鳥獣被害防止総合対策交付金」です。

令和8年度（2026年度）の農林水産省資料では、鳥獣被害防止対策に加え、捕獲鳥獣のジビエ利用、焼却・減容化処分、食肉利用等施設や焼却施設・減容化施設の整備、処理加工施設の人材育成、ICTによる情報管理などが支援対象として整理されています。

特に施設整備については、食肉利用等施設に加えて、焼却施設（減容化施設を含む）の整備も対象とされており、有害鳥獣の捕獲後処理に課題を抱える自治体・地域にとって重要な制度です。

本記事では、令和8年度の農林水産省公表資料を基に、

鳥獣被害防止総合対策交付金とは何か
誰が事業実施主体となるのか
被害防止計画との関係
有害鳥獣処理施設は対象になるのか
ジビエ処理加工施設には何が使えるのか
補助率・上限額はどの程度なのか
施設整備を計画するときの注意点
行政書士に依頼できる支援

について、行政書士法人塩永事務所が解説します。

1．鳥獣被害防止総合対策交付金とは

鳥獣被害防止総合対策交付金は、シカ、イノシシ、サル、クマ、鳥類などによる農林水産業等への被害を防止するため、地域が一体となって行う鳥獣被害対策や、捕獲鳥獣の利活用等を支援する農林水産省の交付金制度です。

令和8年度の予算額は99億円で、鳥獣被害防止総合支援事業、都道府県活動支援事業、都道府県広域捕獲活動支援事業などが実施されています。

この制度は、単なる「捕獲費用の補助」に限定されたものではありません。

地域の実情に応じて、

被害防止
↓
捕獲
↓
搬入・処理
↓
ジビエ利用または処分
↓
加工・流通
↓
販路開拓・地域資源化

という一連の取組を支援する制度として位置付けられています。

特にジビエ関係では、食肉利用等施設、焼却施設・減容化施設、保冷設備、搬入促進施設、加工設備、人材育成、ICTシステムなどが支援対象として示されています。

2．「補助金」ではなく「交付金」と考えることが重要

一般的には「鳥獣被害の補助金」と呼ばれることもありますが、制度上の正式名称は**「鳥獣被害防止総合対策交付金」**です。

したがって、施設整備についても、

「対象施設を造れば自動的に補助金が出る」

という制度ではありません。

事業の目的、事業実施主体、対象経費、採択要件、地域計画との整合性、予算配分、審査等を踏まえて交付対象となるかが判断されます。

また、事業類型によって事業実施主体が異なります。

令和8年度のジビエ関係資料では、ハード事業について、地域協議会、コンソーシアム、協議会構成員等が事業実施主体として整理されています。コンソーシアムについては、処理加工施設の運営者、市町村、民間事業者などの参画が要件となる取組があります。

そのため、民間企業が施設を整備する場合も、「企業単独で申請できる」と単純に考えるのではなく、どの事業区分を利用し、誰が事業実施主体となるのかを最初に確認する必要があります。

3．最初に確認したい「被害防止計画」

鳥獣被害防止総合対策交付金を検討する際、重要になるのが市町村の「被害防止計画」です。

農林水産省は、鳥獣被害防止特措法に基づく市町村の被害防止計画について、作成方法や参考様式などを公開しています。

令和8年度の事業についても、地域ぐるみの鳥獣被害対策を進める上で、被害防止計画との整合性を確認することが重要です。

したがって、施設整備を検討するときは、

「施設を造りたいから交付金を探す」

という順番だけではなく、

地域の鳥獣被害防止対策に施設整備を位置付け、その事業目的を明確にする

という考え方が重要になります。

例えば、

地域でどのような鳥獣被害が発生しているか
年間どの程度捕獲しているか
捕獲した個体を現在どのように処理しているか
現在の処理方法にどのような問題があるか
処理施設が不足しているのか
ジビエ利用できる個体を十分に活用できているか
新しい施設によって地域の鳥獣被害対策がどう改善するか

といった事項を整理する必要があります。

4．有害鳥獣処理施設は交付金の対象になるのか？

結論：令和8年度は焼却施設・減容化施設の整備が明確に対象

令和8年度の農林水産省「鳥獣被害防止総合対策交付金について（ジビエ関係）」では、

食肉利用等施設
焼却施設（減容化施設を含む）

の整備が支援内容として明示されています。

農林水産省の資料では、食肉利用等施設と焼却施設（減容化施設を含む）を、制度上「処理加工施設」として整理しています。

したがって、例えば自治体が、

「捕獲頭数が増えているものの、捕獲個体を処理する施設が不足している」

「埋設処分だけでは対応が難しくなっている」

「ジビエとして利用できる個体と利用できない個体を地域内で適切に処理したい」

という課題を抱えている場合、焼却・減容化施設の整備を含む処理体制の構築を検討する余地があります。

ただし、「有害鳥獣処理施設」という名称の施設なら何でも対象になるという意味ではありません。

実際に交付対象となる施設・設備・経費については、令和8年度の交付等要綱、実施要領、交付対象事業費の取扱い、公募要領等を個別に確認する必要があります。

5．食肉利用等施設・焼却施設の補助率と上限額

令和8年度の農林水産省資料では、施設整備について、基本的に1/2以内等の支援が示されています。

施設ごとの上限単価は次のとおりです。

施設	交付金額の上限単価
食肉利用等施設	24.8万円／㎡
焼却施設	38.1万円／㎡

例えば、焼却施設について、仮に交付対象となる施設面積が100㎡であれば、

38.1万円 × 100㎡＝ 3,810万円

という上限単価による計算が考えられます。

しかし、これは**「100㎡なら3,810万円が必ず交付される」という意味ではありません。**

農林水産省の実施要領案では、食肉利用等施設・焼却施設について、上限単価の範囲内で、必要最小限のものとすることが示されています。

実際の交付額は、

対象経費
補助率
施設規模
事業内容
必要性
予算配分
採択審査
その他の交付条件

などを踏まえて決まります。

したがって、「上限額」と「実際に交付される金額」は区別して考える必要があります。

6．ジビエ処理加工施設の整備も支援対象

鳥獣被害防止総合対策交付金は、捕獲した個体を処分するためだけの制度ではありません。

捕獲個体を食肉等として有効利用するための施設整備も支援対象です。

令和8年度資料では、

食肉利用等施設
小型保冷・冷凍運搬車
コンテナ等を活用した簡易な施設
冷凍庫
金属探知機
加工製造設備
生体搬入用おり
処理加工施設に付帯する一時養鹿施設
移動式解体処理車

などが支援内容として示されています。

移動式解体処理車については、リース導入も可能とされ、補助率1/2以内、交付金額の上限として1,500万円／台という取扱いが示されています。

また、ジビエ利用の取組がこれまで行われていなかった地域における施設整備は、優先的に採択することが示されています。

7．「ジビエ利用」と「処分」を一体的に考える

捕獲した個体をすべてジビエとして利用できるわけではありません。

例えば、

食肉利用が可能な個体
衛生上、食肉利用に適さない個体
捕獲時の損傷等により利用できない個体
その他の事情により処分が必要な個体

などがあります。

そのため、地域の鳥獣対策では、

捕獲
↓
搬入
↓
選別
↓
ジビエ利用／焼却・減容化等による処分

という流れを構築することが重要です。

令和8年度の資料でも、ジビエ利用、焼却、減容化、埋設など、捕獲後の複数の処理方法が支援対象として整理されています。焼却・減容化については、民間事業者へ委託する場合の運搬費、焼却費、減容化経費を定額で支援する仕組みも示されています。

したがって、施設整備を考える際も、

「全部を焼却する施設」

または

「全部をジビエにする施設」

という単純な発想ではなく、地域の捕獲実態に応じて複数の処理方法を組み合わせることが重要です。

8．施設整備だけでなく、保冷・運搬・加工も重要

鳥獣処理の仕組みを構築する場合、建物や処理設備だけを整備しても十分とは限りません。

捕獲現場から処理施設までの搬入体制も重要になります。

令和8年度の支援内容には、

小型保冷・冷凍運搬車
保冷庫
冷凍庫
金属探知機
加工製造設備
移動式解体処理車
生体搬入用おり

などが含まれています。

つまり、

捕獲 → 搬入 → 一時保管 → 解体・処理 → 冷凍・加工 → 出荷

という物流・衛生管理まで含めて事業計画を作ることが重要です。

9．施設整備は「必要性」を数字で説明する

処理施設を整備する場合、特に重要なのが、

「なぜ、この施設が必要なのか」

という説明です。

例えば、次のような情報を整理します。

鳥獣被害の状況

鳥獣被害額
被害面積
被害作物
被害地域
鳥獣の種類
被害の推移

捕獲の状況

年間捕獲頭数
シカ・イノシシ等の種類別捕獲頭数
捕獲方法
捕獲従事者数
今後の捕獲見込み

現在の処理状況

ジビエ利用
焼却
減容化
埋設
民間委託
その他

現在の課題

処分場所の確保が難しい
処分費が高い
運搬距離が長い
捕獲従事者の負担が大きい
既存施設の処理能力が不足している
ジビエ利用率が低い

このような情報を具体的な数字で示すことで、施設整備の必要性を説明しやすくなります。

10．処理能力の算定が重要

施設を計画するときは、単に「大きな施設を造る」という発想ではなく、地域の捕獲頭数から必要処理能力を算定する必要があります。

例えば、

年間捕獲頭数
ジビエ利用に回す頭数
焼却・減容化する頭数
1日当たりの処理頭数
年間稼働日数
施設の稼働時間
繁忙期の処理量
必要人員

などを整理します。

これによって、

「なぜこの規模の施設が必要なのか」

を説明できるようになります。

また、施設規模が過大であれば、建設費だけでなく、完成後の人件費、光熱費、修繕費なども大きくなる可能性があります。

そのため、交付金の上限いっぱいまで施設を大きくするのではなく、地域の実態に応じた必要最小限の施設規模を検討することが重要です。

11．費用対効果と施設完成後の運営も重要

施設整備では、建設費だけを見ることはできません。

例えば、

人件費
電気代
燃料費
消耗品費
修繕費
設備更新費
廃棄物等の処理費
車両維持費

など、完成後のランニングコストを検討する必要があります。

また、

「誰が施設を運営するのか」

という問題も重要です。

例えば、

市町村が運営するのか
地域協議会が運営するのか
民間事業者が運営するのか
処理加工施設の運営者と連携するのか

などを整理します。

農林水産省の令和8年度実施要領では、施設整備等について費用対効果分析を行い、投資効果等を十分に検討することが示されています。

したがって、

建設できるか

だけではなく、

建設後も継続して運営できるか

まで含めて事業計画を作ることが重要です。

12．ジビエ商品の開発・販路開拓も支援対象

令和8年度の制度は、施設を造って終わりではありません。

処理加工施設について、

衛生管理の向上
ジビエ商品の開発
販路開拓
商談会・展示会への参加
捕獲鳥獣の受入れ増加
衛生管理認証の取得

などの取組も支援対象として整理されています。

そのため、ジビエ施設を整備する場合には、

施設整備 → 衛生管理 → 人材育成 → 加工 → 商品開発 → 販路開拓

という流れまで考えることが有効です。

13．人材育成にも支援がある

処理加工施設を整備しても、適切に運営できる人材がいなければ、施設の能力を十分に発揮できません。

令和8年度は、処理加工施設の人材育成について、OJT研修を支援する仕組みが設けられており、1施設当たり192万円以内、1か月当たり16万円以内の定額支援が示されています。

施設の新設・改修を計画する際には、

誰が作業するのか
必要な資格・技術は何か
研修をどう実施するのか
将来的に人材をどう確保するのか

まで検討しておくことが重要です。

14．ICTによる捕獲・処理・在庫管理も支援対象

令和8年度は、ICTを活用した情報管理についても支援があります。

農林水産省資料では、捕獲情報から処理加工、在庫管理、出荷まで、ジビエ流通に必要な情報を管理するICTシステムの導入を支援し、1市町村当たり350万円を上限とする定額支援が示されています。

例えば、

捕獲情報
↓
搬入情報
↓
個体情報
↓
解体・処理工程
↓
在庫
↓
出荷

といった情報を一元管理する仕組みです。

施設整備とICTを組み合わせることで、捕獲から出荷までのトレーサビリティや業務効率化につなげることができます。

15．コンソーシアムによる取組も可能

鳥獣被害やジビエ利用の課題は、一つの市町村や一つの事業者だけでは解決が難しい場合があります。

そこで、令和8年度は、複数の処理加工施設、民間事業者、市町村などが連携するコンソーシアムによる取組も支援されています。

ジビエ関係のコンソーシアムでは、

市町村
処理加工施設
民間事業者
JA
猟友会
地域団体
食品関連事業者
流通事業者

など、複数の関係者が連携して、捕獲から処理加工、流通、販売までの取組を行うことが想定されています。

令和8年度には、農林水産省から「広域ジビエ価値創造コンソーシアム」「国産ジビエ認証施設コンソーシアム」「九州ジビエコンソーシアム」「東北ジビエコンソーシアム」が交付金交付候補者として公表されています。

なお、広域コンソーシアム型については、通常の地域協議会型とは別に公募要件等が定められているため、個別の公募要領を確認する必要があります。

16．「補助金があるから施設を造る」では不十分

施設整備を検討する際に注意したいのが、

「交付金が使えるから施設を造る」

という考え方です。

行政事業として重要なのは、

「地域の鳥獣被害という課題を解決するために施設が必要であり、その財源の一部として交付金を活用する」

という考え方です。

例えば、

年間捕獲頭数が増加
↓
既存の処理方法では対応できない
↓
処分・運搬コストが増加
↓
地域内に処理能力を整備する必要がある
↓
ジビエ利用できる個体は資源として活用
↓
利用できない個体は焼却・減容化等により処理
↓
捕獲から処理までの地域内体制を構築

というストーリーです。

このように、施設を地域課題の解決手段として位置付けることが重要です。

17．申請前に確認すべきポイント

有害鳥獣処理施設・ジビエ処理施設の整備を検討する場合は、少なくとも次の事項を確認することをおすすめします。

① 被害防止計画との整合性

施設整備が地域の鳥獣被害防止対策の中でどのように位置付けられているかを確認します。

② 事業実施主体

地域協議会、コンソーシアム、協議会構成員等、利用する事業区分に応じた事業実施主体を確認します。

③ 対象施設

食肉利用等施設なのか、焼却施設なのか、減容化施設なのか、その他の付帯設備なのかを整理します。

④ 対象経費

建物、設備、車両、冷凍・保冷設備等について、どこまで交付対象となるのかを確認します。

⑤ 施設規模

年間捕獲頭数や処理頭数から必要な施設規模を算定します。

⑥ 運営主体

完成後、誰が施設を運営するのかを決めます。

⑦ 維持管理費

人件費、光熱費、燃料費、修繕費等を含めた長期的な収支を検討します。

⑧ 費用対効果

施設整備によって、被害防止、処理費削減、ジビエ利用、地域経済等にどのような効果が生じるかを整理します。

18．施設の「見積書」だけでは交付金申請はできない

有害鳥獣処理施設の整備では、数千万円規模となるケースもあります。

しかし、

「施設の見積書を取れば交付金を申請できる」

というものではありません。

事業計画では、

地域の鳥獣被害状況
捕獲実績
被害防止計画との整合性
現在の処理状況
施設整備の必要性
処理能力
事業実施体制
施設運営方法
事業費
資金計画
費用対効果
完成後の維持管理

などを総合的に整理する必要があります。

また、公募型の事業では、提出された事業実施計画等を審査し、交付金交付候補者を選定する仕組みがあります。広域コンソーシアム型についても、審査を経て交付金交付候補者が公表されています。

したがって、単に「対象経費に該当する」というだけで採択が保証されるわけではありません。

19．行政書士に依頼できる支援

鳥獣被害防止総合対策交付金の申請を検討する場合、行政書士には、案件の内容や契約関係、事業実施主体等に応じて、事業計画の整理や申請書類の作成支援などを依頼できる場合があります。

特に施設整備案件では、

交付金制度の適用可能性の確認
事業スキームの整理
事業計画の作成支援
必要書類の整理
申請書類の作成支援
施設整備計画の整理
事業実施体制の整理
費用対効果の検討資料の整理
自治体・関係機関との協議に必要な資料作成
コンソーシアム事業の計画整理

などが重要になります。

行政書士法人塩永事務所では、自治体・民間事業者等からのご相談について、案件の内容を確認した上で、鳥獣被害防止総合対策交付金その他の制度の適用可能性や、申請に向けた支援内容を検討しています。

特に、

有害鳥獣焼却施設の新設
減容化施設の整備
ジビエ処理加工施設の新設
既存施設の改修
冷凍・保冷設備の導入
移動式解体処理車の導入
捕獲・処理情報のICT化
国産ジビエ認証取得に向けた取組
コンソーシアム事業
自治体への施設整備提案

などについては、施設そのものだけでなく、地域の鳥獣被害防止対策の中でどのように事業を位置付けるかという視点から検討することが重要です。

20．まとめ｜有害鳥獣処理施設は「捕獲後の地域インフラ」として検討する

鳥獣被害防止総合対策交付金は、単に野生鳥獣を捕獲するための交付金ではありません。

令和8年度の制度では、

被害防止
↓
捕獲
↓
搬入
↓
ジビエ利用・処分
↓
食肉利用等施設・焼却・減容化施設
↓
加工・流通
↓
販路開拓
↓
人材育成・ICT化

という、地域における鳥獣対策と捕獲鳥獣の利活用・処理を支援する仕組みが用意されています。

特に令和8年度は、食肉利用等施設だけでなく、焼却施設・減容化施設の整備が支援対象として明確に示されている点が重要です。

そのため、捕獲頭数の増加によって、

「捕獲した個体を処理する場所がない」

「埋設処分に限界がある」

「処理施設までの運搬距離が長い」

「ジビエとして利用できる個体を十分に活用できていない」

といった問題を抱える自治体・地域では、処理体制そのものを見直す際の選択肢となります。

一方で、

「対象施設なら必ず交付金がもらえる」

という制度ではありません。

被害防止計画との整合性、事業実施主体、施設の必要性、対象経費、施設規模、費用対効果、事業実施体制、完成後の運営方法などを総合的に検討し、最新の交付等要綱・実施要領・公募要領等に沿って事業計画を作成することが重要です。

また、令和8年度については、農林水産省が令和8年4月7日付で交付等要綱、実施要領、交付対象事業費の取扱い等を改正しています。制度の利用を検討する際には、過年度の情報ではなく、その時点で有効な最新資料を確認することが必要です。

有害鳥獣処理施設・焼却施設・減容化施設・ジビエ処理加工施設の整備を検討されている場合には、施設の仕様や見積りを固める前の段階から、交付金の対象となる事業設計になっているかを確認することをおすすめします。

参考：農林水産省の公式資料

行政書士法人塩永事務所

電話：096-385-9002
メール：info@shionagaoffice.jp