事業承継・M&A補助金の実務解説

― 概要・支援類型・申請実務の重要要件 ―

認定経営革新等支援機関

行政書士法人塩永事務所（熊本市中央区）

1. はじめに

「事業承継・M&A補助金」は、中小企業・小規模事業者等が事業承継やM&Aを契機として経営資源を円滑に引き継ぎ、その後の持続的な成長・発展を図るための取組を支援する制度です。令和7年度補正予算に基づく公募が進行しており、専門家の活用から承継に伴う設備投資、統合プロセス（PMI）、さらには廃業・再チャレンジに至るまで、多角的な局面が対象となっています。

本補助金の本質は、単なる「買収費用の補填」に留まらず、以下の費用を包括的に支援する点にあります。

承継前後の設備投資・販路開拓費
M&A専門家（仲介・FA等）への委託費用
経営統合（PMI）に要する諸経費
事業整理に伴う廃業費用

売り手・買い手双方の当事者にとって、実務上の活用余地が極めて大きい制度と言えます。

2. 現在の公募状況

直近の「第15次公募」に関するタイムラインおよび基本スペックは以下の通り案内されています。

項目	概要・条件
公募要領公表	2026年5月22日
申請受付期間	2026年6月19日～ 7月24日 17:00（厳守）
補助率	$1/3$ ～ $2/3$ （各類型・要件による）
補助上限額	最大 2,000万円

【実務上の注意点】

補助金額の規模が大きい分、申請書類に求められる「事業計画の蓋然性（実現可能性）」および「実施計画の具体性」の審査基準は極めて厳格です。締切直前の準備では対応が困難であるため、早期の着手が不可欠となります。

3. 4つの主要な支援類型

本補助金は、事業承継・M&Aの各フェーズに応じて4つの類型で構成されています。自社がどの枠に合致するかを正確に選定する必要があります。

① 事業承継促進枠

親族承継または従業員承継（MBO等）を予定・実施した事業者が、経営資源の引継ぎを機に行う設備投資等を支援する類型です。

対象例： 老朽化設備の更新、作業環境の改善、新規受注に対応するための生産性向上投資。

② 専門家活用枠

M&Aの意思決定から成約に至るプロセスにおいて、外部専門家に支払う費用の一部を支援する類型です。

対象例： フィナンシャルアドバイザー（FA）報酬、M&A仲介手数料、デューデリジェンス（DD）費用、各士業への相談費用。
備考： 買い手支援、売り手支援、小規模売り手支援のほか、売上高100億円企業を目指す特例類型が設定されています。

③ PMI推進枠

M&A成約後の統合プロセスであるPMI（Post Merger Integration）に関する専門家費用や、統合に伴うシステム投資等を支援する類型です。

対象例： 経営理念・業務プロセスの統合コンサルティング費用、ITシステムの統合費用。 M&Aは成約がゴールではなく、その後の統合が成否を分かつため、実務上の重要性が非常に高い類型です。

④ 廃業・再チャレンジ枠

事業承継やM&Aに伴い、既存の不採算部門や重複する一部事業を廃業・整理する場合に、その経費を支援する類型です。

対象例： 解体費用、処分費用、既存契約の解除に伴う違約金等。承継・統合後の新事業に経営資源を集中させるための負担を軽減します。

4. 申請実務における4つの最重要留意点

本補助金の採択を勝ち取るためには、形式的な書類作成ではなく、以下の法的・財務的整合性が厳しく問われます。

対象類型の適正な選定：

自社が「承継に伴う投資（促進枠）」「M&Aの取引費用（専門家枠）」「統合費用（PMI枠）」のいずれを主目的としているかを明確に区分しなければなりません。類型の誤選択は不採択に直結します。
事業計画の論理的整合性：

単に「経費を補填するため」の申請ではなく、補助事業の実施が「経営資源の承継効果」や「将来の収益性・持続可能性」にどう寄与するのかを客観的数値（定量目標）を交えて説明する必要があります。
契約関係の適法な整理：

M&A案件においては、秘密保持契約（NDA）、基本合意書（LOI）、最終契約書（株式譲渡・事業譲渡契約書等）の締結フェーズと、補助金の申請内容・時期に不整合がないよう、厳密なリーガルチェックが求められます。
実施時期（タイムライン）の厳格管理：

補助対象となる経費は、原則として「交付決定後」に発注・契約・支払を行ったものに限られます。事前の着手承認（事前着手届出）の可否や適用条件について、公募要領を慎重に精査する必要があります。

5. 熊本における地域実務上の意義

熊本県内の中小企業・小規模事業者においても、経営者の高齢化に伴う「後継者不在」や「黒字廃業のリスク」は極めて深刻な課題です。

親族・従業員承継： 補助金を活用して初期投資（デジタル化や老朽設備刷新）の財政的負担を軽減し、次世代経営者の円滑なスタートダッシュを可能にします。
第三者承継（M&A）： 買い手側は「専門家費用・PMI費用」を、売り手側は「廃業整理費用」をそれぞれ相互に検討・活用することで、地域雇用の維持と確実な事業引継ぎを両立させることができます。

承継・M&Aは単なる当事者間の「取引」ではなく、公的制度を組み込んだ「総合的なスキーム設計」として捉えるべきです。

6. 行政書士法人塩永事務所の支援体制

当事務所では、国に認定された「認定経営革新等支援機関」として、以下の実務を一気通貫で支援しております。

補助金適合性の診断および最適類型の選定
公募要件の充足確認および財務データに基づく事業計画書作成支援
M&Aに関わる各種契約書・同意書・説明資料のリーガルチェック
事業承継・組織変更に伴う行政許認可の変更・届出・名義変更手続き一式
統合プロセス（PMI）および承継後の運営を見据えた実務コンサルティング

補助金申請は単なる代行業務ではなく、経営承継スキーム全体との調和が不可欠です。第15次公募（7月24日締切）への申請をご検討の事業者様は、スケジュールに余裕を持った早期の現状整理を推奨いたします。

【本件に関するお問い合わせ先】 行政書士法人塩永事務所認定経営革新等支援機関（登録番号：26-012597 / 熊本市中央区水前寺1-9-6）

電話番号： 096-385-9002
メールアドレス： info@shionagaoffice.jp
営業時間： 平日 9:00 〜 18:00（オンライン相談：全国対応可）

※ご相談の際は「事業承継・M&A補助金の件」とお申し付けいただけますと、担当専門官への取次がスムーズです。貴社の円滑な事業承継と経営基盤の更なる発展を全力で支援いたします。