在留資格認定証明書交付申請の完全ガイド｜手続き・必要書類・有効期間・オンライン申請まで徹底解説

行政書士法人塩永事務所

在留資格認定証明書交付申請（COE）から日本入国までの流れ・必要書類・上陸許可基準・有効期間（原則3か月）・オンライン申請・費用まで、2025年時点の最新情報を踏まえて行政書士がわかりやすく解説します。はじめての企業担当者様・留学生・ご家族の方にも理解しやすい構成です。

目次

• 在留資格認定証明書とは
• 在留資格認定証明書を取得するには
• 在留資格認定証明書交付申請から日本入国までの流れ
• COEが不要となる主なケース
• 申請書の書き方と審査期間
• オンライン申請について
• 手数料・費用の目安
• 不交付・不許可への対応
• 入国後の在留管理
• まとめ

1. 在留資格認定証明書とは

誰が使用するものですか？

在留資格認定証明書（Certificate of Eligibility：COE） は、海外にいる外国人が日本の在外公館（日本大使館・総領事館）で査証（ビザ）発給を申請する際に提出する「事前審査の結果を示す証明書」です。

• 交付機関： 地方出入国在留管理局・支局・出張所（出入国在留管理庁）
• 申請者（提出者）：
  • 原則： 日本側の受入主体（企業・学校・配偶者・親族・団体等）の担当者
  • 代理人： 申請等取次の行政書士・弁護士・登録支援機関職員など

就労資格（技術・人文知識・国際業務、特定技能、経営・管理など）に限らず、留学・家族滞在・身分系（日本人の配偶者等／永住者の配偶者等／定住者）・特定活動など、短期滞在と永住者を除く多くの在留資格で利用されます。

なぜ必要？いつ使いますか？

COEは、申請人の予定している活動内容が入管法上のいずれかの在留資格に該当し、必要に応じて上陸許可基準にも適合していることを、日本国内であらかじめ審査した結果を証明する公的文書です。

• 主な利用場面： 海外から日本に新規入国（上陸）するケース
  • 就労ビザ： 技術・人文知識・国際業務、特定技能、経営・管理、高度専門職など
  • 就学： 留学、研修
  • 家族： 家族滞在、日本人の配偶者等、永住者の配偶者等、定住者
  • その他： 特定活動 等

ポイント： COEがあることで、在外公館での査証審査・空港での上陸審査を円滑・迅速に進めることができます。

COEが不要な代表例

• 短期滞在： 観光・親族訪問・商談等（短期滞在ビザ／ビザ免除）
• 外交・公用： 外務省所管のためCOE対象外
• 国内での在留資格変更許可申請： すでに日本に在留している方が在留資格変更を行う場合はCOEは使いません。

在留カード・在留資格との違い

• 在留資格： 内容： 日本で行うことができる活動内容と在留期間を定める「法的な地位」
• 在留カード： 内容： 上陸許可または在留許可の際に交付される、在留資格・在留期間等が記載された身分証
• 在留資格認定証明書（COE）： 内容： 上陸前に日本の入管が交付する「在留資格・上陸条件の事前審査結果」の証明書

COEだけでは入国できません。 COE取得 → 在外公館で査証発給 → 空港で上陸審査 → 在留カード交付 という流れになります。

提出先・交付方法・管轄

• 在外公館への提出先： 提出先： 申請人の居住国を管轄する日本大使館・総領事館の査証窓口
• COEの交付方法（日本側）：
  • 紙のCOE： 窓口申請の場合の標準形態
  • 電子COE： 在留申請オンラインシステムによる申請の場合、電子メール通知・COE番号での交付が可能（2025年時点も継続）
• 管轄入管： 原則： 受入機関の所在地を管轄する地方出入国在留管理局・支局等（事務所住所で判断）

有効期限と返納・再申請

• 有効期間： 原則3か月 この期間内に「査証申請 → 査証発給 → 日本入国」までを完了させる必要があります。
• 査証申請時： COE原本（または電子COEの番号／プリントアウト）を在外公館に提出・提示します。
• 期限切れ：
  • 未使用のまま3か月を経過したCOEは、原則として再申請（再交付申請）が必要です。
• 返納： 使用済みCOEは通常回収されるため、返納等の手続きは不要です。

2. 在留資格認定証明書を取得するには

交付申請の必要書類（共通）

在留資格や分野により必要書類は変わりますが、共通して以下が求められます。

基本書類

• 在留資格認定証明書交付申請書： 氏名・国籍・生年月日・連絡先・活動内容・予定在留期間等を正確に記載し、写真を貼付
• 申請人本人の資料： パスポートの写し、学歴・職歴、資格証明、（必要に応じて）日本語能力を示す資料 等

受入側の資料

• 企業の場合： 雇用契約書（写し）、職務記述書（Job Description）、会社概要、登記事項証明書、直近決算書 等
• 学校の場合： 入学許可書、学校案内、在籍予定学科の概要 等
• 帯同・身分系の場合： 戸籍謄本、婚姻証明書、出生証明書、扶養状況に関する資料 等

その他

• 理由書・疎明資料： 活動内容の具体性、生計・支援計画、家族関係の実体などを説明する資料
• 委任状： 行政書士等の申請取次者が提出する場合
• 翻訳文： 外国語の公的文書には、日本語訳の添付が原則（翻訳者の氏名・作成日を明記）

代表的な在留資格ごとの追加資料（例）

技術・人文知識・国際業務

• 学歴・実務： 学位証明書または相当の実務経験
• 関連性： 職務内容と専攻・職歴の関連性が分かる資料
• 報酬： 日本人と同等以上の報酬であることを示す資料
• 社会保険： 社会保険加入予定のわかる資料

特定技能

• 試験合格： 分野別評価試験・日本語試験の合格証
• 支援計画： 登録支援機関の支援内容を含む支援計画書
• 労働条件： 労働条件通知書、雇用契約書 等

留学

• 入学許可書： 受入教育機関が発行するもの
• 学費・生活費： 支弁計画書、銀行残高証明、送金予定等
• 在籍予定学科： カリキュラムや時間割の概要 等

家族滞在・身分系

• 婚姻の実体： 写真、通信履歴、渡航記録 等
• 同居・扶養： 同居予定・扶養状況を示す資料
• 住居・生計： 住居の確保状況、収入・貯蓄・扶養能力を示す資料

3. 在留資格認定証明書交付申請から日本入国までの流れ

STEP 1：受入主体・身元保証人の確定と在留資格の選定

• 受入主体の確定： 企業・学校・配偶者／親族・団体 など、日本側で受け入れを行う主体を決めます。
• 在留資格の選定： 活動内容に合致する在留資格（活動資格／居住資格／特定活動）を選びます。

STEP 2：要件と上陸許可基準の事前チェック

就労系（技人国・特定技能・経営管理等）

• 学歴・実務と職務の関連性
• 雇用契約の適法性・継続性
• 報酬水準（日本人同等以上）
• 社会保険加入の予定
• 事業所の実在性・事業継続性

留学

• 入学許可の有無
• 学費・生活費の支弁能力
• 学校・コースの実体・継続性

家族帯同・身分系

• 婚姻・親子関係の実体（偽装でないこと）
• 同居・扶養の実現性
• 生計維持能力の裏付け

特定活動・特定技能等

• 告示・指定書に定める要件
• 分野別要件・支援計画の適合

STEP 3：スケジュール設計（COE有効期間3か月を逆算）

• COEの有効期間： 原則3か月
• この期間内に、査証申請 → 査証発給 → 日本入国を完了させる前提で、
  • 書類作成
  • 面接・採用日
  • 学期開始日
  • 家族帯同の渡航予定 を並べて逆算します。
• 審査期間（後述：通常1〜3か月）も見込み、余裕を持ったスケジューリングが重要です。

STEP 4：必要書類の準備（原本／写し／翻訳）

• 共通： 在留資格認定証明書交付申請書（写真貼付・正確な記載）、パスポート写し、理由書 等
• 受入側： 雇用契約書／職務記述書（JD）／登記事項証明書／会社案内／決算書、または入学許可書・学校案内・支援計画 等
• 本人側： 学位・職歴・資格証明、婚姻・出生等の家族関係書類、資金計画資料
• 翻訳： 外国語文書には日本語訳を添付し、原本・写しの指定に従います。

重要： 在留資格の申請は、申請人側に「法令要件に適合していることを立証する責任」があります。出入国在留管理庁ホームページの提出書類一覧は「最低限必要な資料」であり、多くのケースでは、理由書や補強資料（疎明資料）を準備して申請することが、許可率の観点から実務上重要です。

STEP 5：地方出入国在留管理局（入管）へ申請

• 申請方法：
  • 窓口申請： 管轄の地方出入国在留管理局・支局・出張所で申請
  • オンライン申請： 在留申請オンラインシステムを利用（後述）
• 郵送申請： COEの手続については、原則として郵送の取扱いはなく、窓口またはオンラインでの申請が前提です（2025年時点）。
• 管轄： 受入機関の所在地を管轄する地方出入国在留管理局等

行政書士による書類作成・申請取次について

申請等取次行政書士は、以下のような支援を行うことができます。

• 書類作成： 申請書・理由書・疎明資料の作成
• 申請取次： 本人に代わって申請書類を提出し、原則として本人の出頭を免除できる制度（申請等取次）の利用

取次を行う行政書士は、法務省所定の研修・効果測定を経て「申請取次者」として届出を行っている必要があります。

STEP 6：受理後の審査・追加照会への対応

• 審査内容： 法務大臣が定める上陸許可基準・在留資格該当性・素行等を総合的に確認
• 審査期間の目安： 一般に1〜3か月程度ですが、
  • 繁忙期（新卒採用期・学期開始前）
  • 国籍・渡航歴
  • 案件の複雑性
  • 追加資料要求の有無 によって変動します。
• 追加照会： 追加資料や事実確認の連絡があった場合は、期限内に整合性の取れた資料を提出することが重要です。

STEP 7：在留資格認定証明書の交付（紙／電子）と内容確認

• 交付形態：
  • 窓口申請：紙のCOEを交付
  • オンライン申請：電子COE（メール通知・番号）で交付
• 確認事項： 氏名（ローマ字）、生年月日、国籍、在留資格、在留期間、受入機関の名称・所在地などに誤りがないか即時確認します。
• 有効期間： この時点から原則3か月のカウントが始まります。

注意： 査証審査は外務省所管の在外公館が行うものであり、「COE交付＝必ず査証が許可される」という意味ではありません。

STEP 8：海外の申請人への原本送付／電子COEメールの転送

紙の原本の場合

• 送付方法： 追跡可能な国際郵便・国際宅配便（EMS／DHL等）を利用
• 送付時の注意：
  • 封筒に申請人氏名・生年月日を明記
  • パスポート原本は同封しない
  • 追跡番号を連絡し、受領確認を取る

電子交付（電子COE）の場合

• 転送方法： 入管庁から受け取った通知メールを改変せず、そのまま申請人に転送
• 案内： COE番号を本文に記載し、迷惑メールフォルダも含めて受信確認を依頼
• 提出方法： 在外公館の案内に従い、多くの公館で「メール提示またはプリントアウト提出」が求められます。

家族帯同がある場合

• 個別取得： 配偶者・子ごとにCOEを個別に取得
• 送付・転送： 紙は家族単位で発送、電子は家族ごとにメール転送
• 有効期間管理： 全員分の有効期間がずれないよう一括でスケジュール管理

STEP 9：在外公館での査証（ビザ）申請

• 申請先： 申請人の居住国を所管する日本大使館・総領事館
• 申請者： 原則として申請人本人が申請（国や公館によって代理申請が認められる場合もあり）

必要書類の例

• COE原本／電子番号
• 査証申請書（外務省所定様式）
• 証明写真（規定サイズ・規定枚数）
• 有効なパスポート
• 領事手数料（国・査証種別により異なる） など

事前予約制やオンライン申請フォームの有無、必要書類の細目は公館ごとに異なるため、必ず各在外公館の最新案内を確認します。 通常、査証発給まで数日〜2週間程度を要することが多いです。

STEP 10：査証発給後の渡航準備

• 渡航日決定： COEの有効期間内で、上陸予定日を確定
• 手配： 航空券、空港出迎え、住居（社宅・賃貸）、生活立ち上げの準備
• 就労受入れの場合： 初期オリエンテーション（就業規則、在留管理、コンプライアンス、健康保険・年金等）の実施スケジュールを調整

STEP 11：入国（上陸審査）と在留カードの受領・初期手続

• 上陸審査： 空港でCOE・査証・パスポートを提示し、上陸審査を受けます。
• 在留カード交付： 上陸許可後、中長期在留者には在留カードが交付されます。

入国後14日以内の主な手続

• 住民登録： 市区町村役場で住所届出（住民票登録）
• 社会保険等： 健康保険・年金、給与口座の開設 等
• 資格外活動許可： 留学・家族滞在で就労する場合は、原則週28時間以内の資格外活動許可を取得

在留カード交付の基本

• 交付対象： 在留期間が3か月を超える「中長期在留者」に交付
• 非交付： 短期滞在や3か月以下の在留期間の場合は在留カードは交付されません。

主要空港（成田・羽田・関西・中部・新千歳・広島・福岡）経由の場合

• 入国審査カウンターで在留カードが原則即日交付
• 入国後14日以内に市区町村で住民登録

その他の空港・港の場合

• 住居地を市区町村役場に届け出後、在留カードが後日郵送で交付されます。

4. COEが不要となる主なケース

• 短期滞在： 観光・商談・親族訪問等の「短期滞在」在留資格（ビザ免除も含む）
• 外交・公用： 外務省所管のためCOEは対象外
• 国内での在留資格変更許可申請： すでに日本に適法に在留している方は、国内で在留資格変更許可申請を行うため、COEは不要です。

5. 申請書の書き方と審査期間

在留資格認定証明書交付申請書の書き方（基本）

• 氏名・パスポート情報： ローマ字氏名・生年月日・国籍・旅券番号はパスポート記載と完全一致させる
• 在留資格・活動内容： 在留資格の種類を正しく選択し、具体的な活動内容を記載
• 希望在留期間： 1年／3年／5年など、希望する在留期間を明記
• 連絡先： 担当者名・電話番号・メールアドレスを記載し、連絡が取れる状態にしておく
• 裏面の記載漏れ防止： 学歴・職歴・親族欄の書き漏れがないか注意
• 写真： 所定サイズ・3か月以内撮影のものを貼付

ポイント： 記載内容に矛盾があると、追加照会や審査長期化、不交付リスクが高まります。経歴の空白期間などは、理由書で補足すると安心です。

申請から交付までの期間（目安）

• 標準的な目安： 1〜3か月程度
• 長くなる主な要因：
  • 新年度・新学期前などの繁忙期
  • 一部国籍・地域に対する慎重な審査
  • 書類内容の複雑さ（経営管理・特定技能など）
  • 追加資料要求の有無

余裕をもって少なくとも「希望入国時期の3〜4か月前」には準備を始めるのが安全です。

6. オンライン申請について

2025年時点でも、「在留申請オンラインシステム」によるCOEのオンライン申請が利用できます。

オンライン申請できる人の区分

外国人本人・法定代理人・親族（配偶者・子・父母 等）

• 必要なもの：
  • マイナンバーカード（ICチップ付き）
  • パソコン
  • ICカードリーダライタ
  • JPKI利用者ソフト（JPKIクライアントソフト）

所属機関等の職員（企業・学校・登録支援機関・公益法人など）

• 要件：
  • 外国人の入国・在留手続に関する研修等を受講
  • 効果測定に合格
  • 事前に利用申出・利用者登録を行うこと

申請取次行政書士・弁護士

• 要件：
  • 法務省が定める研修を受講し、効果測定に合格
  • 出入国在留管理庁に申請等取次者として届出済み

メリット： 全国どこからでも申請でき、電子COEの交付により、海外への送付もメール転送で完結できるため、時間・コストの削減につながります。

7. 手数料・費用の目安

• COE交付時： 行政手数料は不要（在留資格認定証明書交付申請自体は無料）
• 査証申請時： 在外公館で領事手数料が必要（国・査証種別・単数／数次などにより金額が異なる）
• 行政書士等へ依頼する場合： 書類作成費用・申請取次費用などの専門家報酬が別途発生（事務所ごとに報酬基準が異なります）

8. 不交付・不許可への対応

在留資格認定証明書交付申請が不交付になった場合

• 不交付通知受領後： まず申請した入国管理局の担当官に連絡し、可能な範囲で「不交付の具体的な理由・指摘事項」を確認します。
• 対応方針： 指摘された点を整理し、原因を解消するための資料を準備したうえで、再申請を検討します。

代表的な不交付理由の例

• 就労系：
  • 学歴・実務と職務の関連性が弱い（技術・人文知識・国際業務）
  • 報酬が日本人同等以上でない／雇用契約の不備
  • 事業所の実在・継続性や支援体制に疑義（特定技能・経営管理等）
• 家族滞在・身分系：
  • 扶養・婚姻の実体が弱い
  • 生計維持の裏付け不足（収入・貯蓄不足、納税状況 等）

初回から理由書の作成・疎明資料の追加を行うことが実務上効果的です。場合によっては、在留資格の選定自体を見直すことも検討します。

在外公館で査証申請が不許可になった場合

• COE交付＝査証発給の保証ではない ことに注意が必要です。
• 在外公館は独自に査証審査（身元・目的・治安上の観点など）を行います。
• 不許可となった場合の基本的な流れ：
  • 不許可理由の説明を確認（口頭・書面）
  • 不足書類・疑義部分を補完
  • 一定期間経過後に再申請を検討
• 内容によっては、COE自体の再申請が必要になるケースもあります。

紛失・有効期限切れのとき

• 紛失： 管轄の入管に電話で問い合わせ、再発行の可否・必要書類・手続方法を確認します。
• 有効期限切れ（3か月超）： 原則として再申請が必要です。

9. 入国後の在留管理

管理主体の切り分け（企業・学校／本人）

企業・学校（就労・就学系）

• 在留期限管理： 在留期限を台帳等で管理し、期限6か月前・3か月前・1か月前にアラートを出す
• 就労区分の確認： 在留カードの在留資格と就労可否（資格外活動許可の有無含む）を確認
• 職務変更・配置転換時： 現行の在留資格との適合性を検証し、必要に応じて在留資格変更を検討

身分系（日本人の配偶者等・永住者の配偶者等・定住者）

• 主な管理主体： 本人（世帯）
• 企業側の役割： 採用企業は、在籍者の在留カード確認・在留期限管理・就労可否の確認を継続して行う

「更新」と「変更」の違いと使い分け

在留期間更新許可申請（更新）

• 目的： 活動内容を変えずに在留期間を延長するとき
• タイミング： 在留期限の3か月前から申請可能（余裕をもって準備開始）

在留資格変更許可申請（変更）

• 目的： 活動内容が変わるとき
  • 例：留学 → 就労、家族滞在 → 就労、技人国 → 経営・管理 等
• 留意点： 職務内容の大幅変更・転籍・起業などは、事前に入管法上の該当性を慎重に評価

家族帯同のタイミング（同時申請／後日合流）

同時に家族帯同

• 主たる在留者と同時に、配偶者・子の家族滞在COEを申請
• 生活立ち上げを一括で行いやすいメリット

後日合流

• 主たる在留者が先に入国し、後から配偶者・子のCOE → 査証取得 → 合流
• 子どもの学期・受験、公私の事情に合わせた柔軟なスケジュールが組みやすい

どちらの場合も、婚姻・出生証明の原本／日本語訳、生活費の支弁資料などを早めに整備しておくことが重要です。

届出と初期・定期チェック（抜け漏れ防止）

• 再入国・転出入： 長期出張・一時帰国の際は、みなし再入国制度利用の可否・必要な手続を確認
• 14日以内の届出：
  • 住所変更
  • 所属機関の変更・離職
  • 転学・休学 等
• 在留カード管理： 在留カードの真正性、有効期限、在留カード番号を台帳化して管理
• 在留期間更新・変更： 期限管理と、必要書類の準備スケジュールを制度的に組み込む

10. まとめ

在留資格認定証明書交付申請（COE）は、就労・就学・家族帯同・身分系・特定活動など、海外からの上陸前に行う「事前審査」です。

• 必要書類の整備と上陸許可基準への適合が許可のカギ
• 有効期間は原則3か月のため、査証発給から入国までをこの期間内に完了させるスケジュール管理が必須
• オンライン申請（在留申請オンラインシステム）を活用すれば、所属機関等の登録後、全国どこからでも申請可能
• 初回申請時から理由書と疎明資料を十分に準備して提出することが、実務上の不許可リスク軽減につながる
• 不交付・不許可となった場合は、理由を特定し、疎明資料を補強したうえで、再申請や在留資格の見直しを検討
• 入国後は在留カード・在留期限・就労区分の確認に加え、在留期間更新・在留資格変更の時期管理と届出義務の履行を徹底することが重要

行政書士法人塩永事務所のサポート

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