制度の概要
学校法人または社会福祉法人が運営する幼稚園、保育所等（※1）、認定こども園（すべての類型）が、保育や教育に直接使用する建物や土地を取得し、その登記を行う場合、登録免許税が非課税となる制度があります。
この非課税措置を受けるには、不動産が保育・教育に直接使用されることを証明する書類が必要です。証明は、施設の種類や不動産の所在地に応じて、熊本県知事、熊本市長、または各市町村長（※2）が発行します。
ただし、この証明は非課税を確定するものではなく、課税権者（税務当局）の判断により課税される可能性がある点にご留意ください。
この非課税措置を受けるには、不動産が保育・教育に直接使用されることを証明する書類が必要です。証明は、施設の種類や不動産の所在地に応じて、熊本県知事、熊本市長、または各市町村長（※2）が発行します。
ただし、この証明は非課税を確定するものではなく、課税権者（税務当局）の判断により課税される可能性がある点にご留意ください。
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※1 保育所等: 保育所、家庭的保育事業、小規模保育事業、事業所内保育事業を指します。
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※2 提出先の詳細は下記「提出先」を参照してください。
根拠法令
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登録免許税法第4条第2項
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同法別表第3
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1の2の項（学校法人）
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10の項（社会福祉法人）
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手続きの流れ
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証明願の提出: 必要書類を所轄庁に提出します。
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現地確認: 必要に応じて所轄庁が現地を調査します（省略される場合もあります）。
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証明書の交付: 証明願に奥書証明が記載され、交付されます。
提出先
証明願の提出先は、施設の種類や不動産の所在地により異なります。
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熊本県知事、熊本市長、各市町村長がそれぞれ管轄。
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熊本市や市町村が提出先の場合は、各自治体にお問い合わせください。
提出書類
1. 証明願（正本2部）
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申請者が学校法人か社会福祉法人か、また施設が幼稚園、保育所、認定こども園かによって様式が異なりますので、適切な様式を使用してください。
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2部のうち1部は控えとして返却される場合があります。
2. 熊本県収入証紙 400円
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証明願に貼付せず、同封して提出してください。
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建物と土地の両方を申請する場合は、それぞれ400円分の収入証紙が必要です。
3. 添付書類（各1部）
建物の場合
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不動産の全部事項証明書【原本】
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新築: 表題部登記が完了したもの。
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既存: 権利部登記を含むもの。
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建物の図面
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位置図、平面図、立面図等を提出。
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建物の写真
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外観で現況や用途が分かるもの。
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（新築の場合）
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建築確認検査済証の写し
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工事請負契約書の写し
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（既存の場合）
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売買契約書の写しまたは寄付申込書の写し等
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理事会の議事録【要原本証明】
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不動産取得に関する議決内容が記載されたもの。
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土地の場合
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不動産の全部事項証明書【原本】
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土地の図面
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位置図、字図、配置図等を提出。
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土地の写真
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外観で現況や用途が分かるもの。
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売買契約書の写しまたは寄付申込書の写し等
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理事会の議事録【要原本証明】
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不動産取得に関する議決内容が記載されたもの。
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補足
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処理期間: 提出後、通常2～3週間程度で証明書が交付されます（所轄庁により異なる場合あり）。
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注意点: 不動産が保育・教育に直接使用されない場合（例: 管理用途や収益事業用）、非課税が認められない可能性があります。また、登記後に証明を取得しても還付はできませんので、計画段階での手続きが重要です。
ご相談は行政書士法人塩永事務所にお声掛けください。