事業承継・M&A補助金について

― 概要、対象類型、申請実務を熊本の行政書士が解説 ―

認定経営革新等支援機関
行政書士法人塩永事務所（熊本市）

1．はじめに

事業承継・M&A補助金は、中小企業・小規模事業者等が、事業承継やM&Aを契機として経営資源を円滑に引き継ぐための取組を支援する制度である。令和7年度補正予算に基づく公募が進められており、専門家活用、事業承継に伴う設備投資、PMI、廃業・再チャレンジ等、複数の局面を対象としている 。

本補助金は、単なる「買収費用の補助」にとどまらず、承継前後の設備投資、M&Aの専門家費用、統合に要する経費、再出発に伴う廃業費用までを含む点に特徴がある 。したがって、承継当事者のみならず、売り手・買い手双方にとって、実務上の活用余地が大きい制度といえる。

2．2026年6月時点の公募状況

2026年5月22日に公募要領が公表され、十五次公募の申請受付期間は2026年6月19日から7月24日17:00までとされている 。公募対象となる類型ごとに要件や上限額は異なるため、申請を検討する場合は、まず自社がどの枠に該当するかを整理する必要がある 。

また、補助率は類型により異なり、1/3から2/3、補助上限額は最大2,000万円と案内されている 。金額規模は大きいが、その分、申請書類の完成度と実施計画の具体性が厳しく見られるため、早期準備が重要である。

3．主な支援類型

2026年時点での本補助金は、主として以下の類型で構成されている 。

（1）事業承継促進枠

親族承継又は従業員承継を予定している事業者が、承継前後に必要となる設備投資等を行う場合に利用する類型である。承継に伴う老朽設備の更新、作業環境の改善、新規受注対応のための投資等が対象となり得る 。

（2）専門家活用枠

M&Aの実施に際し、FA、仲介業者、士業等の専門家に支払う費用の一部を支援する類型である。買い手支援類型、売り手支援類型、小規模売り手支援類型、さらに売上高100億円を目指す企業向けの特例類型が設けられている 。

（3）PMI推進枠

M&A成立後の統合プロセス、すなわちPMI（Post Merger Integration）に関する専門家費用や、統合を伴う設備投資を支援する類型である。M&Aは成立して終わりではなく、その後の統合が円滑に進まなければ十分な成果を得ることができないため、この類型の実務的重要性は高い 。

（4）廃業・再チャレンジ枠

事業承継やM&Aに伴い既存事業を廃業する場合に、廃業に要する経費を支援する類型である。複数事業を整理し、承継に集中するための費用負担を軽減する制度として活用される 。

4．補助対象となる費用の考え方

本補助金の対象経費は、類型ごとに異なるが、概ね以下のような費用が想定されている 。

• 事業承継前の設備更新費用。

• M&Aの専門家に対する仲介手数料、FA報酬、相談費用。

• PMIに要するコンサルティング費用。

• M&A後の統合に必要な設備投資。

• 廃業に伴う整理費用。

ただし、対象経費であっても、申請時点での計画の具体性、契約関係の整理、実施時期の整合性が求められる。経費の名目が補助対象に見えても、実際には対象外と判断されることがあるため、事前確認が不可欠である。

5．申請実務上の留意点

事業承継・M&A補助金の申請では、次の点が特に重要である。

（1）対象類型の選定

自社が承継前の設備投資を必要とするのか、M&Aの専門家費用を要するのか、統合後のPMI費用を要するのかを明確にしなければならない。類型を誤ると、申請自体が不適切となるおそれがある 。

（2）事業計画の整合性

補助事業として実施する内容が、承継又はM&Aの目的と整合している必要がある。単に費用を使うための申請ではなく、事業の継続性、収益性、承継効果が説明できなければならない。

（3）契約関係の整理

M&A案件では、秘密保持契約、基本合意、株式譲渡契約、事業譲渡契約など、複数の契約が関係する。補助金申請書との内容不整合は、審査上の大きなリスクとなる。

（4）実施時期の管理

補助対象期間、契約時期、支払時期、納品時期が公募要領に沿っている必要がある。採択前に着手できない経費もあるため、事前着手の可否を慎重に確認すべきである 。

6．熊本での実務上の意義

熊本県内では、事業承継の局面にある中小企業・小規模事業者が少なくない。後継者不在への対応、地域雇用の維持、設備更新の負担軽減といった観点から、本補助金の活用余地は大きい。
特に、親族承継や従業員承継を予定している場合には、補助金を活用して初期投資の負担を抑え、承継後の経営安定化を図ることができる 。

また、M&Aを行う場合も、買い手側は専門家費用やPMI費用を、売り手側は廃業整理費用を、それぞれ補助対象として検討し得る。したがって、承継・M&Aは「取引」だけではなく、「制度活用」を含めた総合設計が必要である。

7．当事務所の支援内容

行政書士法人塩永事務所では、認定経営革新等支援機関として、以下の支援を行っている。

• 事業承継・M&A補助金の対象類型の整理。

• 申請要件の確認。

• 事業計画書、補助事業計画の作成支援。

• 契約書・同意書・説明資料の整理。

• 事業承継に伴う許認可、届出、名義変更の支援。

• PMIや承継後運営を見据えた実務整理。

補助金申請は、単なる書面作成ではなく、承継スキーム全体との整合が不可欠である。したがって、早期に現状を整理し、必要な書類とスケジュールを確定することが重要である。

8．まとめ

事業承継・M&A補助金は、事業承継前後の設備投資、M&Aの専門家費用、PMI、廃業・再チャレンジを支援する制度である。2026年6月時点では、十五次公募の申請受付が2026年6月19日から7月24日17:00までとされており、対応を検討する場合は早急な準備が必要である 。

熊本において事業承継やM&Aを進める場合、本補助金を適切に活用することで、資金負担の軽減と円滑な承継を図ることができる。
行政書士法人塩永事務所は、認定経営革新等支援機関として、熊本の事業者様に対し、申請から承継後の実務整理まで一貫して支援している。

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