登録免許税の非課税制度について
不動産の登記を行う際に課される「登録免許税」は、一定の要件を満たす場合、非課税となる制度があります。特に宗教法人や学校法人がその本来の目的のために不動産を取得する場合、所定の手続きを行うことで非課税措置を受けられる場合があります。以下、制度の概要と手続きについてご案内いたします。
登録免許税とは
登録免許税は、不動産や法人の登記を行う際に国に納める税金です。宗教法人や学校法人が、一定の目的に基づいて不動産を取得し登記を行う場合、要件を満たせば非課税の扱いを受けることができます（登録免許税法第4条第2項、施行規則第4条）。
宗教法人が対象となる非課税登記
非課税となる範囲
以下の登記は、所定の書類を添付することで非課税になります（登録免許税法別表第3の12項）。
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境内建物・境内地に関する登記
宗教法人が自己または包括法人の宗教活動に直接使用するための境内建物の所有権取得登記、またはその境内地に関する権利取得登記。 -
宗教法人が運営する幼稚園の施設に関する登記
校舎、敷地、運動場、実習用地など、教育・保育に直接使用される施設の所有権または土地の権利取得登記。
非課税証明の取得
熊本県内で上記の不動産を取得される場合、所轄庁（熊本県知事）の発行する非課税証明書を登記申請書に添付することで、登録免許税が免除されます。行政書士法人塩永事務所では、宗教法人様に代わり申請手続きの一切を代行いたします。
学校法人が対象となる非課税登記
対象となる登記の例（登録免許税法別表第三）
以下のような学校法人の不動産取得にかかる登記は、非課税となります。
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校舎、寄宿舎、図書館など、教育・保育に直接必要な建物の登記
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上記建物の敷地や運動場、実習用地などの土地の登記
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保育所、小規模保育事業、認定こども園等の施設や敷地に関する登記
所轄庁に注意
非課税証明を申請する際の所轄庁は、学校設置の認可を受けた都道府県知事となります。
例：本店が福岡県、学校設置の認可が熊本県、物件が鹿児島県にある場合 → 所轄庁は熊本県知事です。
非課税証明取得のために必要な書類
宗教法人の場合（一例）
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宗教法人規則の写し
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登記事項証明書（履歴事項証明書）
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建築確認通知書、検査済証の写し
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売買契約書や寄付証書など取得を証する書類
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建物・土地の登記事項証明書
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公図、間取図、配置図、案内図、写真
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印鑑証明書
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責任役員会議事録の写し
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非課税証明確認票、証明願
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責任役員就任受諾書の写し（役員分）
※提出書類は所轄庁により異なる場合がありますので、事前確認をお勧めします。
注意点
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一度登録免許税を納付してしまうと、後から非課税証明を取得しても還付はできません。
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登記の際、非課税証明を添付しなくても法務局は指摘してくれません。必ず事前に確認しましょう。
その他の税金の非課税について
不動産を宗教活動に使用する目的で取得した場合、以下の税金も非課税対象となる可能性があります。
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登録免許税
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不動産取得税
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固定資産税
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都市計画税（固定資産税が非課税の場合、自動的に非課税）
※登録免許税以外の税金については、非課税申告書の提出など行政側への説明が必要です。
ご相談ください
宗教法人様や学校法人様が不動産を取得する際には、非課税申請のタイミングや書類の準備など、専門的な知識が求められます。弊事務所では、司法書士との連携により、取得から登記、非課税証明取得までトータルでサポートいたします。
標準処理期間：約3週間
不動産を取得予定の際は、登記前にぜひご相談ください。